Auf dem Weg zu besseren Standards in der Systembiologie

Die Systembiologie führt experimentelle und theoretische Methoden zusammen, um ganze Organsysteme zu erforschen. Dabei gewinnen die Forscher Daten aus unterschiedlichen Quellen und in verschiedenen Formaten. Um diese heterogenen Daten zusammenzuführen, entwickelten sie in den letzten Jahren zahlreiche Standards, die jeweils Teilbereiche der Systembiologie abdecken.

Dazu zählen zum Beispiel Systems Biology Markup Language (SBML) als Austauschformat für biologische Computermodelle oder Biological Pathway Exchange (BioPAX) als Standard für biologische Reaktionswege. Das Problem dabei: Die unterschiedlichen Standards wurden meist unabhängig voneinander entwickelt.

Hier setzt die internationale Initiative „Computational Modeling in Biology Network“ (COMBINE) an. Sie will kompatible Standards entwickeln und bereits bestehende Standards aufeinander abstimmen. Vom 3. bis 7. September 2011 treffen sich in Heidelberg im Studio Villa Bosch mehr als 80 Wissenschaftler aus 13 Ländern zum COMBINE 2011 Workshop. Das Heidelberger Meeting findet im Anschluss an die „International Conference on Systems Biology Heidelberg/Mannheim“ (ICSB) statt. Es ist bereits der zweite Workshop der Initiative, der erste wurde 2010 in Edinburgh veranstaltet.

Auf dem Programm der fünftägigen Veranstaltung stehen zahlreiche Sessions zu Themen wie Semantik mathematischer Modelle, Semantik biologischer Reaktionswege oder visuelle Repräsentation. Die Wissenschaftler wollen die bestehenden Beschreibungsstandards weiterentwickeln und verbessern. Hauptredner sind Prof. Michael White (University of Liverpool/University of Manchester) und Peer Bork (EMBL).

Gastgeber der Veranstaltung ist das Heidelberger Institut für Theoretische Studien (HITS). Das HITS will in einer Zeit exponentiellen Datenwachstums in den Naturwissenschaften die datengetriebene Wissenschaft stärken – mit rechnerischen Methoden, Simulationen und Datenmanagement.

Das komplette Programm und alle Informationen zum Workshop sind hier abrufbar: http://co.mbine.org/events/COMBINE_2011