Forum für Wissenschaft, Industrie und Wirtschaft

Hauptsponsoren:     3M 
Datenbankrecherche:

 

Neu auf der BIOTECHNICA 01: Datenbank vergleicht Ähnlichkeiten von Biosequenzen

02.10.2001


Über 1,2 Mio. Nukleinsäure- und Aminosäuresequenzen aus Patentschriften / über FIZ Karlsruhe auf STN online

Karlsruhe/Hannover - Die Datenbank DGENE des britischen Patentdatenbankspezialisten Derwent Information Ltd. enthält über 1,2 Mio. Biosequenzen aus Patentanmeldungen und erteilten Patenten von verschiedenen Patentämtern der 40 wichtigsten Industriestaaten der Welt. Das Fachinformationszentrum (FIZ) Karlsruhe hat diese einmalige Informationssammlung online in seinem Informationsnetz STN International (The Scientific and Technical Information Network) bereit gestellt. Auf STN International kann über das Internet (http://stnweb.fiz-karlsruhe.de) sowie über Wissenschaftsnetze und proprietäre Datennetze zugegriffen werden.
Das FIZ Karlsruhe präsentiert auf der BIOTECHNICA ’01 vom 9.-11. Oktober an Stand Nr. G12 in Halle 2 die Datenbank DGENE.

Derzeit sind in DGENE rund 435.000 Aminosäure- und über 770.000 Nukleinsäuresequenzen (DNA, RNA) gespeichert. Die Nachweise enthalten neben den Sequenzinformationen bibliographische Angaben, von Derwent vergebene Titel, Abstracts und eine ausführliche Indexierung. Die Informationen stammen aus Schutzrechtsdokumenten ab dem Jahr 1981. Über die Hälfte der in DGENE vorhandenen Sequenzdaten sind in keiner anderen öffentlich zugänglichen Sequenzdatenbank verfügbar. Für die Sequenzsuche stehen verschiedene Optionen zur Verfügung, darunter nun auch die Homologie-Suche von Aminosäure- und Nukleinsäuresequenzen.

Am Zuwachs der Einträge in DGENE innerhalb der letzten Jahre lässt sich ein explosionsartiger Anstieg der Biosequenzforschung und damit die wirtschaftliche Bedeutung dieses Zweiges ablesen: 1990 wurden gerade einmal 6.500 Sequenzen neu in der Datenbank verzeichnet. 1997 waren es bereits 84.000. 1999 kamen in 12 Monaten 214.000 Sequenzen neu hinzu und im Jahr 2000 ist die Zahl der Neueinträge auf rund 230.000 gestiegen. Insgesamt sind im Nachweiszeitraum von 20 Jahren knapp 750.000 Sequenzen in der Patentliteratur erschienen. Es sind alle Nukleinsäuresequenzen erfasst, die eine Länge von mehr als neun Basen aufweisen, sowie alle Proteinsequenzen mit mehr als drei Aminosäuren.

Neben der Einzigartigkeit der gespeicherten Daten ist DGENE vor allem auch durch seine leistungsstarken Suchfunktionen für die Forschung hoch interessant. Die Nutzer von DGENE wollten ein differenzierteres Recherchewerkzeug zur Homologiesuche. Das hat ihnen der vom FIZ Karlsruhe mitbetriebene weltweite Informationsverbund STN International in enger Zusammenarbeit mit dem Patentdatenbankhersteller Derwent Information Ltd. an die Hand gegeben.

DGENE verarbeitet als Fragestellung Ketten bis zu 2.000 Zeichen. Der Befehl "GETSEQ" bringt in relativ kurzer Zeit exakte Übereinstimmungen zwischen der als Anfrage eingegebenen Sequenz und den gespeicherten Sequenzen an den Tag. Die Datenbank kann aber auch Ähnlichkeiten ermitteln. Dafür steht die Funktion "GETSIM" (similarity/homology search) bereit. Aktiviert man diese Suchfunktion, überprüft DGENE (bzw. GETSIM), ob zwischen den gespeicherten Sequenzen und einer neu eingegebenen Sequenz größere Übereinstimmungen im Kettenaufbau vorliegen.

Als Antwort auf die Suche liefert die Datenbank zunächst eine Liste von Kandidaten mit Sequenzen, die eine gewisse Ähnlichkeit zu der gesuchten Sequenz überschritten haben. Diese Dokumente kann man sich mit einem Display-Befehl entweder vollständig oder in verschiedenen Teilformaten anzeigen lassen, zum Beispiel nur die Aminosäuresequenz, nur den Titel, nur den Patentanmelder oder nur das Abstract. Abstract und ein gut verständlicher Titel werden von Fachleuten bei Derwent Information geschrieben, um die ursprüngliche Patentfachsprache der Quell-Literatur in eine für die Fachwelt leicht verständliche Ingenieurssprache zu "übersetzen".

Interessenten erhalten weitere Informationen über:

Fachinformationszentrum (FIZ) Karlsruhe
STN Europa
Postfach 2465
D-76012 Karlsruhe
Tel. 07247/808-555
Fax 07247/808-259
E-Mail: helpdesk@fiz-karlsruhe.de

Als weltweit agierende wissenschaftliche Serviceeinrichtung produziert und vermarktet das Fachinformationszentrum (FIZ) Karlsruhe wissenschaftliche und technische Informationsdienste in gedruckter und elektronischer Form. In Zusammenarbeit mit Institutionen aus dem In- und Ausland erstellt das FIZ Karlsruhe Datenbanken in den Fachgebieten Energie, Kernforschung und Kerntechnik, Kristallographie, Kunststoffe, Mathematik, Informatik und Physik und betreibt einen Recherchedienst für alle Unternehmen oder Institutionen mit F&E-Aktivitäten. Außerdem betreibt das FIZ Karlsruhe den Datenbankverbund STN International (The Scientific & Technical Information Network) in Europa. STN wird gemeinsam vom Fachinformationszentrum Karlsruhe, dem Chemical Abstracts Service (CAS) in Columbus, OH, USA und der Japan Science and Technology Corporation (JST) in Tokio betrieben.
Das FIZ Karlsruhe ist Mitglied der Wissenschaftsgemeinschaft Gottfried Wilhelm Leibnitz (WGL) e.V.

Ruediger Mack | idw
Weitere Informationen:
http://www.stn-international.de/stndatabases/databases/dgene.html
http://www.fiz-karlsruhe.de

Weitere Berichte zu: DGENE FIZ STN

Weitere Nachrichten aus der Kategorie Messenachrichten:

nachricht Die Chancen der Digitalisierung für das Betriebliche Gesundheitsmanagement: vitaliberty auf der Zukunft Personal 2017
19.09.2017 | vitaliberty GmbH

nachricht Fraunhofer CSP präsentiert Neuheiten auf der EU PVSEC
18.09.2017 | Fraunhofer-Institut für Mikrostruktur von Werkstoffen und Systemen IMWS

Alle Nachrichten aus der Kategorie: Messenachrichten >>>

Die aktuellsten Pressemeldungen zum Suchbegriff Innovation >>>

Die letzten 5 Focus-News des innovations-reports im Überblick:

Im Focus: Wundermaterial Graphen: Gewölbt wie das Polster eines Chesterfield-Sofas

Graphen besitzt extreme Eigenschaften und ist vielseitig verwendbar. Mit einem Trick lassen sich sogar die Spins im Graphen kontrollieren. Dies gelang einem HZB-Team schon vor einiger Zeit: Die Physiker haben dafür eine Lage Graphen auf einem Nickelsubstrat aufgebracht und Goldatome dazwischen eingeschleust. Im Fachblatt 2D Materials zeigen sie nun, warum dies sich derartig stark auf die Spins auswirkt. Graphen kommt so auch als Material für künftige Informationstechnologien infrage, die auf der Verarbeitung von Spins als Informationseinheiten basieren.

Graphen ist wohl die exotischste Form von Kohlenstoff: Alle Atome sind untereinander nur in der Ebene verbunden und bilden ein Netz mit sechseckigen Maschen,...

Im Focus: Hochautomatisiertes Fahren bei Schnee und Regen: Robuste Warnehmung dank intelligentem Sensormix

Schlechte Sichtverhältnisse bei Regen oder Schnellfall sind für Menschen und hochautomatisierte Fahrzeuge eine große Herausforderung. Im europäischen Projekt RobustSENSE haben die Forscher von Fraunhofer FOKUS mit 14 Partnern, darunter die Daimler AG und die Robert Bosch GmbH, in den vergangenen zwei Jahren eine Softwareplattform entwickelt, auf der verschiedene Sensordaten von Kamera, Laser, Radar und weitere Informationen wie Wetterdaten kombiniert werden. Ziel ist, eine robuste und zuverlässige Wahrnehmung der Straßensituation unabhängig von der Komplexität und der Sichtverhältnisse zu gewährleisten. Nach der virtuellen Erprobung des Systems erfolgt nun der Praxistest, unter anderem auf dem Berliner Testfeld für hochautomatisiertes Fahren.

Starker Schneefall, ein Ball rollt auf die Fahrbahn: Selbst ein Mensch kann mitunter nicht schnell genug erkennen, ob dies ein gefährlicher Gegenstand oder...

Im Focus: Ultrakurze Momentaufnahmen der Dynamik von Elektronen in Festkörpern

Mit Hilfe ultrakurzer Laser- und Röntgenblitze haben Wissenschaftler am Max-Planck-Institut für Quantenoptik (Garching bei München) Schnappschüsse der bislang kürzesten Bewegung von Elektronen in Festkörpern gemacht. Die Bewegung hielt 750 Attosekunden lang an, bevor sie abklang. Damit stellten die Wissenschaftler einen neuen Rekord auf, ultrakurze Prozesse innerhalb von Festkörpern aufzuzeichnen.

Wenn Röntgenstrahlen auf Festkörpermaterialien oder große Moleküle treffen, wird ein Elektron von seinem angestammten Platz in der Nähe des Atomkerns...

Im Focus: Ultrafast snapshots of relaxing electrons in solids

Using ultrafast flashes of laser and x-ray radiation, scientists at the Max Planck Institute of Quantum Optics (Garching, Germany) took snapshots of the briefest electron motion inside a solid material to date. The electron motion lasted only 750 billionths of the billionth of a second before it fainted, setting a new record of human capability to capture ultrafast processes inside solids!

When x-rays shine onto solid materials or large molecules, an electron is pushed away from its original place near the nucleus of the atom, leaving a hole...

Im Focus: Quantensensoren entschlüsseln magnetische Ordnung in neuartigem Halbleitermaterial

Physiker konnte erstmals eine spiralförmige magnetische Ordnung in einem multiferroischen Material abbilden. Diese gelten als vielversprechende Kandidaten für zukünftige Datenspeicher. Der Nachweis gelang den Forschern mit selbst entwickelten Quantensensoren, die elektromagnetische Felder im Nanometerbereich analysieren können und an der Universität Basel entwickelt wurden. Die Ergebnisse von Wissenschaftlern des Departements Physik und des Swiss Nanoscience Institute der Universität Basel sowie der Universität Montpellier und Forschern der Universität Paris-Saclay wurden in der Zeitschrift «Nature» veröffentlicht.

Multiferroika sind Materialien, die gleichzeitig auf elektrische wie auch auf magnetische Felder reagieren. Die beiden Eigenschaften kommen für gewöhnlich...

Alle Focus-News des Innovations-reports >>>

Anzeige

Anzeige

IHR
JOB & KARRIERE
SERVICE
im innovations-report
in Kooperation mit academics
Veranstaltungen

»Laser in Composites Symposium« in Aachen – von der Wissenschaft in die Anwendung

19.09.2017 | Veranstaltungen

Biowissenschaftler tauschen neue Erkenntnisse über molekulare Gen-Schalter aus

19.09.2017 | Veranstaltungen

Zwei Grad wärmer – und dann?

19.09.2017 | Veranstaltungen

 
VideoLinks
B2B-VideoLinks
Weitere VideoLinks >>>
Aktuelle Beiträge

»Laser in Composites Symposium« in Aachen – von der Wissenschaft in die Anwendung

19.09.2017 | Veranstaltungsnachrichten

Zentraler Schalter der Immunabwehr gefunden

19.09.2017 | Biowissenschaften Chemie

Neue Materialchemie für Hochleistungsbatterien

19.09.2017 | Biowissenschaften Chemie