In-vivo-mRNA-Labeling
Durch diese Art der Untersuchung kann beispielsweise die Lücke zwischen struktureller und funktioneller Vielfalt mikrobieller Verbände geschlossen werden. Zur Analyse des bakteriellen Transkriptoms ist z. B. die Isolierung und Identifizierung der mRNA dieser Organismen essentiell.Zur Isolierung der mRNA und Quantifizierung der bakteriellen Genexpression wurde ein In-vivo-RNA-Labeling-Verfahren der bakteriellen Gesamt-RNA entwickelt, das eine selektive RNA-Separation und -Identifizierung ermöglicht. Bei Prokaryonten kann die gebildete mRNA, die mit der Expression eines Gens korrespondiert, nicht selektiv durch eine Affinitätschromatographie gereinigt werden, da sie im Gegensatz zu Eukaryonten keine stabile 3’-Polyadenylierung trägt. Durch das RNA-Label kann die neu synthetisierte RNA mittels funktionalisierter magnetischer Träger direkt aus dem Zellaufschluss gereinigt werden.
Für eine direkte Anwendung in Umweltproben, wie z. B. von Biofilmen, kann diese Methode zu In-situ-Expressionsanalysen genutzt werden. Der Vorteil der RNA-Aufreinigung über ein In-vivo-Label liegt darin, dass nur aktiv transkribierte RNA aufgereinigt wird. Das zu entwickelnde System kann demnach sowohl für Expressionsanalysen, als auch für eine taxonomische Zuordnung von Mikroorganismen genutzt werden.
Dr. Ludwig Witter
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