Nachweis von 5-Hydroxymethylcytosin in genomischer DNA
Im menschlichen Genom werden 5-Hydroxymethylcytosin- (5-hmC-) Nukleotide mit der Reprogrammierung von differenzierten Zellen in Zusammenhang gebracht, und stellen daher potentiell wichtige Marker der normalen und pathologischen Zellentwicklung dar. Die Erfindung bietet eine Methode zum basenpaarspezifischen Nachweis von 5-hmC-Modifikationen. Genomische DNA-Proben werden zu Einzelsträngen aufgeschmolzen und eine Zweitstrangsynthese in Gegenwart von 5-hmC-Nukleotiden durchgeführt, wodurch diese Proben zu Substraten der Endonuklease PvuRts1I umgewandelt werden. Entstehende Spaltprodukte werden nach Adapterligation entweder mittels genomweiter High-Throughput-Sequenzanalyse für Forschungszwecke oder mittels quantitativer PCR für positionsspezifische diagnostische Nachweise detektiert.
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