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Jülicher Softwarewerkzeuge eröffnen Forschungsfelder

22.02.2010
Forscher des Jülich Supercomputing Centre (JSC) und des Fraunhofer-Instituts für Algorithmen und Wissenschaftliches Rechnen SCAI in Sankt Augustin haben ihre Supercomputer für die Annotation biomedizinischer sowie chemischer Texte und Bilder in pharmazeutischen Patenten mittels Grid-Technologie vernetzt.

Unter Annotation verstehen die Wissenschaftler eine genaue Text- und Bildanalyse. Damit haben sie eine neue Anwendung im wissenschaftlichen Rechnen geschaffen, die eine leistungsstarke Durchsuchung von Patenten ermöglicht.

Zum Einsatz kam dabei die UNICORE-Software, die zusammen mit europäischen Partnern im JSC entwickelt wurde. UNICORE (Uniform Interface to COmputing REsources) ermöglicht Anwendern auf dem lokalen Rechner, einfach und sicher Rechenabläufe zu definieren, diese zu den Supercomputern zu schicken, dort berechnen zu lassen und die Ergebnisse schließlich zu analysieren.

Die Forscher aus Jülich und Sankt Augustin untersuchten mehr als 50 000 Patente aus der pharmazeutischen Chemie mit der aufgebauten Grid-Infrastruktur. Dabei haben sie biologische und medizinische Daten in Texten, chemische Informationen in Texten sowie Bilder identifiziert, analysiert und erfasst. Die Datenanalysen lieferten interessante Einblicke in die Zusammenhänge von Biologie und Chemie.

Dr. Achim Streit, Leiter der Abteilung "Verteilte Systeme und Grid Computing" am JSC, ist mit den Ergebnissen zufrieden: "Durch die leistungsfähigen Workflow- und Datenmanagement-Funktionalitäten von UNICORE konnten wir die Patente problemlos und automatisch in Text und Bild analysieren und erfassen." Prof. Martin Hofmann-Apitius, Leiter der Abteilung Bioinformatik am SCAI, ist überzeugt: "Dieses groß angelegte Experiment eröffnet neue Perspektiven für das wissenschaftliche Rechnen. Diese Art der Anwendung geht weit über die üblichen Simulationsanwendungen hinaus." Prof. Thomas Lippert, Leiter des Jülich Supercomputing Centre, zieht ebenfalls eine positive Bilanz: "Dieses Projekt ist ein hervorragendes Beispiel dafür, wie leistungsstarke Supercomputer am JSC, die mit erstklassigen Grid-Technologien wie UNICORE ausgestattet sind, Synergien für die Entwicklung neuer Forschungsfelder schaffen können."

Weiterführende Informationen zum JSC:
http://www.fz-juelich.de/jsc/index.php?index=2
Weiterführende Informationen zu UNICORE:
http://www.fz-juelich.de/jsc/grid/#Software

Annemarie Winkens | Forschungszentrum Jülich
Weitere Informationen:
http://www.fz-juelich.de

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