Forum für Wissenschaft, Industrie und Wirtschaft

Hauptsponsoren:     3M 
Datenbankrecherche:

 

Gesucht: Standards für die Metagenomik

31.10.2014

Wettbewerb nimmt Werkzeuge zur Metagenomanalyse unter die Lupe

Die Metagenomik befasst sich mit der Gesamtheit des Erbgutes eines Lebensraums. Um dieses zu untersuchen, gibt es verschiedene Methoden. So viele, dass es oft schwer ist, die passende für eine bestimmte Analyse zu finden.

Deshalb haben Wissenschaftler des Helmholtz-Zentrums für Infektionsforschung (HZI) in Braunschweig, der Universität Wien und der Universität Bielefeld nun einen Wettbewerb ins Leben gerufen. Ziel ist es in Zukunft schneller die richtige Methode für eine Untersuchung zu finden.

Da klassische Sequenzierungsverfahren nur bei Mikroorganismen funktionieren, die im Labor in Reinkultur gezüchtet werden können, steht die Untersuchung des Metagenoms im Gegensatz zur klassischen Genomsequenzierung ausgewählter Organismen. Sie ermöglicht ganz neue Einblicke in die Erbinformationen der mikrobiellen Welt.

Bei der Auswertung von Metagenomdaten gibt es allerdings einige Probleme. „Es gibt viele verschiedene Methoden, die man nutzen kann. Oft ist aber unklar, welches Werkzeug sich für welche Fragestellung am besten eignet“, sagt Prof. Alice McHardy, Leiterin der Abteilung „Bioinformatik der Infektionsforschung“ am HZI. Sie und ihre Kollegen Prof. Thomas Rattei, Universität Wien, und Dr. Alexander Sczyrba, Universität Bielefeld, haben deshalb die Initiative mit dem Namen „Critical Assessment of Metagenome Interpretation” (CAMI) gegründet, die im Rahmen eines Wettbewerbs einen Vergleich von verschiedenen rechnergestützten Verfahren für die Metagenomanalyse anstrebt.

So sollen die besten Verfahren für verschiedenen Fragestellungen und Datensätze identifiziert werden und Standards geschaffen werden, die in Zukunft derartige Vergleiche und die Wahl des passenden Verfahrens erleichtern können.

Das ist wichtig, um die Analyse der Datensätze zukünftig zu vereinfachen. „Bisher werden viele unterschiedliche Datensätze für die Auswertung der Ergebnisse verschiedener Methoden verwendet. Daher lassen sich die Ergebnisse verschiedener Studien oft schlecht miteinander direkt vergleichen“, sagt McHardy.

Im Rahmen des Wettbewerbs sollen die Teilnehmer identische Datensätze mit ihren jeweiligen Methoden analysieren und die Ergebnisse einsenden. Teilnehmen darf jeder, der wissen möchte, wie gut sich ein bestimmtes Verfahren für die Analyse der zur Verfügung gestellten Daten eignet.

Ausgewertet werden diese Ergebnisse von einer Gruppe von Experten, die gemeinsam die besten Auswertungsmaße hierfür definieren werden „Wir wollen mit Hilfe von CAMI Vergleiche erleichtern, und es den Wissenschaftlern in Zukunft einfacher machen, das richtige Werkzeug für den richtigen Zweck zu finden“, sagt McHardy.

Noch in diesem Jahr soll der Wettbewerb starten, registrieren können sich Methodenentwickler bereits jetzt unter http://www.cami-challenge.org

Das Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung:
Am Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung (HZI) untersuchen Wissenschaftler die Mechanismen von Infektionen und ihrer Abwehr. Was Bakterien oder Viren zu Krankheitserregern macht: Das zu verstehen soll den Schlüssel zur Entwicklung neuer Medikamente und Impfstoffe liefern.
http://www.helmholtz-hzi.de

Rebecca Winkels | Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung

Weitere Nachrichten aus der Kategorie Förderungen Preise:

nachricht Bund fördert Entwicklung sicherer Schnellladetechnik für Hochleistungsbatterien mit 2,5 Millionen
06.12.2016 | Technische Universität Clausthal

nachricht Fraunhofer WKI koordiniert vom BMEL geförderten Forschungsverbund zu Zusatznutzen von Dämmstoffen aus nachwachsenden Rohstoffen
05.12.2016 | Fraunhofer-Institut für Holzforschung - Wilhelm-Klauditz-Institut WKI

Alle Nachrichten aus der Kategorie: Förderungen Preise >>>

Die aktuellsten Pressemeldungen zum Suchbegriff Innovation >>>

Die letzten 5 Focus-News des innovations-reports im Überblick:

Im Focus: Rätsel um Mott-Isolatoren gelöst

Universelles Verhalten am Mott-Metall-Isolator-Übergang aufgedeckt

Die Ursache für den 1937 von Sir Nevill Francis Mott vorhergesagten Metall-Isolator-Übergang basiert auf der gegenseitigen Abstoßung der gleichnamig geladenen...

Im Focus: Poröse kristalline Materialien: TU Graz-Forscher zeigt Methode zum gezielten Wachstum

Mikroporöse Kristalle (MOFs) bergen große Potentiale für die funktionalen Materialien der Zukunft. Paolo Falcaro von der TU Graz et al zeigen in Nature Materials, wie man MOFs gezielt im großen Maßstab wachsen lässt.

„Metal-organic frameworks“ (MOFs) genannte poröse Kristalle bestehen aus metallischen Knotenpunkten mit organischen Molekülen als Verbindungselemente. Dank...

Im Focus: Gravitationswellen als Sensor für Dunkle Materie

Die mit der Entdeckung von Gravitationswellen entstandene neue Disziplin der Gravitationswellen-Astronomie bekommt eine weitere Aufgabe: die Suche nach Dunkler Materie. Diese könnte aus einem Bose-Einstein-Kondensat sehr leichter Teilchen bestehen. Wie Rechnungen zeigen, würden Gravitationswellen gebremst, wenn sie durch derartige Dunkle Materie laufen. Dies führt zu einer Verspätung von Gravitationswellen relativ zu Licht, die bereits mit den heutigen Detektoren messbar sein sollte.

Im Universum muss es gut fünfmal mehr unsichtbare als sichtbare Materie geben. Woraus diese Dunkle Materie besteht, ist immer noch unbekannt. Die...

Im Focus: Significantly more productivity in USP lasers

In recent years, lasers with ultrashort pulses (USP) down to the femtosecond range have become established on an industrial scale. They could advance some applications with the much-lauded “cold ablation” – if that meant they would then achieve more throughput. A new generation of process engineering that will address this issue in particular will be discussed at the “4th UKP Workshop – Ultrafast Laser Technology” in April 2017.

Even back in the 1990s, scientists were comparing materials processing with nanosecond, picosecond and femtosesecond pulses. The result was surprising:...

Im Focus: Wie sich Zellen gegen Salmonellen verteidigen

Bioinformatiker der Goethe-Universität haben das erste mathematische Modell für einen zentralen Verteidigungsmechanismus der Zelle gegen das Bakterium Salmonella entwickelt. Sie können ihren experimentell arbeitenden Kollegen damit wertvolle Anregungen zur Aufklärung der beteiligten Signalwege geben.

Jedes Jahr sind Salmonellen weltweit für Millionen von Infektionen und tausende Todesfälle verantwortlich. Die Körperzellen können sich aber gegen die...

Alle Focus-News des Innovations-reports >>>

Anzeige

Anzeige

IHR
JOB & KARRIERE
SERVICE
im innovations-report
in Kooperation mit academics
Veranstaltungen

Firmen- und Forschungsnetzwerk Munitect tagt am IOW

08.12.2016 | Veranstaltungen

NRW Nano-Konferenz in Münster

07.12.2016 | Veranstaltungen

Wie aus reinen Daten ein verständliches Bild entsteht

05.12.2016 | Veranstaltungen

 
VideoLinks
B2B-VideoLinks
Weitere VideoLinks >>>
Aktuelle Beiträge

Einzelne Proteine bei der Arbeit beobachten

08.12.2016 | Biowissenschaften Chemie

Intelligente Filter für innovative Leichtbaukonstruktionen

08.12.2016 | Messenachrichten

Seminar: Ströme und Spannungen bedarfsgerecht schalten!

08.12.2016 | Seminare Workshops