Forum für Wissenschaft, Industrie und Wirtschaft

Hauptsponsoren:     3M 
Datenbankrecherche:

 

Gesucht: Standards für die Metagenomik

31.10.2014

Wettbewerb nimmt Werkzeuge zur Metagenomanalyse unter die Lupe

Die Metagenomik befasst sich mit der Gesamtheit des Erbgutes eines Lebensraums. Um dieses zu untersuchen, gibt es verschiedene Methoden. So viele, dass es oft schwer ist, die passende für eine bestimmte Analyse zu finden.

Deshalb haben Wissenschaftler des Helmholtz-Zentrums für Infektionsforschung (HZI) in Braunschweig, der Universität Wien und der Universität Bielefeld nun einen Wettbewerb ins Leben gerufen. Ziel ist es in Zukunft schneller die richtige Methode für eine Untersuchung zu finden.

Da klassische Sequenzierungsverfahren nur bei Mikroorganismen funktionieren, die im Labor in Reinkultur gezüchtet werden können, steht die Untersuchung des Metagenoms im Gegensatz zur klassischen Genomsequenzierung ausgewählter Organismen. Sie ermöglicht ganz neue Einblicke in die Erbinformationen der mikrobiellen Welt.

Bei der Auswertung von Metagenomdaten gibt es allerdings einige Probleme. „Es gibt viele verschiedene Methoden, die man nutzen kann. Oft ist aber unklar, welches Werkzeug sich für welche Fragestellung am besten eignet“, sagt Prof. Alice McHardy, Leiterin der Abteilung „Bioinformatik der Infektionsforschung“ am HZI. Sie und ihre Kollegen Prof. Thomas Rattei, Universität Wien, und Dr. Alexander Sczyrba, Universität Bielefeld, haben deshalb die Initiative mit dem Namen „Critical Assessment of Metagenome Interpretation” (CAMI) gegründet, die im Rahmen eines Wettbewerbs einen Vergleich von verschiedenen rechnergestützten Verfahren für die Metagenomanalyse anstrebt.

So sollen die besten Verfahren für verschiedenen Fragestellungen und Datensätze identifiziert werden und Standards geschaffen werden, die in Zukunft derartige Vergleiche und die Wahl des passenden Verfahrens erleichtern können.

Das ist wichtig, um die Analyse der Datensätze zukünftig zu vereinfachen. „Bisher werden viele unterschiedliche Datensätze für die Auswertung der Ergebnisse verschiedener Methoden verwendet. Daher lassen sich die Ergebnisse verschiedener Studien oft schlecht miteinander direkt vergleichen“, sagt McHardy.

Im Rahmen des Wettbewerbs sollen die Teilnehmer identische Datensätze mit ihren jeweiligen Methoden analysieren und die Ergebnisse einsenden. Teilnehmen darf jeder, der wissen möchte, wie gut sich ein bestimmtes Verfahren für die Analyse der zur Verfügung gestellten Daten eignet.

Ausgewertet werden diese Ergebnisse von einer Gruppe von Experten, die gemeinsam die besten Auswertungsmaße hierfür definieren werden „Wir wollen mit Hilfe von CAMI Vergleiche erleichtern, und es den Wissenschaftlern in Zukunft einfacher machen, das richtige Werkzeug für den richtigen Zweck zu finden“, sagt McHardy.

Noch in diesem Jahr soll der Wettbewerb starten, registrieren können sich Methodenentwickler bereits jetzt unter http://www.cami-challenge.org

Das Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung:
Am Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung (HZI) untersuchen Wissenschaftler die Mechanismen von Infektionen und ihrer Abwehr. Was Bakterien oder Viren zu Krankheitserregern macht: Das zu verstehen soll den Schlüssel zur Entwicklung neuer Medikamente und Impfstoffe liefern.
http://www.helmholtz-hzi.de

Rebecca Winkels | Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung

Weitere Nachrichten aus der Kategorie Förderungen Preise:

nachricht Gitterdynamiken in ionischen Leitern
18.10.2017 | Justus-Liebig-Universität Gießen

nachricht Gewebe mit Hilfe von Stammzellen regenerieren
16.10.2017 | Albert-Ludwigs-Universität Freiburg im Breisgau

Alle Nachrichten aus der Kategorie: Förderungen Preise >>>

Die aktuellsten Pressemeldungen zum Suchbegriff Innovation >>>

Die letzten 5 Focus-News des innovations-reports im Überblick:

Im Focus: Schnelle individualisierte Therapiewahl durch Sortierung von Biomolekülen und Zellen mit Licht

Im Blut zirkulierende Biomoleküle und Zellen sind Träger diagnostischer Information, deren Analyse hochwirksame, individuelle Therapien ermöglichen. Um diese Information zu erschließen, haben Wissenschaftler des Fraunhofer-Instituts für Lasertechnik ILT ein Mikrochip-basiertes Diagnosegerät entwickelt: Der »AnaLighter« analysiert und sortiert klinisch relevante Biomoleküle und Zellen in einer Blutprobe mit Licht. Dadurch können Frühdiagnosen beispielsweise von Tumor- sowie Herz-Kreislauf-Erkrankungen gestellt und patientenindividuelle Therapien eingeleitet werden. Experten des Fraunhofer ILT stellen diese Technologie vom 13.–16. November auf der COMPAMED 2017 in Düsseldorf vor.

Der »AnaLighter« ist ein kompaktes Diagnosegerät zum Sortieren von Zellen und Biomolekülen. Sein technologischer Kern basiert auf einem optisch schaltbaren...

Im Focus: Neue Möglichkeiten für die Immuntherapie beim Lungenkrebs entdeckt

Eine gemeinsame Studie der Universität Bern und des Inselspitals Bern zeigt, dass spezielle Bindegewebszellen, die in normalen Blutgefässen die Wände abdichten, bei Lungenkrebs nicht mehr richtig funktionieren. Zusätzlich unterdrücken sie die immunologische Bekämpfung des Tumors. Die Resultate legen nahe, dass diese Zellen ein neues Ziel für die Immuntherapie gegen Lungenkarzinome sein könnten.

Lungenkarzinome sind die häufigste Krebsform weltweit. Jährlich werden 1.8 Millionen Neudiagnosen gestellt; und 2016 starben 1.6 Millionen Menschen an der...

Im Focus: Sicheres Bezahlen ohne Datenspur

Ob als Smartphone-App für die Fahrkarte im Nahverkehr, als Geldwertkarten für das Schwimmbad oder in Form einer Bonuskarte für den Supermarkt: Für viele gehören „elektronische Geldbörsen“ längst zum Alltag. Doch vielen Kunden ist nicht klar, dass sie mit der Nutzung dieser Angebote weitestgehend auf ihre Privatsphäre verzichten. Am Karlsruher Institut für Technologie (KIT) entsteht ein sicheres und anonymes System, das gleichzeitig Alltagstauglichkeit verspricht. Es wird nun auf der Konferenz ACM CCS 2017 in den USA vorgestellt.

Es ist vor allem das fehlende Problembewusstsein, das den Informatiker Andy Rupp von der Arbeitsgruppe „Kryptographie und Sicherheit“ am KIT immer wieder...

Im Focus: Neutron star merger directly observed for the first time

University of Maryland researchers contribute to historic detection of gravitational waves and light created by event

On August 17, 2017, at 12:41:04 UTC, scientists made the first direct observation of a merger between two neutron stars--the dense, collapsed cores that remain...

Im Focus: Breaking: the first light from two neutron stars merging

Seven new papers describe the first-ever detection of light from a gravitational wave source. The event, caused by two neutron stars colliding and merging together, was dubbed GW170817 because it sent ripples through space-time that reached Earth on 2017 August 17. Around the world, hundreds of excited astronomers mobilized quickly and were able to observe the event using numerous telescopes, providing a wealth of new data.

Previous detections of gravitational waves have all involved the merger of two black holes, a feat that won the 2017 Nobel Prize in Physics earlier this month....

Alle Focus-News des Innovations-reports >>>

Anzeige

Anzeige

IHR
JOB & KARRIERE
SERVICE
im innovations-report
in Kooperation mit academics
Veranstaltungen

Mobilität 4.0: Konferenz an der Jacobs University

18.10.2017 | Veranstaltungen

Smart MES 2017: die Fertigung der Zukunft

18.10.2017 | Veranstaltungen

DFG unterstützt Kongresse und Tagungen - Dezember 2017

17.10.2017 | Veranstaltungen

 
VideoLinks
B2B-VideoLinks
Weitere VideoLinks >>>
Aktuelle Beiträge

Schnelle individualisierte Therapiewahl durch Sortierung von Biomolekülen und Zellen mit Licht

18.10.2017 | Biowissenschaften Chemie

Biokunststoffe könnten auch in Traktoren die Richtung angeben

18.10.2017 | Messenachrichten

»ILIGHTS«-Studie gestartet: Licht soll Wohlbefinden von Schichtarbeitern verbessern

18.10.2017 | Energie und Elektrotechnik