Forum für Wissenschaft, Industrie und Wirtschaft

Hauptsponsoren:     3M 
Datenbankrecherche:

 

Computersystem für Krebsforscher: Carreras-Stiftung fördert weltweiten "Leukämie-Genatlas"

20.07.2009
Bis zu einem Terabyte für einen einzigen Patienten, mehr als der Speicherplatz gängiger Heimcomputer: Die Datenmengen, die in der modernen Leukämieforschung anfallen, sind riesig - und die Auswertung sowie Interpretation nur mit modernen Informatik-Verfahren möglich.

Ein solches entwickelt mit dem weltweiten "Leukämie-Genatlas" derzeit das Institut für Medizinische Informatik und Biomathematik (IMIB) der Universität Münster. Den Aufbau der neuen Datenbank ermöglicht die Deutsche José Carreras Stiftung, die für das Projekt eine Anschubfinanzierung von rund 120.000 Euro zur Verfügung stellt.

Unter der Leitung von Prof. Martin Dugas wird das IMIB in seinem Leukämie-Genatlas ab Oktober alle wichtigen veröffentlichten Studiendaten zur molekularen Leukämieforschung sammeln. Auf "etwa 300 bis 400 weltweit" schätzt der Mediziner und Informatikprofessor die Zahl der Publikationen, die in den nächsten zwei Jahren ausgewertet und eingefügt werden müssen. Ziel sei es, die molekularen Daten inklusive der zugehörigen Labor- und Klinikangaben für die Forschung zugänglich und vergleichbar zu machen. Als Vorbild dient die Datenbank REMBRANDT des US-amerikanischen Nationalen Krebsinstitutes, die Informationen zu Hirntumoren bereitstellt.

Beim Aufbau des Genatlanten - "wegen der abweichenden Studienmethoden leider viel Handarbeit", so Dugas - kooperiert das IMIB mit Leukämieforschern in Münster, München, Ulm, Mannheim, Dresden und Los Angeles. Durch die Rückkopplung mit diesen Partnern soll das Computersystem dynamisch an die Nutzeranforderungen angepasst werden. Der Hintergrund: Im der Leukämieforschung gibt es derzeit eine regelrechte Datenexplosion. Während die schon seit längerem verfügbaren Genexpressions-Chips "nur" einige Zehntausend Messpunkte liefern, produzieren so genannte SNP-chips und vor allem neue Sequenzierverfahren wie zum Beispiel ChIP-Seq nun Millionen von Datenpunkten je Patient.

Im Vergleich zu bestehenden Informationsquellen wie GEO oder ArrayExpress werden Leukämieforscher in dem neuen Genatlas die gesuchten Angaben nicht nur wesentlich schneller, leichter und kompletter finden: "Durch unsere Vorarbeit ist es möglich, neue Leukämiedaten aus klinischen Studien oder Experimenten mit Zelllinien halbautomatisch mit bereits verfügbaren Informationen abzugleichen", erläutert Dugas. Diese Funktion sei nicht zuletzt deshalb hilfreich, weil die neuen aufwändigen und teuren Laborverfahren eine computergestützte Qualitätskontrolle benötigen: "Mit dem Genatlas lässt sich schnell erkennen, ob die eigenen Forschungsergebnisse mit denen anderer Wissenschaftler übereinstimmen". Manche kostenintensive Studie dürfte laut Prof. Dugas durch den Atlas sogar überflüssig werden, weil dieser sie als Dopplung erkennbar macht.

Über den Nutzen als Arbeitshilfe und als "Motor" für die beschleunigte Umsetzung neuer Erkenntnisse in der klinischen Anwendung hinaus sieht er noch eine weitere Bedeutung der Datenbank.

Zwar gehöre die Leukämie zu den vergleichsweise seltenen Krebserkrankungen, doch habe sie in der Forschung Modellcharakter für andere Krebsarten: "Das Zellmaterial ist für molekulare Untersuchungen besonders gut geeignet. Daher lässt sich auch der Zusammenhang zwischen bestimmten menschlichen Genen und einer Anfälligkeit oder eben Widerstandsfähigkeit gegen Krebs viel besser analysieren", so Dugas. Auch für andere Fachdisziplinen bis hin zur Stammzellforschung sei der Gen-Atlas somit interessant. Eine Fortführung über die Förderung der Carreras-Stiftung hinaus hält er deshalb für "unbedingt sinnvoll" und will schon in Kürze nach weiteren Geldgebern suchen.

Norbert Frie | idw
Weitere Informationen:
http://campus.uni-muenster.de/imib.html

Weitere Berichte zu: Carreras-Stiftung Computersystem Genatlas IMIB Leukämieforschung

Weitere Nachrichten aus der Kategorie Förderungen Preise:

nachricht Gesundes Altern: Neues EU-Projekt zur menschlichen Leber
23.08.2017 | Universität Bielefeld

nachricht Platz 2 für Helikopter-Designstudie aus Stade - Carbontechnologie-Studenten der PFH erfolgreich
23.08.2017 | PFH Private Hochschule Göttingen

Alle Nachrichten aus der Kategorie: Förderungen Preise >>>

Die aktuellsten Pressemeldungen zum Suchbegriff Innovation >>>

Die letzten 5 Focus-News des innovations-reports im Überblick:

Im Focus: Platz 2 für Helikopter-Designstudie aus Stade - Carbontechnologie-Studenten der PFH erfolgreich

Bereits lange vor dem Studienabschluss haben vier Studenten des PFH Hansecampus Stade ihr ingenieurwissenschaftliches Können eindrucksvoll unter Beweis gestellt: Malte Blask, Hagen Hagens, Nick Neubert und Rouven Weg haben bei einem internationalen Wettbewerb der American Helicopter Society (AHS International) den zweiten Platz belegt. Ihre Aufgabe war es, eine Designstudie für ein helikopterähnliches Fluggerät zu entwickeln, das 24 Stunden an einem Punkt in der Luft fliegen kann.

Die vier Kommilitonen sind im Studiengang Verbundwerkstoffe/Composites am Hansecampus Stade der PFH Private Hochschule Göttingen eingeschrieben. Seit elf...

Im Focus: Wissenschaftler entdecken seltene Ordnung von Elektronen in einem supraleitenden Kristall

In einem Artikel der aktuellen Ausgabe des Forschungsmagazins „Nature“ berichten Wissenschaftler vom Max-Planck-Institut für Chemische Physik fester Stoffe in Dresden von der Entdeckung eines seltenen Materiezustandes, bei dem sich die Elektronen in einem Kristall gemeinsam in einer Richtung bewegen. Diese Entdeckung berührt eine der offenen Fragestellungen im Bereich der Festkörperphysik: Was passiert, wenn sich Elektronen gemeinsam im Kollektiv verhalten, in sogenannten „stark korrelierten Elektronensystemen“, und wie „einigen sich“ die Elektronen auf ein gemeinsames Verhalten?

In den meisten Metallen beeinflussen sich Elektronen gegenseitig nur wenig und leiten Wärme und elektrischen Strom weitgehend unabhängig voneinander durch das...

Im Focus: Wie ein Bakterium von Methanol leben kann

Bei einem Bakterium, das Methanol als Nährstoff nutzen kann, identifizierten ETH-Forscher alle dafür benötigten Gene. Die Erkenntnis hilft, diesen Rohstoff für die Biotechnologie besser nutzbar zu machen.

Viele Chemiker erforschen derzeit, wie man aus den kleinen Kohlenstoffverbindungen Methan und Methanol grössere Moleküle herstellt. Denn Methan kommt auf der...

Im Focus: Topologische Quantenzustände einfach aufspüren

Durch gezieltes Aufheizen von Quantenmaterie können exotische Materiezustände aufgespürt werden. Zu diesem überraschenden Ergebnis kommen Theoretische Physiker um Nathan Goldman (Brüssel) und Peter Zoller (Innsbruck) in einer aktuellen Arbeit im Fachmagazin Science Advances. Sie liefern damit ein universell einsetzbares Werkzeug für die Suche nach topologischen Quantenzuständen.

In der Physik existieren gewisse Größen nur als ganzzahlige Vielfache elementarer und unteilbarer Bestandteile. Wie das antike Konzept des Atoms bezeugt, ist...

Im Focus: Unterwasserroboter soll nach einem Jahr in der arktischen Tiefsee auftauchen

Am Dienstag, den 22. August wird das Forschungsschiff Polarstern im norwegischen Tromsø zu einer besonderen Expedition in die Arktis starten: Der autonome Unterwasserroboter TRAMPER soll nach einem Jahr Einsatzzeit am arktischen Tiefseeboden auftauchen. Dieses Gerät und weitere robotische Systeme, die Tiefsee- und Weltraumforscher im Rahmen der Helmholtz-Allianz ROBEX gemeinsam entwickelt haben, werden nun knapp drei Wochen lang unter Realbedingungen getestet. ROBEX hat das Ziel, neue Technologien für die Erkundung schwer erreichbarer Gebiete mit extremen Umweltbedingungen zu entwickeln.

„Auftauchen wird der TRAMPER“, sagt Dr. Frank Wenzhöfer vom Alfred-Wegener-Institut, Helmholtz-Zentrum für Polar- und Meeresforschung (AWI) selbstbewusst. Der...

Alle Focus-News des Innovations-reports >>>

Anzeige

Anzeige

IHR
JOB & KARRIERE
SERVICE
im innovations-report
in Kooperation mit academics
Veranstaltungen

DFG unterstützt Kongresse und Tagungen - Oktober 2017

23.08.2017 | Veranstaltungen

6. Leichtbau-Tagung: Großserienfähiger Leichtbau im Automobil

23.08.2017 | Veranstaltungen

International führende Informatiker in Paderborn

21.08.2017 | Veranstaltungen

 
VideoLinks
B2B-VideoLinks
Weitere VideoLinks >>>
Aktuelle Beiträge

Turbulente Bewegungen in der Atmosphäre eines fernen Sterns

23.08.2017 | Physik Astronomie

DFG unterstützt Kongresse und Tagungen - Oktober 2017

23.08.2017 | Veranstaltungsnachrichten

Mit Algen Arthritis behandeln

23.08.2017 | Biowissenschaften Chemie