Forum für Wissenschaft, Industrie und Wirtschaft

Hauptsponsoren:     3M 
Datenbankrecherche:

 

Computersystem für Krebsforscher: Carreras-Stiftung fördert weltweiten "Leukämie-Genatlas"

20.07.2009
Bis zu einem Terabyte für einen einzigen Patienten, mehr als der Speicherplatz gängiger Heimcomputer: Die Datenmengen, die in der modernen Leukämieforschung anfallen, sind riesig - und die Auswertung sowie Interpretation nur mit modernen Informatik-Verfahren möglich.

Ein solches entwickelt mit dem weltweiten "Leukämie-Genatlas" derzeit das Institut für Medizinische Informatik und Biomathematik (IMIB) der Universität Münster. Den Aufbau der neuen Datenbank ermöglicht die Deutsche José Carreras Stiftung, die für das Projekt eine Anschubfinanzierung von rund 120.000 Euro zur Verfügung stellt.

Unter der Leitung von Prof. Martin Dugas wird das IMIB in seinem Leukämie-Genatlas ab Oktober alle wichtigen veröffentlichten Studiendaten zur molekularen Leukämieforschung sammeln. Auf "etwa 300 bis 400 weltweit" schätzt der Mediziner und Informatikprofessor die Zahl der Publikationen, die in den nächsten zwei Jahren ausgewertet und eingefügt werden müssen. Ziel sei es, die molekularen Daten inklusive der zugehörigen Labor- und Klinikangaben für die Forschung zugänglich und vergleichbar zu machen. Als Vorbild dient die Datenbank REMBRANDT des US-amerikanischen Nationalen Krebsinstitutes, die Informationen zu Hirntumoren bereitstellt.

Beim Aufbau des Genatlanten - "wegen der abweichenden Studienmethoden leider viel Handarbeit", so Dugas - kooperiert das IMIB mit Leukämieforschern in Münster, München, Ulm, Mannheim, Dresden und Los Angeles. Durch die Rückkopplung mit diesen Partnern soll das Computersystem dynamisch an die Nutzeranforderungen angepasst werden. Der Hintergrund: Im der Leukämieforschung gibt es derzeit eine regelrechte Datenexplosion. Während die schon seit längerem verfügbaren Genexpressions-Chips "nur" einige Zehntausend Messpunkte liefern, produzieren so genannte SNP-chips und vor allem neue Sequenzierverfahren wie zum Beispiel ChIP-Seq nun Millionen von Datenpunkten je Patient.

Im Vergleich zu bestehenden Informationsquellen wie GEO oder ArrayExpress werden Leukämieforscher in dem neuen Genatlas die gesuchten Angaben nicht nur wesentlich schneller, leichter und kompletter finden: "Durch unsere Vorarbeit ist es möglich, neue Leukämiedaten aus klinischen Studien oder Experimenten mit Zelllinien halbautomatisch mit bereits verfügbaren Informationen abzugleichen", erläutert Dugas. Diese Funktion sei nicht zuletzt deshalb hilfreich, weil die neuen aufwändigen und teuren Laborverfahren eine computergestützte Qualitätskontrolle benötigen: "Mit dem Genatlas lässt sich schnell erkennen, ob die eigenen Forschungsergebnisse mit denen anderer Wissenschaftler übereinstimmen". Manche kostenintensive Studie dürfte laut Prof. Dugas durch den Atlas sogar überflüssig werden, weil dieser sie als Dopplung erkennbar macht.

Über den Nutzen als Arbeitshilfe und als "Motor" für die beschleunigte Umsetzung neuer Erkenntnisse in der klinischen Anwendung hinaus sieht er noch eine weitere Bedeutung der Datenbank.

Zwar gehöre die Leukämie zu den vergleichsweise seltenen Krebserkrankungen, doch habe sie in der Forschung Modellcharakter für andere Krebsarten: "Das Zellmaterial ist für molekulare Untersuchungen besonders gut geeignet. Daher lässt sich auch der Zusammenhang zwischen bestimmten menschlichen Genen und einer Anfälligkeit oder eben Widerstandsfähigkeit gegen Krebs viel besser analysieren", so Dugas. Auch für andere Fachdisziplinen bis hin zur Stammzellforschung sei der Gen-Atlas somit interessant. Eine Fortführung über die Förderung der Carreras-Stiftung hinaus hält er deshalb für "unbedingt sinnvoll" und will schon in Kürze nach weiteren Geldgebern suchen.

Norbert Frie | idw
Weitere Informationen:
http://campus.uni-muenster.de/imib.html

Weitere Berichte zu: Carreras-Stiftung Computersystem Genatlas IMIB Leukämieforschung

Weitere Nachrichten aus der Kategorie Förderungen Preise:

nachricht Spitzenforschung vom Nanodraht bis zur Supernova: Fünf ERC Consolidator Grants für die TU München
14.12.2017 | Technische Universität München

nachricht Leibniz-Preise 2018: DFG zeichnet vier Wissenschaftlerinnen und sieben Wissenschaftler aus
14.12.2017 | Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG)

Alle Nachrichten aus der Kategorie: Förderungen Preise >>>

Die aktuellsten Pressemeldungen zum Suchbegriff Innovation >>>

Die letzten 5 Focus-News des innovations-reports im Überblick:

Im Focus: Immunsystem - Blutplättchen können mehr als bislang bekannt

LMU-Mediziner zeigen eine wichtige Funktion von Blutplättchen auf: Sie bewegen sich aktiv und interagieren mit Erregern.

Die aktive Rolle von Blutplättchen bei der Immunabwehr wurde bislang unterschätzt: Sie übernehmen mehr Funktionen als bekannt war. Das zeigt eine Studie von...

Im Focus: First-of-its-kind chemical oscillator offers new level of molecular control

DNA molecules that follow specific instructions could offer more precise molecular control of synthetic chemical systems, a discovery that opens the door for engineers to create molecular machines with new and complex behaviors.

Researchers have created chemical amplifiers and a chemical oscillator using a systematic method that has the potential to embed sophisticated circuit...

Im Focus: Nanostrukturen steuern Wärmetransport: Bayreuther Forscher entdecken Verfahren zur Wärmeregulierung

Der Forschergruppe von Prof. Dr. Markus Retsch an der Universität Bayreuth ist es erstmals gelungen, die von der Temperatur abhängige Wärmeleitfähigkeit mit Hilfe von polymeren Materialien präzise zu steuern. In der Zeitschrift Science Advances werden diese fortschrittlichen, zunächst für Laboruntersuchungen hergestellten Funktionsmaterialien beschrieben. Die hiermit gewonnenen Erkenntnisse sind von großer Relevanz für die Entwicklung neuer Konzepte zur Wärmedämmung.

Von Schmetterlingsflügeln zu neuen Funktionsmaterialien

Im Focus: Lange Speicherung photonischer Quantenbits für globale Teleportation

Wissenschaftler am Max-Planck-Institut für Quantenoptik erreichen mit neuer Speichertechnik für photonische Quantenbits Kohärenzzeiten, welche die weltweite...

Im Focus: Long-lived storage of a photonic qubit for worldwide teleportation

MPQ scientists achieve long storage times for photonic quantum bits which break the lower bound for direct teleportation in a global quantum network.

Concerning the development of quantum memories for the realization of global quantum networks, scientists of the Quantum Dynamics Division led by Professor...

Alle Focus-News des Innovations-reports >>>

Anzeige

Anzeige

IHR
JOB & KARRIERE
SERVICE
im innovations-report
in Kooperation mit academics
Veranstaltungen

Call for Contributions: Tagung „Lehren und Lernen mit digitalen Medien“

15.12.2017 | Veranstaltungen

Die Stadt der Zukunft nachhaltig(er) gestalten: inter 3 stellt Projekte auf Konferenz vor

15.12.2017 | Veranstaltungen

Mit allen Sinnen! - Sensoren im Automobil

14.12.2017 | Veranstaltungen

 
VideoLinks
B2B-VideoLinks
Weitere VideoLinks >>>
Aktuelle Beiträge

Weltrekord: Jülicher Forscher simulieren Quantencomputer mit 46 Qubits

15.12.2017 | Informationstechnologie

Wackelpudding mit Gedächtnis – Verlaufsvorhersage für handelsübliche Lacke

15.12.2017 | Verfahrenstechnologie

Forscher vereinfachen Installation und Programmierung von Robotersystemen

15.12.2017 | Energie und Elektrotechnik