Genomstandards für die Zukunft: Internationales Konsortium setzt neue Maßstäbe
Inzwischen sind in den weltweit öffentlich zugänglichen Sequenzdatenbanken wie GenBank und EMBL die kompletten Genome von mehr als 1000 Einzellern (Bakterien und Archaeen) und 100 Eukaryoten (z. B. Pflanzen, Tiere, Algen) gespeichert.
Jetzt hat ein internationales Konsortium von Wissenschaftern im renommierten Fachblatt Nature Biotechnology neue Regeln publiziert , welchen Qualitätskriterien diese Datensätze genügen sollten und welche Mindestinformationen anzugeben seien.
Die neue Richtlinie des Genomics Standard Consortiums (GSC) nennt sich „Minimum Information about a Genome Sequence“ (MIGS) und ist im Internet unter http://gensc.org/ einsehbar.
Zwei Wissenschaftler vom Bremer Max-Planck-Institut für marine Mikrobiologie sind mit im GSC-Team, das nahezu alle großen Datenbankprovider und Sequenzierzentren umfasst. Prof. Dr. Frank Oliver Glöckner ist hoffnungsvoll: „Wir arbeiten jetzt seit mehr als sieben Jahren im Bereich der marinen Umweltgenomik. Die neuen Standards bringen uns einen Riesenschritt voran, indem sie uns helfen werden unsere Umweltorganismen besser verstehen zu lernen.“
Die Urheber der neuen Standards haben sich viele Gedanken gemacht, denn Standards leben davon, dass sie aktiv genutzt werden und den Export in andere Programme vereinfachen. Ähnlich wie bei der Entwicklung der Web Standards, die vor einigen Jahren das Internet revolutionierten und die Weiterentwicklung ermöglichen, soll der MIGS-Standard den molekularen Informationsfluss in der Biologie erleichtern.
Ziel des Konsortiums war es deshalb, mit den Betreibern der öffentlichen Sequenzdatenbanken wie z. B. GenBank und EMBL, die Genominformationen so zu standardisieren, dass diese auch mit vielen zukünftigen Anwendungen kompatibel sind. Diese Vorgaben sind erfüllt: Mit einem frei erhältlichen Internetbrowser hat jeder Zugang zu allen derzeit verfügbaren Informationen unserer Genome auf http://gensc.org/. Weitere Informationen, wie z.B. der genaue Lebensraum, sollen dort in Zukunft nach MIGS-Standard abgespeichert werden. Bisher sind diese Daten nur mühevoll aus der Fachliteratur zu gewinnen.
Manfred Schlösser
Originalartikel
Dawn Field et al., (2008) The Minimum Information about a Genome Sequence, Nature Biotechnology 26, 541 – 547.
Kontakt und Ansprechpartner
Prof. Dr. Frank Oliver Glöckner, 0421 2028970, floecknmpi-bremen.de
Renzo Kottmann, MSc 0421 2028974, rkottmanmpi-bremen.de
Pressesprecher
Dr. Manfred Schlösser 0421 2028704, mschloesmpi-bremen.de
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