Forum für Wissenschaft, Industrie und Wirtschaft

Hauptsponsoren:     3M 
Datenbankrecherche:

 

Protein Modeling and Bioinformatics

05.09.2001


Protein Structure Database
CCG has created a searchable database of over 13,000 protein structures from the Protein Data Bank. Each structure was imported using CCG’s PDB reader which corrects many of the errors commonly found in protein structure files. A graphical browser allows for searches on header, title, compound, het groups, resolution, date and experimental technique

Fold Identification
CCG has created a searchable database of structural families of proteins by exhaustively and iteratively clustering the Protein Data Bank. Incorporating rigorous sequence-to-family alignment, secondary structure prediction, hydrophobic fitness and Z-scoring, the search procedure outputs reliable homologues with a minimum of false positives. 

Multiple Alignment
CCG’s unique technology for simultaneous multiple sequence and structure alignment supports arbitrary constraints on residues, predicted secondary structure weighting and no pre-set limits on the number of proteins. The resulting alignment is a true multiple alignment and global superposition with no "master" sequence. 

Consensus Features
Geometric criteria are used to rapidly determine the structurally conserved features in a family of proteins including conserved waters. Separate criteria are used for the backbone, side chains and waters. A consensus structure can be output for use as a homology modeling template. 

Structure Prediction

Homology modeling techniques are used to build complete high-quality 3D structures of proteins from a template. Environment units such as bound ligands and conserved waters can be used in the template. A rotamer library is used to place side chain atoms. Multiple models are built and ranked with a statistical assessment of model quality. 

Protein Mechanics and Dynamics

Proteins structures can be refined using either AMBER ’89, ’94, MMFF94 or Engh-Huber parameters augmented with an implicit solvent model. Atom tethers, restraints and chiral constraints are supported. Molecular dynamics can be performed in either the NVE, NVT, NPT or NPH ensembles. 

Stereochemical Quality

Statistical measures (derived from x-ray crystal structures) of bond lengths, angles, backbone dihedrals and non-bonded contacts are used to assess the overall stereochemical quality of a protein structure. A graphical interface allows for the identification and visualization of outliers. 

Contact Analysis
Stabilizing contacts such as hydrogen bonds, salt bridges, hydrophobic contacts and disulfide bonds are often implicated in protein function. A graphical interface allows for the determination of important contacts that are often undetected in sequence alignments.

Chemical Computing Group | Chemical Computing Group

Weitere Berichte zu: Bioinformatics CCG’s Protein

Weitere Nachrichten aus der Kategorie Biowissenschaften Chemie:

nachricht In Form bleiben
16.08.2018 | Max-Planck-Institut für molekulare Zellbiologie und Genetik

nachricht Intelligente Fluoreszenzfarbstoffe
16.08.2018 | Gesellschaft Deutscher Chemiker e.V.

Alle Nachrichten aus der Kategorie: Biowissenschaften Chemie >>>

Die aktuellsten Pressemeldungen zum Suchbegriff Innovation >>>

Die letzten 5 Focus-News des innovations-reports im Überblick:

Im Focus: Eisen und Titan in der Atmosphäre eines Exoplaneten entdeckt

Forschende der Universitäten Bern und Genf haben erstmals in der Atmosphäre eines Exoplaneten Eisen und Titan nachgewiesen. Die Existenz dieser Elemente in Gasform wurde von einem Team um den Berner Astronomen Kevin Heng theoretisch vorausgesagt und konnte nun von Genfern Astronominnen und Astronomen bestätigt werden.

Planeten in anderen Sonnensystemen, sogenannte Exoplaneten, können sehr nah um ihren Stern kreisen. Wenn dieser Stern viel heisser ist als unsere Sonne, dann...

Im Focus: Magnetische Antiteilchen eröffnen neue Horizonte für die Informationstechnologie

Computersimulationen zeigen neues Verhalten von Antiskyrmionen bei zunehmenden elektrischen Strömen

Skyrmionen sind magnetische Nanopartikel, die als vielversprechende Kandidaten für neue Technologien zur Datenspeicherung und Informationsverarbeitung gelten....

Im Focus: Unraveling the nature of 'whistlers' from space in the lab

A new study sheds light on how ultralow frequency radio waves and plasmas interact

Scientists at the University of California, Los Angeles present new research on a curious cosmic phenomenon known as "whistlers" -- very low frequency packets...

Im Focus: Neue interaktive Software: Maschinelles Lernen macht Autodesigns aerodynamischer

Neue Software verwendet erstmals maschinelles Lernen um Strömungsfelder um interaktiv designbare 3D-Objekte zu berechnen. Methode wird auf der renommierten SIGGRAPH-Konferenz vorgestellt

Wollen Ingenieure oder Designer die aerodynamischen Eigenschaften eines neu gestalteten Autos, eines Flugzeugs oder anderer Objekte testen, lassen sie den...

Im Focus: New interactive machine learning tool makes car designs more aerodynamic

Scientists develop first tool to use machine learning methods to compute flow around interactively designable 3D objects. Tool will be presented at this year’s prestigious SIGGRAPH conference.

When engineers or designers want to test the aerodynamic properties of the newly designed shape of a car, airplane, or other object, they would normally model...

Alle Focus-News des Innovations-reports >>>

Anzeige

Anzeige

VideoLinks
Industrie & Wirtschaft
Veranstaltungen

Aktuelles aus der Magnetischen Resonanzspektroskopie

16.08.2018 | Veranstaltungen

DFG unterstützt Kongresse und Tagungen - Oktober 2018

16.08.2018 | Veranstaltungen

Das Architekturmodell in Zeiten der Digitalen Transformation

14.08.2018 | Veranstaltungen

VideoLinks
Wissenschaft & Forschung
Weitere VideoLinks im Überblick >>>
 
Aktuelle Beiträge

Schatzkammer Datenbank: Digitalisierte Schwingfestigkeitskennwerte sparen Entwicklungszeit

16.08.2018 | Informationstechnologie

Interaktive Software erleichtert Design komplexer Gussformen

16.08.2018 | Informationstechnologie

Fraunhofer HHI entwickelt Quantenkommunikation für jedermann im EU-Projekt UNIQORN

16.08.2018 | Informationstechnologie

Weitere B2B-VideoLinks
IHR
JOB & KARRIERE
SERVICE
im innovations-report
in Kooperation mit academics