Wie lassen sich Forschungsdaten standardisieren?

Moderne Mikroskope produzieren sehr große Datensätze, die gespeichert, verarbeitet und archiviert werden müssen. Das Konsortium möchte den Workflow durch eine Standardisierung der Formate und Bearbeitungsschritte vereinfachen.
(c) Werner Zuschratter / LIN

Analysiert man Hirnschnitte oder Zellen unter dem Mikroskop, entstehen schnell große Mengen an Daten. Doch wie kann man diese Bilddateien strukturiert abspeichern, sodass sie auch von anderen Forschenden genutzt oder automatisiert verarbeitet werden können?

Das Konsortium NFDI4BIOIMAGE, an dem Dr. Werner Zuschratter und Torsten Stöter vom Leibniz-Institut für Neurobiologie (LIN) Magdeburg beteiligt sind, hat sich vorgenommen, Standards für Forschungsdaten aus dem Bereich Mikroskopie und Bioimaging zu entwickeln. Um solche interoperablen und Cloud-kompatiblen Standards für multi-modale Datensätze zu realisieren, wird das Konsortium in den nächsten 5 Jahren mit 10 Millionen Euro gefördert.

„Wir haben uns als Konsortium mit 22 Institutionen in der dritten und letzten Ausschreibung 2021 beworben und wurden im November 2022 als offizieller Teil der NFDI anerkannt. Im März können wir nun mit unserer Arbeit beginnen“, erklärt Torsten Stöter, Software-Ingenieur in der Combinatorial NeuroImaging Core Facility am LIN. Der Fokus der NFDI4BIOIMAGE-Initiative liegt auf Forschungsdaten für die Mikroskopie und Bildanalyse.

Gerade im Bereich Mikroskopie und biologische Bildverarbeitung fallen riesige Mengen an Forschungsdaten an, die aus räumlichen, zeitlichen und spektralen Informationen der primären Bilddaten sowie der mikroskopspezifischen Metadaten bestehen. „Pro untersuchter Probe entstehen je nach Imagingverfahren schnell Giga- bis Terabyte große Dateien und die Aufgabe besteht folglich darin, praktikable Lösungen für die Speicherung, Verarbeitung, Analyse und die gemeinsame Nutzung von Bioimaging-Daten zu finden“, beschreibt Mikroskopie-Experte Zuschratter das Forschungsfeld. „Gemeinsame Standards sind dabei der Grundstein dafür, dass Daten von anderen wiederverwendet werden können. Und auch die automatische Verarbeitung wird erleichtert, wenn Daten in einer einheitlichen Struktur vorliegen“, so Stöter.

Die Nationale Forschungsdateninfrastruktur NFDI ist eine von Bund und Ländern gemeinsam finanzierte Initiative zum Aufbau eines Infrastrukturrahmens für das Forschungsdatenmanagement in Deutschland. Das Netzwerk, in dem insgesamt 27 Konsortien aus allen Wissenschaftsbereichen über einen Zeitraum von bis zu zehn Jahren finanziert werden, soll gemeinsame Standards entwickeln und zentrale Infrastrukturen für die Speicherung, Vernetzung und Nutzung von Daten aus Wissenschaft und Forschung aufbauen. Damit soll zukünftig eine nachhaltige fach- und institutsübergreifende Mehrfachnutzung der Daten ermöglicht werden.

Wissenschaftliche Ansprechpartner:

Dr. Werner Zuschatter

Weitere Informationen:

https://nfdi4bioimage.de/en/start

http://www.lin-magdeburg.de/

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