Forum für Wissenschaft, Industrie und Wirtschaft

Hauptsponsoren:     3M 
Datenbankrecherche:

 

Textmining-Verfahren in den Life Sciences werden immer wichtiger

20.10.2004


Die Bedeutung des Textmining in Pharmazie, Medizin, Chemie und Biologie wird in Zukunft weiter wachsen. Das ist das Fazit eines Symposiums zum Einsatz von Textmining-Verfahren in den Life Sciences am 5. Oktober auf Schloss Birlinghoven in Sankt Augustin. Bereits zum zweiten Mal hatten das Fraunhofer-Institut für Algorithmen und Wissenschaftliches Rechnen (SCAI) und das Softwareunternehmen TEMIS (Heidelberg) Experten aus Industrie und akademischer Forschung zu einem Erfahrungsaustausch eingeladen.



In diesen Gebieten Fachleuten ist es aufgrund der enormen Menge der Literatur längst praktisch unmöglich, selbst in eng umrissenen Arbeitsgebieten alle relevanten Veröffentlichungen zu verfolgen und zu berücksichtigen. Daher ist der Bedarf nach automatischen Verfahren zur Analyse großer Textmengen, dem so genannten Textmining, in den Life Sciences seit jeher groß und nimmt weiter zu. Wo und in welcher Form derartige Methoden heute bereits eingesetzt werden, aber auch, was an Fragen in der nahen Zukunft noch zu lösen sein wird, stellten Experten in Fachvorträgen und Systemvorführungen vor.

... mehr zu:
»IPSEN »Life »MdL »Science »TEMIS »Textmining


Die Beteiligung von circa 50 Experten vorwiegend aus der europäischen pharmazeutischen Industrie verdeutlichte nicht nur, welche Bedeutung dem Thema Textmining dort inzwischen beigemessen wird, sondern kann auch als Beleg für ein erfolgreiches Beispiel der Zusammenarbeit zwischen öffentlicher Forschung und Privatwirtschaft gesehen werden: Die beiden Veranstalter SCAI und TEMIS kooperieren seit zwei Jahren eng bei der Entwicklung innovativer Produkte und Dienstleistungen. Wie nahe auf diesem Gebiet Systeme im produktiven Einsatz einerseits und offene Forschungsfragestellungen andererseits beieinander liegen, wurde im Vortragsprogramm deutlich.

Georg Rosenfeld von der Zentralverwaltung der Fraunhofer-Gesellschaft (FhG) unterstrich die Bedeutung und das Potenzial von Textmining als Zukunftstechnologie, und erklärte, das Thema sei für die FhG einer der Schwerpunkte der anwendungsorientierten Forschung, denen man in den kommenden Jahren besondere Bedeutung beimessen werde. Sophia Ananiadou vom nationalen Zentrum für Textmining in Großbritannien beschrieb in ihrem Beitrag die enormen Anforderungen an die Verarbeitung biomedizinischer Daten, die sich nicht zuletzt aus der Größe und Komplexität der verwendeten Terminologien ergeben. Udo Hahn von der Universität Jena gab den Zuhörern einen breiten Überblick über die notwendigen sprachverarbeitenden Verfahren, die die Computerlinguistik für derartige Aufgaben bereithält.

Wie die Umsetzung der Analyse-Anforderungen aus der Pharma- und Chemiebranche bei einer industriell einsetzbaren Software aussieht, beschrieb Günther Kurapkat von TEMIS in Heidelberg. Eine offene Architektur, die die Möglichkeit zur Integration aufgabenspezifischer Wissensquellen einerseits mit generellen Verfahren der Verarbeitung von geschriebener Sprache andererseits unterstützt, ist die Voraussetzung für eine breite Einsetzbarkeit in unterschiedlichen Szenarien in den Life Sciences.

Dass dieses Konzept bei TEMIS keine Zukunftsmusik ist, sondern sich heute bereits vielfach im produktiven Einsatz befindet, wurde in den anschließenden Präsentationen von Eric Ferrandis von IPSEN Pharma, Helmut Grotz von MDL Informationssysteme und Mathias Göschl von LION Bioscience deutlich. Bei IPSEN werden mit einer von TEMIS und SCAI gemeinsam entwickelten Software Informationen über die Interaktion von Proteinen aus wissenschaftlichen Publikationen extrahiert. MDL verwendet dieselben Systeme, um automatisch Informationen über chemische Reaktionen zu ermitteln, während LION die Software von TEMIS als Basis der Text-Mining-Funktionalitäten seiner Systeme SRS und LTE gewählt hat.

Ein Anwendungsbeispiel aus der Pflanzenbiologie beschrieb Juliane Fluck vom SCAI, die mithilfe einer angepassten Komponente zur Erkennung von Proteinen der Arabidopsis thaliana den normalerweise rein manuellen Prozess der Annotierung von Information in eine Pflanzenontologie erheblich effizienter gestalten konnte. Martin Hofmann, Leiter der Abteilung Bioinformatik am SCAI, betrat in seinem abschließenden Vortrag Neuland, als er Arbeiten am SCAI vorstellte, die die automatische Ermittlung chemischer Strukturinformationen aus Grafiken beschrieb.

Über SCAI

Die Abteilung Bioinformatik am Fraunhofer Institut SCAI forscht in enger Kooperation mit der Industrie auf den Gebieten
- semantischen Textanalyse und Textmining in den Life Sciences und der Medizin,
- semantische Services im Kontext des Grid-Computing und
- angewandte Chemieinformatik.
Zu den Kunden und Kooperationspartnern gehören NEC, Lion Bioscience, TEMIS, BioSoveIT und AVENTIS Pharma sowie die Max-Planck-Institute für Molekulare Pflanzenphysiologie (Golm) und für Informatik (Saarbrücken).

Über TEMIS

TEMIS ist das führende europäische Softwareunternehmen im Bereich Textmining in den Life Sciences. Vom Hauptsitz in Paris und den Niederlassungen in Deutschland, Italien, Großbritannien und den USA aus arbeitet TEMIS mit Kunden wie Novartis, Roche, IPSEN und MDL, aber auch mit Unternehmen aus anderen Bereichen wie TotalFinaElf, DaimlerChrysler, Credit Lyonnais oder LexisNexis am Einsatz von Textmining Verfahren in unterschiedlichsten Szenarien wie Klassifikation und Indexierung, Patentanalyse, Markt- und Mitbewerberbeobachtung oder Kundenfeedbackanalyse.

Ansprechpartner:
TEMIS Deutschland GmbH
Stefan Geißler
Tel.: 06221 / 13753-12
stefan.geissler@temis-group.com

Fraunhofer-Institut für Algorithmen und Wissenschaftliches Rechnen (SCAI)
Abteilung Bioinformatik
Dr. Martin Hofmann
Tel. 02241 / 14-2802
martin.hofmann@scai.fraunhofer.de

Dipl.-Journ. Michael Krapp | idw
Weitere Informationen:
http://www.temis-group.com
http://www.scai.fraunhofer.de

Weitere Berichte zu: IPSEN Life MdL Science TEMIS Textmining

Weitere Nachrichten aus der Kategorie Interdisziplinäre Forschung:

nachricht Entzündungshemmende Birkeninhaltsstoffe nachhaltig nutzen
03.07.2017 | Christian-Albrechts-Universität zu Kiel

nachricht Blick unter den Gletscher
12.06.2017 | Universität Bern

Alle Nachrichten aus der Kategorie: Interdisziplinäre Forschung >>>

Die aktuellsten Pressemeldungen zum Suchbegriff Innovation >>>

Die letzten 5 Focus-News des innovations-reports im Überblick:

Im Focus: Molekulares Lego

Sie können ihre Farbe wechseln, ihren Spin verändern oder von fest zu flüssig wechseln: Eine bestimmte Klasse von Polymeren besitzt faszinierende Eigenschaften. Wie sie das schaffen, haben Forscher der Uni Würzburg untersucht.

Bei dieser Arbeit handele es sich um ein „Hot Paper“, das interessante und wichtige Aspekte einer neuen Polymerklasse behandelt, die aufgrund ihrer Vielfalt an...

Im Focus: Das Universum in einem Kristall

Dresdener Forscher haben in Zusammenarbeit mit einem internationalen Forscherteam einen unerwarteten experimentellen Zugang zu einem Problem der Allgemeinen Realitätstheorie gefunden. Im Fachmagazin Nature berichten sie, dass es ihnen in neuartigen Materialien und mit Hilfe von thermoelektrischen Messungen gelungen ist, die Schwerkraft-Quantenanomalie nachzuweisen. Erstmals konnten so Quantenanomalien in simulierten Schwerfeldern an einem realen Kristall untersucht werden.

In der Physik spielen Messgrößen wie Energie, Impuls oder elektrische Ladung, welche ihre Erscheinungsform zwar ändern können, aber niemals verloren gehen oder...

Im Focus: Manipulation des Elektronenspins ohne Informationsverlust

Physiker haben eine neue Technik entwickelt, um auf einem Chip den Elektronenspin mit elektrischen Spannungen zu steuern. Mit der neu entwickelten Methode kann der Zerfall des Spins unterdrückt, die enthaltene Information erhalten und über vergleichsweise grosse Distanzen übermittelt werden. Das zeigt ein Team des Departement Physik der Universität Basel und des Swiss Nanoscience Instituts in einer Veröffentlichung in Physical Review X.

Seit einigen Jahren wird weltweit untersucht, wie sich der Spin des Elektrons zur Speicherung und Übertragung von Information nutzen lässt. Der Spin jedes...

Im Focus: Manipulating Electron Spins Without Loss of Information

Physicists have developed a new technique that uses electrical voltages to control the electron spin on a chip. The newly-developed method provides protection from spin decay, meaning that the contained information can be maintained and transmitted over comparatively large distances, as has been demonstrated by a team from the University of Basel’s Department of Physics and the Swiss Nanoscience Institute. The results have been published in Physical Review X.

For several years, researchers have been trying to use the spin of an electron to store and transmit information. The spin of each electron is always coupled...

Im Focus: Das Proton präzise gewogen

Wie schwer ist ein Proton? Auf dem Weg zur möglichst exakten Kenntnis dieser fundamentalen Konstanten ist jetzt Wissenschaftlern aus Deutschland und Japan ein wichtiger Schritt gelungen. Mit Präzisionsmessungen an einem einzelnen Proton konnten sie nicht nur die Genauigkeit um einen Faktor drei verbessern, sondern auch den bisherigen Wert korrigieren.

Die Masse eines einzelnen Protons noch genauer zu bestimmen – das machen die Physiker um Klaus Blaum und Sven Sturm vom Max-Planck-Institut für Kernphysik in...

Alle Focus-News des Innovations-reports >>>

Anzeige

Anzeige

IHR
JOB & KARRIERE
SERVICE
im innovations-report
in Kooperation mit academics
Veranstaltungen

Den Nachhaltigkeitskreis schließen: Lebensmittelschutz durch biobasierte Materialien

21.07.2017 | Veranstaltungen

Operatortheorie im Fokus

20.07.2017 | Veranstaltungen

Technologietag der Fraunhofer-Allianz Big Data: Know-how für die Industrie 4.0

18.07.2017 | Veranstaltungen

 
VideoLinks
B2B-VideoLinks
Weitere VideoLinks >>>
Aktuelle Beiträge

Den Nachhaltigkeitskreis schließen: Lebensmittelschutz durch biobasierte Materialien

21.07.2017 | Veranstaltungsnachrichten

Mikrophotonik – Optische Technologien auf dem Weg in die Hochintegration

21.07.2017 | Förderungen Preise

1,4 Millionen Euro für Forschungsprojekte im Industrie 4.0-Kontext

20.07.2017 | Förderungen Preise