Forum für Wissenschaft, Industrie und Wirtschaft

Hauptsponsoren:     3M 
Datenbankrecherche:

 

Textmining-Verfahren in den Life Sciences werden immer wichtiger

20.10.2004


Die Bedeutung des Textmining in Pharmazie, Medizin, Chemie und Biologie wird in Zukunft weiter wachsen. Das ist das Fazit eines Symposiums zum Einsatz von Textmining-Verfahren in den Life Sciences am 5. Oktober auf Schloss Birlinghoven in Sankt Augustin. Bereits zum zweiten Mal hatten das Fraunhofer-Institut für Algorithmen und Wissenschaftliches Rechnen (SCAI) und das Softwareunternehmen TEMIS (Heidelberg) Experten aus Industrie und akademischer Forschung zu einem Erfahrungsaustausch eingeladen.



In diesen Gebieten Fachleuten ist es aufgrund der enormen Menge der Literatur längst praktisch unmöglich, selbst in eng umrissenen Arbeitsgebieten alle relevanten Veröffentlichungen zu verfolgen und zu berücksichtigen. Daher ist der Bedarf nach automatischen Verfahren zur Analyse großer Textmengen, dem so genannten Textmining, in den Life Sciences seit jeher groß und nimmt weiter zu. Wo und in welcher Form derartige Methoden heute bereits eingesetzt werden, aber auch, was an Fragen in der nahen Zukunft noch zu lösen sein wird, stellten Experten in Fachvorträgen und Systemvorführungen vor.

... mehr zu:
»IPSEN »Life »MdL »Science »TEMIS »Textmining


Die Beteiligung von circa 50 Experten vorwiegend aus der europäischen pharmazeutischen Industrie verdeutlichte nicht nur, welche Bedeutung dem Thema Textmining dort inzwischen beigemessen wird, sondern kann auch als Beleg für ein erfolgreiches Beispiel der Zusammenarbeit zwischen öffentlicher Forschung und Privatwirtschaft gesehen werden: Die beiden Veranstalter SCAI und TEMIS kooperieren seit zwei Jahren eng bei der Entwicklung innovativer Produkte und Dienstleistungen. Wie nahe auf diesem Gebiet Systeme im produktiven Einsatz einerseits und offene Forschungsfragestellungen andererseits beieinander liegen, wurde im Vortragsprogramm deutlich.

Georg Rosenfeld von der Zentralverwaltung der Fraunhofer-Gesellschaft (FhG) unterstrich die Bedeutung und das Potenzial von Textmining als Zukunftstechnologie, und erklärte, das Thema sei für die FhG einer der Schwerpunkte der anwendungsorientierten Forschung, denen man in den kommenden Jahren besondere Bedeutung beimessen werde. Sophia Ananiadou vom nationalen Zentrum für Textmining in Großbritannien beschrieb in ihrem Beitrag die enormen Anforderungen an die Verarbeitung biomedizinischer Daten, die sich nicht zuletzt aus der Größe und Komplexität der verwendeten Terminologien ergeben. Udo Hahn von der Universität Jena gab den Zuhörern einen breiten Überblick über die notwendigen sprachverarbeitenden Verfahren, die die Computerlinguistik für derartige Aufgaben bereithält.

Wie die Umsetzung der Analyse-Anforderungen aus der Pharma- und Chemiebranche bei einer industriell einsetzbaren Software aussieht, beschrieb Günther Kurapkat von TEMIS in Heidelberg. Eine offene Architektur, die die Möglichkeit zur Integration aufgabenspezifischer Wissensquellen einerseits mit generellen Verfahren der Verarbeitung von geschriebener Sprache andererseits unterstützt, ist die Voraussetzung für eine breite Einsetzbarkeit in unterschiedlichen Szenarien in den Life Sciences.

Dass dieses Konzept bei TEMIS keine Zukunftsmusik ist, sondern sich heute bereits vielfach im produktiven Einsatz befindet, wurde in den anschließenden Präsentationen von Eric Ferrandis von IPSEN Pharma, Helmut Grotz von MDL Informationssysteme und Mathias Göschl von LION Bioscience deutlich. Bei IPSEN werden mit einer von TEMIS und SCAI gemeinsam entwickelten Software Informationen über die Interaktion von Proteinen aus wissenschaftlichen Publikationen extrahiert. MDL verwendet dieselben Systeme, um automatisch Informationen über chemische Reaktionen zu ermitteln, während LION die Software von TEMIS als Basis der Text-Mining-Funktionalitäten seiner Systeme SRS und LTE gewählt hat.

Ein Anwendungsbeispiel aus der Pflanzenbiologie beschrieb Juliane Fluck vom SCAI, die mithilfe einer angepassten Komponente zur Erkennung von Proteinen der Arabidopsis thaliana den normalerweise rein manuellen Prozess der Annotierung von Information in eine Pflanzenontologie erheblich effizienter gestalten konnte. Martin Hofmann, Leiter der Abteilung Bioinformatik am SCAI, betrat in seinem abschließenden Vortrag Neuland, als er Arbeiten am SCAI vorstellte, die die automatische Ermittlung chemischer Strukturinformationen aus Grafiken beschrieb.

Über SCAI

Die Abteilung Bioinformatik am Fraunhofer Institut SCAI forscht in enger Kooperation mit der Industrie auf den Gebieten
- semantischen Textanalyse und Textmining in den Life Sciences und der Medizin,
- semantische Services im Kontext des Grid-Computing und
- angewandte Chemieinformatik.
Zu den Kunden und Kooperationspartnern gehören NEC, Lion Bioscience, TEMIS, BioSoveIT und AVENTIS Pharma sowie die Max-Planck-Institute für Molekulare Pflanzenphysiologie (Golm) und für Informatik (Saarbrücken).

Über TEMIS

TEMIS ist das führende europäische Softwareunternehmen im Bereich Textmining in den Life Sciences. Vom Hauptsitz in Paris und den Niederlassungen in Deutschland, Italien, Großbritannien und den USA aus arbeitet TEMIS mit Kunden wie Novartis, Roche, IPSEN und MDL, aber auch mit Unternehmen aus anderen Bereichen wie TotalFinaElf, DaimlerChrysler, Credit Lyonnais oder LexisNexis am Einsatz von Textmining Verfahren in unterschiedlichsten Szenarien wie Klassifikation und Indexierung, Patentanalyse, Markt- und Mitbewerberbeobachtung oder Kundenfeedbackanalyse.

Ansprechpartner:
TEMIS Deutschland GmbH
Stefan Geißler
Tel.: 06221 / 13753-12
stefan.geissler@temis-group.com

Fraunhofer-Institut für Algorithmen und Wissenschaftliches Rechnen (SCAI)
Abteilung Bioinformatik
Dr. Martin Hofmann
Tel. 02241 / 14-2802
martin.hofmann@scai.fraunhofer.de

Dipl.-Journ. Michael Krapp | idw
Weitere Informationen:
http://www.temis-group.com
http://www.scai.fraunhofer.de

Weitere Berichte zu: IPSEN Life MdL Science TEMIS Textmining

Weitere Nachrichten aus der Kategorie Interdisziplinäre Forschung:

nachricht Neues Verbundprojekt erforscht die neurodegenerative Erkrankung Morbus Alzheimer
12.09.2017 | Universitätsklinikum Würzburg

nachricht Damit sich Mensch und Maschine besser verstehen
04.09.2017 | Technische Universität Chemnitz

Alle Nachrichten aus der Kategorie: Interdisziplinäre Forschung >>>

Die aktuellsten Pressemeldungen zum Suchbegriff Innovation >>>

Die letzten 5 Focus-News des innovations-reports im Überblick:

Im Focus: The pyrenoid is a carbon-fixing liquid droplet

Plants and algae use the enzyme Rubisco to fix carbon dioxide, removing it from the atmosphere and converting it into biomass. Algae have figured out a way to increase the efficiency of carbon fixation. They gather most of their Rubisco into a ball-shaped microcompartment called the pyrenoid, which they flood with a high local concentration of carbon dioxide. A team of scientists at Princeton University, the Carnegie Institution for Science, Stanford University and the Max Plank Institute of Biochemistry have unravelled the mysteries of how the pyrenoid is assembled. These insights can help to engineer crops that remove more carbon dioxide from the atmosphere while producing more food.

A warming planet

Im Focus: Hochpräzise Verschaltung in der Hirnrinde

Es ist noch immer weitgehend unbekannt, wie die komplexen neuronalen Netzwerke im Gehirn aufgebaut sind. Insbesondere in der Hirnrinde der Säugetiere, wo Sehen, Denken und Orientierung berechnet werden, sind die Regeln, nach denen die Nervenzellen miteinander verschaltet sind, nur unzureichend erforscht. Wissenschaftler um Moritz Helmstaedter vom Max-Planck-Institut für Hirnforschung in Frankfurt am Main und Helene Schmidt vom Bernstein-Zentrum der Humboldt-Universität in Berlin haben nun in dem Teil der Großhirnrinde, der für die räumliche Orientierung zuständig ist, ein überraschend präzises Verschaltungsmuster der Nervenzellen entdeckt.

Wie die Forscher in Nature berichten (Schmidt et al., 2017. Axonal synapse sorting in medial entorhinal cortex, DOI: 10.1038/nature24005), haben die...

Im Focus: Highly precise wiring in the Cerebral Cortex

Our brains house extremely complex neuronal circuits, whose detailed structures are still largely unknown. This is especially true for the so-called cerebral cortex of mammals, where among other things vision, thoughts or spatial orientation are being computed. Here the rules by which nerve cells are connected to each other are only partly understood. A team of scientists around Moritz Helmstaedter at the Frankfiurt Max Planck Institute for Brain Research and Helene Schmidt (Humboldt University in Berlin) have now discovered a surprisingly precise nerve cell connectivity pattern in the part of the cerebral cortex that is responsible for orienting the individual animal or human in space.

The researchers report online in Nature (Schmidt et al., 2017. Axonal synapse sorting in medial entorhinal cortex, DOI: 10.1038/nature24005) that synapses in...

Im Focus: Tiny lasers from a gallery of whispers

New technique promises tunable laser devices

Whispering gallery mode (WGM) resonators are used to make tiny micro-lasers, sensors, switches, routers and other devices. These tiny structures rely on a...

Im Focus: Wundermaterial Graphen: Gewölbt wie das Polster eines Chesterfield-Sofas

Graphen besitzt extreme Eigenschaften und ist vielseitig verwendbar. Mit einem Trick lassen sich sogar die Spins im Graphen kontrollieren. Dies gelang einem HZB-Team schon vor einiger Zeit: Die Physiker haben dafür eine Lage Graphen auf einem Nickelsubstrat aufgebracht und Goldatome dazwischen eingeschleust. Im Fachblatt 2D Materials zeigen sie nun, warum dies sich derartig stark auf die Spins auswirkt. Graphen kommt so auch als Material für künftige Informationstechnologien infrage, die auf der Verarbeitung von Spins als Informationseinheiten basieren.

Graphen ist wohl die exotischste Form von Kohlenstoff: Alle Atome sind untereinander nur in der Ebene verbunden und bilden ein Netz mit sechseckigen Maschen,...

Alle Focus-News des Innovations-reports >>>

Anzeige

Anzeige

IHR
JOB & KARRIERE
SERVICE
im innovations-report
in Kooperation mit academics
Veranstaltungen

11. BusinessForum21-Kongress „Aktives Schadenmanagement"

22.09.2017 | Veranstaltungen

Internationale Konferenz zum Biomining ab Sonntag in Freiberg

22.09.2017 | Veranstaltungen

Die Erde und ihre Bestandteile im Fokus

21.09.2017 | Veranstaltungen

 
VideoLinks
B2B-VideoLinks
Weitere VideoLinks >>>
Aktuelle Beiträge

11. BusinessForum21-Kongress „Aktives Schadenmanagement"

22.09.2017 | Veranstaltungsnachrichten

DFG bewilligt drei neue Forschergruppen und eine neue Klinische Forschergruppe

22.09.2017 | Förderungen Preise

Lebendiges Gewebe aus dem Drucker

22.09.2017 | Biowissenschaften Chemie