Forum für Wissenschaft, Industrie und Wirtschaft

Hauptsponsoren:     3M 
Datenbankrecherche:

 

Quantensprung mit MaxQuant: Neue Software bringt Proteinforschung entscheidend voran

04.12.2008
Das in der renommierten Fachzeitschrift "Nature Biotechnology" veröffentlichte Programm zur Identifizierung von Proteomen steht ab sofort der Wissenschaftsgemeinde kostenlos zur Verfügung. (NATURE Biotechnology, Online Publikation 30.November 2008).

Multitaskingtalent MaxQuant schafft über Nacht, wofür vorher bis zu einem halben Jahr eingerechnet werden musste: Die von Wissenschaftlern des Max-Planck-Instituts für Biochemie entwickelte Software identifiziert schneller und genauer als jede bisherige Methode, welche Proteine in einer Zelle produziert werden.

Voraussetzung dafür ist, dass die Proteine vorher auf eine bestimmte Art und Weise markiert und in einem Massenspektrometer analysiert werden. Als Ergebnis der massenspektrometrischen Analyse von Proteinen erhält man oft mehrere hunderttausend Messwerte, die bestimmten Molekülen zugeordnet werden müssen - bisher eine zeitintensive und mühselige Angelegenheit und ein prinzipieller technologischer Engpass.

MaxQuant dagegen wird mit der Datenflut spielend fertig: Bis in geringste Konzentrationsbereiche hinunter identifiziert das Programm auf Knopfdruck bis zu 73 Prozent der in der Probe vorhandenen Peptide (Proteinbausteine), während dies ohne MaxQuant meist nur für 10-20 Prozent gelang. Dieser Erfolg stellt einen großen Fortschritt für die Proteinforschung dar, da die Identifizierung und Quantifizierung des zellulären Inventars an Proteinen nun wesentlich erleichtert wird.

Ohne Proteine läuft nichts

Proteine spielen bei allen Lebensvorgängen eine Hauptrolle, denn sie übersetzen die in den Genen enthaltenen Informationen in zelluläre Arbeitsanweisungen und Strukturen. Sie sind daher der Schlüssel, um zu verstehen, was in Zellen vor sich geht. Die Analyse der Gesamtheit aller Gene - des Genoms - allein reicht dafür nicht, weil die genetische Information eines Organismus selektiv in ganz unterschiedliche Proteine übersetzt wird. Für die Proteinanalyse hat sich die Massenspektrometrie als Methode der Wahl etabliert. Dabei werden vorher in kürzere Stücke gespaltene Proteinstücke (Peptide) ionisiert und in der Regel in einem zweiten Schritt nochmals fragmentiert. Sowohl die ursprünglichen Proteinstücke als auch deren Fragmente werden im Massenspektrometer anhand ihrer Masse und Ladung getrennt und detektiert. Als Ergebnis einer solchen Analyse erhält man zweidimensionale Kurven (Peaks), aus denen sich die Häufigkeit und die Masse der Bruchstücke ableiten lassen. Identifiziert werden die Proteine, indem die angefallenen Molekülmassen in sogenannten Peptidbibliotheken nachgeschlagen werden, in denen die Massen der potentiell vorhandenen Proteine und ihrer Bruchstücke hinterlegt sind.

MaxQuant unverzichtbar bei der Aufklärung des Hefe-Proteoms

Sollen viele Proteine gleichzeitig erfasst werden, fällt aus den massenspektrometrischen Analysen eine riesige Datenflut an. Deren Auswertung stellte die Wissenschaft bisher vor große Probleme, denn die bisher verfügbare Software war gewöhnlich nicht für die hochgenauen Analysenergebnisse gedacht, die mit modernen Massenspektrometern erreicht werden. Mit MaxQuant steht nun eine Software zur Verfügung, die die Datenanalyse automatisiert und so wesentlich vereinfacht.. Das Besondere: MaxQuant errechnet aus den Rohdaten dreidimensionale Peaks (s. Abbildung), die sensitiver und genauer ausgewertet werden können. "Das Programm verbessert die Genauigkeit, mit der die Molekül-Massen bestimmt werden im Vergleich mit herkömmlichen Methoden etwa um den Faktor sechs", verdeutlicht Dr. Jürgen Cox, der in Zusammenarbeit mit Professor Matthias Mann, dem Direktor der Abteilung Proteomics und Signaltransduktion am MPI für Biochemie, das Programm entwickelte. Einer der ersten erfolgreichen Praxistests von MaxQuant war die Aufklärung des Proteoms der Bäckerhefe, das von Manns Arbeitsgruppe im Herbst in "Nature" veröffentlicht wurde. Unter Proteom versteht man die Gesamtheit aller Proteine, die zu einem bestimmten Zeitpunkt in einer Zelle, einem Gewebe oder einem Organismus vorkommen. "Ohne MaxQuant wäre die Aufklärung des Hefe-Proteoms gar nicht machbar gewesen", betont Cox.

Hohe Nachfrage unter Wissenschaftlern

Die am Max-Planck-Institut für Biochemie entwickelte MaxQuant Software steht ab sofort allen interessierten Wissenschaftlern kostenlos zur Verfügung (Download unter:www.maxquant.org). Die schon jetzt sehr hohe Nachfrage nach dem Programm unterstreicht die Bedeutung der Neuentwicklung.

Das von Matthias Mann koordinierte PROSPECTS-Projekt - das größte EU-Forschungsprojekt auf dem Gebiet der Proteomforschung - wird im Sommer 2009 einen internationalen Workshop veranstalten, dessen Teilnehmer unter anderem eine Einführung in den praktischen Umgang mit MaxQuant erhalten.

Hintergrund PROSPECTS

Das PROSPECTS-Projekt (Proteomics specification in Time and Space) wird durch das siebte Europäische Forschungsrahmenprogramm in den nächsten fünf Jahren mit insgesamt knapp 12 Millionen Euro gefördert. Das PROSPECTS-Konsortium plant, aktuelle Proteom-Forschung durch Entwicklung neuer Technologien und Instrumente voranzubringen. PROSPECTS soll für die biomedizinische Forschung neue Einblicke in die zelluläre Funktion von Proteinen und ihre Veränderung bei Krankheiten ermöglichen. Koordinator des Projekts ist Professor Matthias Mann, der Direktor der Abteilung Proteomics und Signaltransduktion am Max-Planck-Institut für Biochemie.

Originalveröffentlichung
Jürgen Cox, Matthias Mann: MaxQuant enables high peptide identification rates, individualized p.p.b.-range mass accuracies and proteome-wide protein quantification. Nature Biotechnology, published online: 30 November 2008, doi:10.1038/nbt.1511
Kontakt:
Dr. Jürgen Cox
Prof. Dr. Matthias Mann
Abteilung Protemics und Signaltransduktion
cox@biochem.mpg.de; mmann@biochem.mpg.de
Öffentlichkeitsarbeit
Dr. Monika Gödde, Eva-Maria Diehl
Tel. 089-8578-3882 /-2824
goedde@biochem.mpg.de; diehl@biochem.mpg.de
Max-Planck-Institut für Biochemie
Am Klopferspitz 18, 82152 Martinsried
Weitere Informationen:
http://www.maxquant.org - MaxQuant
http://www.biochem.mpg.de/mann - Abteilung Proteomics und Signaltransduktion (Prof. Dr. Matthias Mann)
http://www.prospexts-fp7.eu - PROSPECTS
http://www.biochem.mpg.de - Max-Planck-Institut für Biochemie
http://www.mpg.de/bilderBerichteDokumente/dokumentation/pressemitteilungen/2008/... - Pressemitteilung zur Aufklärung des Hefeproteoms

http://www.biochem.mpg.de/news/pressroom - Pressemitteilung zu MaxQuant

Eva-Maria Diehl | idw
Weitere Informationen:
http://www.maxquant.org
http://www.biochem.mpg.de

Weitere Nachrichten aus der Kategorie Biowissenschaften Chemie:

nachricht Wegbereiter für Vitamin A in Reis
21.07.2017 | Albert-Ludwigs-Universität Freiburg im Breisgau

nachricht Pharmakologie - Im Strom der Bläschen
21.07.2017 | Ludwig-Maximilians-Universität München

Alle Nachrichten aus der Kategorie: Biowissenschaften Chemie >>>

Die aktuellsten Pressemeldungen zum Suchbegriff Innovation >>>

Die letzten 5 Focus-News des innovations-reports im Überblick:

Im Focus: Einblicke unter die Oberfläche des Mars

Die Region erstreckt sich über gut 1000 Kilometer entlang des Äquators des Mars. Sie heißt Medusae Fossae Formation und über ihren Ursprung ist bislang wenig bekannt. Der Geologe Prof. Dr. Angelo Pio Rossi von der Jacobs University hat gemeinsam mit Dr. Roberto Orosei vom Nationalen Italienischen Institut für Astrophysik in Bologna und weiteren Wissenschaftlern einen Teilbereich dieses Gebietes, genannt Lucus Planum, näher unter die Lupe genommen – mithilfe von Radarfernerkundung.

Wie bei einem Röntgenbild dringen die Strahlen einige Kilometer tief in die Oberfläche des Planeten ein und liefern Informationen über die Struktur, die...

Im Focus: Molekulares Lego

Sie können ihre Farbe wechseln, ihren Spin verändern oder von fest zu flüssig wechseln: Eine bestimmte Klasse von Polymeren besitzt faszinierende Eigenschaften. Wie sie das schaffen, haben Forscher der Uni Würzburg untersucht.

Bei dieser Arbeit handele es sich um ein „Hot Paper“, das interessante und wichtige Aspekte einer neuen Polymerklasse behandelt, die aufgrund ihrer Vielfalt an...

Im Focus: Das Universum in einem Kristall

Dresdener Forscher haben in Zusammenarbeit mit einem internationalen Forscherteam einen unerwarteten experimentellen Zugang zu einem Problem der Allgemeinen Realitätstheorie gefunden. Im Fachmagazin Nature berichten sie, dass es ihnen in neuartigen Materialien und mit Hilfe von thermoelektrischen Messungen gelungen ist, die Schwerkraft-Quantenanomalie nachzuweisen. Erstmals konnten so Quantenanomalien in simulierten Schwerfeldern an einem realen Kristall untersucht werden.

In der Physik spielen Messgrößen wie Energie, Impuls oder elektrische Ladung, welche ihre Erscheinungsform zwar ändern können, aber niemals verloren gehen oder...

Im Focus: Manipulation des Elektronenspins ohne Informationsverlust

Physiker haben eine neue Technik entwickelt, um auf einem Chip den Elektronenspin mit elektrischen Spannungen zu steuern. Mit der neu entwickelten Methode kann der Zerfall des Spins unterdrückt, die enthaltene Information erhalten und über vergleichsweise grosse Distanzen übermittelt werden. Das zeigt ein Team des Departement Physik der Universität Basel und des Swiss Nanoscience Instituts in einer Veröffentlichung in Physical Review X.

Seit einigen Jahren wird weltweit untersucht, wie sich der Spin des Elektrons zur Speicherung und Übertragung von Information nutzen lässt. Der Spin jedes...

Im Focus: Manipulating Electron Spins Without Loss of Information

Physicists have developed a new technique that uses electrical voltages to control the electron spin on a chip. The newly-developed method provides protection from spin decay, meaning that the contained information can be maintained and transmitted over comparatively large distances, as has been demonstrated by a team from the University of Basel’s Department of Physics and the Swiss Nanoscience Institute. The results have been published in Physical Review X.

For several years, researchers have been trying to use the spin of an electron to store and transmit information. The spin of each electron is always coupled...

Alle Focus-News des Innovations-reports >>>

Anzeige

Anzeige

IHR
JOB & KARRIERE
SERVICE
im innovations-report
in Kooperation mit academics
Veranstaltungen

Den Geheimnissen der Schwarzen Löcher auf der Spur

21.07.2017 | Veranstaltungen

Den Nachhaltigkeitskreis schließen: Lebensmittelschutz durch biobasierte Materialien

21.07.2017 | Veranstaltungen

Operatortheorie im Fokus

20.07.2017 | Veranstaltungen

 
VideoLinks
B2B-VideoLinks
Weitere VideoLinks >>>
Aktuelle Beiträge

Einblicke unter die Oberfläche des Mars

21.07.2017 | Geowissenschaften

Wegbereiter für Vitamin A in Reis

21.07.2017 | Biowissenschaften Chemie

Den Geheimnissen der Schwarzen Löcher auf der Spur

21.07.2017 | Veranstaltungsnachrichten