Forum für Wissenschaft, Industrie und Wirtschaft

Hauptsponsoren:     3M 
Datenbankrecherche:

 

Bielefelder Genomforscher entschlüsseln das Hamstergenom

21.08.2013
Wissenschaftler stellen Ergebnisse in „Nature Biotechnology“ vor

Genomforscher vom Centrum für Biotechnologie (CeBiTec) der Universität Bielefeld haben unter der Leitung von Professor Dr. Alfred Pühler das Genom des Chinesischen Hamsters sequenziert.


Ausgangspunkt für die Genomsequenzierung war der Chinesische Hamster (Bild). Kerstin Molthagen

Der Chinesische Hamster ist der Lieferant für die abgeleiteten Zellkulturen, die in der Pharmaindustrie für die Produktion von biopharmazeutischen Produkten, zum Beispiel von medizinischen Antikörpern, genutzt werden. Ermöglicht wurde das aufwendige Projekt durch die Zusammenarbeit zwischen der Universität Bielefeld und internationalen Projektpartnern. Ihre Ergebnisse haben die Forscherinnen und Forscher jetzt in dem weltweit bekannten Wissenschaftsjournal „Nature Biotechnology“ publiziert.

Für das Projekt kooperierte das CeBiTec-Forschungsteam mit der Universität für Bodenkultur in Wien – dortige Projektleiterin war Professorin Dr. Nicole Borth –, dem Austrian Centre of Industrial Biotechnology (acib) und den Pharmaunternehmen Novartis (Schweiz) und Pfizer (USA).

Professor Dr. Thomas Noll, Wissenschaftlicher Direktor des CeBiTec, geht davon aus, dass die gewonnenen Daten von großem Interesse für Wissenschaft und Industrie sind. „Das entschlüsselte Hamstergenom wird in Zukunft die Produktion von Pharmazeutika mittels Zelllinien enorm beflügeln“, sagt Noll, der die Arbeitsgruppe Zellkulturtechnik an der Technischen Fakultät leitet und an dem Forschungsprojekt beteiligt war.

Das Genom des Chinesischen Hamsters besteht aus elf Chromosomenpaaren. Bei der Entschlüsselung eines so großen Genoms müssen große Datenmengen erzeugt und anschließend bioinformatisch bearbeitet werden. Um die spätere Auswertung der Daten zu erleichtern, haben die Bielefelder Forscher und ihre Kollegen in diesem Projekt erstmals ein Verfahren angewandt, mit dem die einzelnen Chromosomen des Genoms sortiert wurden. Die Sequenzierung der Hamsterchromosomen führte Dr. Karina Brinkrolf vom CeBiTec durch. Mit Hilfe von modernen Geräten für Hochdurchsatz-Sequenzierung wurden mehr als 1,4 Milliarden kurzer DNA-Sequenzen erzeugt.

„Die große Herausforderung dieses Projekts war das anschließende Zusammensetzen dieser kurzen DNA-Sequenzen zu einzelnen Chromosomen-Gesamtsequenzen“, erklärt Projektleiter Professor Alfred Pühler. Diese Kombinationsarbeit war nur dank leistungsstarker Großrechner möglich. „Die Etablierung der Genomsequenz konnte erst nach Ausbau des neuen CeBiTec-Rechenclusters und der Verwendung neuer Software erfolgen“, sagt der Bioinformatiker Dr. Alexander Goesmann, der ebenfalls an dem Projekt mitgearbeitet hat.

„Die Bielefelder Bioinformatik hat bei der Entschlüsselung der Hamstergenomsequenz Neuland beschritten“, stellt Goesmann fest. Die gewonnene Genomsequenz des Chinesischen Hamsters liegt mit etwa 2,3 Milliarden Basen im gleichen Größenbereich wie das menschliche Genom.

Der Projektleiter Alfred Pühler wertet das Forschungsprojekt als einen Meilenstein des CeBiTec: „Mit der Entschlüsselung des Hamstergenoms wurde ein Großprojekt am CeBiTec erfolgreich abgeschlossen. Die Hamstersequenz steht der Öffentlichkeit zur Verfügung und kann weltweit für Forschungsfragen genutzt werden.“ Als Basis für aktuelle Forschung an Zellkulturen des Chinesischen Hamsters sei das Projekt für den Standort Bielefeld von großer Bedeutung, so Pühler. Mit der Universität für Bodenkultur in Wien und dem Austrian Center of Industrial Biotechnology wurde bereits ein Folgeprojekt vereinbart. „Dadurch ist die Universität Bielefeld in der Lage, auch weiterhin zu diesem hochkompetitiven Forschungsfeld beizutragen.“

Originalveröffentlichung:
Karina Brinkrolf, Oliver Rupp, Holger Laux, Florian Kollin, Wolfgang Ernst, Burkhard Linke, Rudolf Kofler, Sandrine Romand, Friedemann Hesse, Wolfgang E. Budach, Sybille Galosy, Dethardt Müller, Thomas Noll, Johannes Wienberg, Thomas Jostock, Mark Leonard, Johannes Grillari, Andreas Tauch, Alexander Goesmann, Bernhard Helk, John E. Mott, Alfred Pühler und

Nicole Borth: Chinese hamster genome sequenced from sorted chromosomes, Nature Biotechnology, http://dx.doi.org/10.1038/nbt.2645, online erschienen am 8. August 2013

Kontakt:
Prof. Dr. Alfred Pühler, Universität Bielefeld
Arbeitsgruppe Genomforschung industrieller Mikroorganismen am CeBiTec
Telefon: 0521 106-8750
E-Mail: puehler@cebitec.uni-bielefeld.de

Ingo Lohuis | idw
Weitere Informationen:
http://www.cebitec.uni-bielefeld.de
http://www.uni-bielefeld.de

Weitere Nachrichten aus der Kategorie Biowissenschaften Chemie:

nachricht Treibjagd in der Petrischale
24.11.2017 | Friedrich-Schiller-Universität Jena

nachricht Dinner in the Dark – ein delikates Wechselspiel der Mikroorganismen
24.11.2017 | Universität Wien

Alle Nachrichten aus der Kategorie: Biowissenschaften Chemie >>>

Die aktuellsten Pressemeldungen zum Suchbegriff Innovation >>>

Die letzten 5 Focus-News des innovations-reports im Überblick:

Im Focus: Metamaterial mit Dreheffekt

Mit 3D-Druckern für den Mikrobereich ist es Forschern des Karlsruher Instituts für Technologie (KIT) gelungen ein Metamaterial aus würfelförmigen Bausteinen zu schaffen, das auf Druckkräfte mit einer Rotation antwortet. Üblicherweise gelingt dies nur mit Hilfe einer Übersetzung wie zum Beispiel einer Kurbelwelle. Das ausgeklügelte Design aus Streben und Ringstrukturen, sowie die zu Grunde liegende Mathematik stellen die Wissenschaftler in der aktuellen Ausgabe der renommierten Fachzeitschrift Science vor.

„Übt man Kraft von oben auf einen Materialblock aus, dann deformiert sich dieser in unterschiedlicher Weise. Er kann sich ausbuchten, zusammenstauchen oder...

Im Focus: Proton-Rekord: Magnetisches Moment mit höchster Genauigkeit gemessen

Hochpräzise Messung des g-Faktors elf Mal genauer als bisher – Ergebnisse zeigen große Übereinstimmung zwischen Protonen und Antiprotonen

Das magnetische Moment eines einzelnen Protons ist unvorstellbar klein, aber es kann dennoch gemessen werden. Vor über zehn Jahren wurde für diese Messung der...

Im Focus: New proton record: Researchers measure magnetic moment with greatest possible precision

High-precision measurement of the g-factor eleven times more precise than before / Results indicate a strong similarity between protons and antiprotons

The magnetic moment of an individual proton is inconceivably small, but can still be quantified. The basis for undertaking this measurement was laid over ten...

Im Focus: Reibungswärme treibt hydrothermale Aktivität auf Enceladus an

Computersimulation zeigt, wie der Eismond Wasser in einem porösen Gesteinskern aufheizt

Wärme aus der Reibung von Gestein, ausgelöst durch starke Gezeitenkräfte, könnte der „Motor“ für die hydrothermale Aktivität auf dem Saturnmond Enceladus sein....

Im Focus: Frictional Heat Powers Hydrothermal Activity on Enceladus

Computer simulation shows how the icy moon heats water in a porous rock core

Heat from the friction of rocks caused by tidal forces could be the “engine” for the hydrothermal activity on Saturn's moon Enceladus. This presupposes that...

Alle Focus-News des Innovations-reports >>>

Anzeige

Anzeige

IHR
JOB & KARRIERE
SERVICE
im innovations-report
in Kooperation mit academics
Veranstaltungen

Mathematiker-Jahrestagung DMV + GDM: 5. bis 9. März 2018 an Uni Paderborn - Über 1.000 Teilnehmer

24.11.2017 | Veranstaltungen

Forschungsschwerpunkt „Smarte Systeme für Mensch und Maschine“ gegründet

24.11.2017 | Veranstaltungen

Schonender Hüftgelenkersatz bei jungen Patienten - Schlüssellochchirurgie und weniger Abrieb

24.11.2017 | Veranstaltungen

 
VideoLinks
B2B-VideoLinks
Weitere VideoLinks >>>
Aktuelle Beiträge

Mathematiker-Jahrestagung DMV + GDM: 5. bis 9. März 2018 an Uni Paderborn - Über 1.000 Teilnehmer

24.11.2017 | Veranstaltungsnachrichten

Maschinen über die eigene Handfläche steuern: Nachwuchspreis für Medieninformatik-Student

24.11.2017 | Förderungen Preise

Treibjagd in der Petrischale

24.11.2017 | Biowissenschaften Chemie