Dabei springt eine Klasse von TEs, die Retrotransposons, gar nicht wirklich im Genom umher. Sie bilden Kopien, die sich wiederum im Genom integrieren. Pflanzengenome bestehen zu einem Großteil aus Retrotransposons. Diese zu kennen ist wichtig, wenn es darum geht, Genomsequenzen zu annotieren, d.h. sie zu interpretieren und ihnen eine Funktion zuzuordnen.
Retrotransposons, auch Retroelemente genannt, sind wichtig für die Aufrechterhaltung der Struktur, der Funktion und der Evolution des Genoms. Sie sind eine Quelle der pflanzlichen Biodiversität. Je nachdem, ob die Retrotransposons an ihren Enden repetitive Sequenzen aufweisen, unterscheidet man zwischen LTR (long terminal repeat)-Retrotransposons und non-LTR-Retrotransposons. Beide Subklassen vermehren sich, indem sie ihre mRNA in eine DNA-Kopie umschreiben, die sie in andere Stellen des Genoms integrieren.
So nehmen die Kopien eines Retrotransposons innerhalb eines Genoms stetig zu und mit ihnen die Größe des Wirts-Genoms. Vor allem pflanzliche Genome neigen dazu, zahlreiche Kopien von Retroelementen anzuhäufen. Im Mais beispielsweise machen LTR-Retrotransposons fast 75% des gesamten Genoms aus. Auch im Weizen- und Gerstegenom und in vielen anderen Pflanzengenomen kommen Retrotransposons in erheblichem Umfang vor. Damit sind Retrotransposons, neben Genomverdopplungen (Polyploidisierung), die Ursache für die enormen Größenunterschiede pflanzlicher Genome.
Wollrab C, et al. | Pflanzenforschung.de
Weitere Informationen:
http://www.pflanzenforschung.de/journal/aktuelles/retrotransposons-blaehen-pflanzliche-genome-auf?piwik_campaign=newsletter
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