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Innovation für die globale Bakterienwelt

19.02.2020

DSMZ Wissenschaftler machen von Experten gepflegte Datenbank für die bakterielle Nomenklatur verfügbar

Am 17. Februar launchte das Leibniz-Institut DSMZ-Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH die neue Website https://lpsn.dsmz.de, die freien Zugang zu den beiden jetzt zusammengelegten renommierten Datenbanken Prokaryotic Nomenclature Up-to-date (PNU) und List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN) bietet.


Screenshot der neuen Website

DSMZ

Beide Datenbanken stellen Informationen zur bakteriellen Nomenklatur zur Verfügung. Das Leibniz-Institut DSMZ ist nicht nur die vielfältigste biologische Ressourcensammlung der Welt, sondern bietet der Wissenschaft und Industrie auch ein wachsendes einzigartiges Angebot an bioinformatischen Dienstleistungen.

Datenbank Prokaryotic Nomenclature Up-to-date
Prokaryotic Nomenclature Up-to-date (PNU) führte die DSMZ in den 1990er Jahren als Nebenprodukt des DSMZ-Stammkatalogs ein und entwickelte diese Datenbank zu einem eigenständigen Dienst für die Nomenklatur und Taxonomie von Mikroorganismen, als durchsuchbare Website und als Datei zum Herunterladen.

Aufgrund des wissenschaftlichen Fortschritts müssen bereits benannte Bakterien oft umbenannt werden, da neue Untersuchungsmethoden eine andere taxonomische Zuordnung belegen – die PNU bietet Forschenden weltweit eine Übersicht über die Historie in der Benennung der Mikroorganismen. Im Jahr 2015 wurde PNU um eine Schnittstelle (Application Programming Interface, API) erweitert, um einen programmgesteuerten Zugriff auf die Daten zu ermöglichen. 2018 wechselte PNU zu einer eigenen Datenbankinfrastruktur und zu einem halbautomatischen Datenerfassungsansatz, was die Erfassung der Literaturdaten erheblich beschleunigte.

Im Jahr 2019 wurde der Datenumfang erheblich erweitert. PNU machte jedoch nur einen kleinen Teil der in den internen DSMZ-Datenbanken enthaltenen Informationen zugänglich, nämlich die valide publizierten Namen von Gattungen, Arten und Unterarten von Bakterien.

Datenbank List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature

Die List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN) begründete 1997 der französischen Veterinärmikrobiologen Jean P. Euzéby und etablierte sich rasch als Schlüsselressource für die mikrobielle Taxonomie. LPSN bietet die valide publizierten Namen von Prokaryoten aller taxonomischen Kategorien sowie eine umfangreiche Sammlung von Notizen und eine Vielzahl von Seiten mit Hintergrundinformationen zu den Regeln der Nomenklatur von Mikroorganismen, einschließlich Rechtschreibung und Etymologie.

Als Jean P. Euzéby 2013 in den Ruhestand ging, übernahm der Mikrobiologe Aidan C. Parte, der über umfangreiche Erfahrung in der Herausgabe von Zeitschriften und Büchern zur Taxonomie verfügte, die Leitung des LPSN. LPSN ist seitdem bei Mikrobiologen international anerkannt, doch aufgrund der enormen Zunahme der Anzahl der jährlich vorgeschlagenen mikrobiellen Namen wurde die Pflege immer komplizierter.

Da es erhebliche Überschneidungen zwischen den Zielen und dem Inhalt von LPSN und PNU gab, war es eine logische Konsequenz, dass die beiden Dienste zu einem einzigen wurden, wobei das höhere Profil von LPSN und die überlegene Technologie, die die Grundlage von PNU bildet, genutzt wurden. Im Jahr 2019 einigten sich Aidan Parte und die DSMZ darauf, die beiden Datenbanken zusammenzuführen und in die Infrastruktur der DSMZ zu integrieren.

Nach der Integration aller Daten auf Ebene der einzelnen Taxonnamen wurde die neue LPSN-Website https://lpsn.dsmz.de erstellt, auf der ein einfacher Zugang zu umfassenden und aktuellen Informationen zur mikrobiellen Nomenklatur gewährleistet ist.

DSMZ Digitale Sammlung

Als Mitglied der Leibniz-Gemeinschaft ist die Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen ein wesentlicher Bestandteil der Forschungsinfrastruktur in Deutschland und eignet sich daher besonders für die langfristige Pflege wissenschaftlicher Datenbanken. Die integrierte PNU-LPSN-Datenbank bildet nun die Grundlage für die neue LPSN-Webseite, die PNU-API, den DSMZ-Stammkatalog, den Typ- (Stamm-) Genomserver (TYGS) und die bakterielle Metadatenbank BacDive, die alle von der DSMZ koordiniert werden. TYGS, der Nachfolger des vielzitierten Genom-zu-Genom-Entfernungsrechners (GGDC), ermöglicht eine genombasierte Taxonomie, die Phylogenien des gesamten Genoms sowie Arten- und Unterartengrenzen liefert. BacDive ist die weltweit umfangreichste Datenbank für standardisierte phänotypische Informationen über Bakterien, die aus Sammlungen mobilisiert und mit Literaturdaten angereichert wurden. Innerhalb von Hunderten von Datenfeldern bietet BacDive systematischen Zugriff auf unzählige Daten, einschließlich der weltweit größten Sammlung von API®-Tests.

Durch die Integration von LPSN in die digitale Sammlung der DSMZ und die Verknüpfung mit anderen gängigen Datenbanken werden die Sichtbarkeit und Verwendbarkeit dieser Dienste erhöht und verschiedene Möglichkeiten für Synergien geschaffen. Die langfristige Pflege gefährdeter Datenbanken ist eine notwendige Voraussetzung, um die wissenschaftlichen Herausforderungen der Zukunft zu meistern.

DSMZ-Pressekontakt:
Sven-David Müller, Pressesprecher des Leibniz-Instituts DSMZ-Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH
Tel.: 0531/2616-300
Email: Sven.David.Mueller@dsmz.de

Über das Leibniz-Institut DSMZ
Das Leibniz-Institut DSMZ-Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH ist die weltweit vielfältigste Sammlung für biologische Ressourcen (Bakterien, Archaeen, Protisten, Hefen, Pilze, Bakteriophagen, Pflanzenviren, genomische bakterielle DNA sowie menschliche und tierische Zellkulturen). An der DSMZ werden Mikroorganismen sowie Zellkulturen gesammelt, erforscht und archiviert. Als Einrichtung der Leibniz-Gemeinschaft ist die DSMZ mit ihren umfangreichen wissenschaftlichen Services und biologischen Ressourcen seit 1969 globaler Partner für Forschung, Wissenschaft und Industrie. Die DSMZ ist als gemeinnützig anerkannt, die erste registrierte Sammlung Europas (Verordnung (EU) Nr. 511/2014) und nach Qualitätsstandard ISO 9001:2015 zertifiziert.

Als Patenthinterlegungsstelle bietet sie die bundesweit einzige Möglichkeit, biologisches Material nach den Anforderungen des Budapester Vertrags zu hinterlegen. Neben dem wissenschaftlichen Service bildet die Forschung das zweite Standbein der DSMZ. Das Institut mit Sitz auf dem Science Campus Braunschweig-Süd beherbergt mehr als 73.000 Kulturen sowie Biomaterialien und hat 198 Mitarbeiter. www.dsmz.de 

Über die Leibniz-Gemeinschaft
Die Leibniz-Gemeinschaft verbindet 96 selbständige Forschungseinrichtungen. Ihre Ausrichtung reicht von den Natur-, Ingenieur- und Umweltwissenschaften über die Wirtschafts-, Raum- und Sozialwissenschaften bis zu den Geisteswissenschaften. Leibniz-Institute widmen sich gesellschaftlich, ökonomisch und ökologisch relevanten Fragen. Sie betreiben erkenntnis- und anwendungsorientierte Forschung, auch in den übergreifenden Leibniz-Forschungsverbünden, sind oder unterhalten wissenschaftliche Infrastrukturen und bieten forschungsbasierte Dienstleistungen an. Die Leibniz-Gemeinschaft setzt Schwerpunkte im Wissenstransfer, vor allem mit den Leibniz-Forschungsmuseen. Sie berät und informiert Politik, Wissenschaft, Wirtschaft und Öffentlichkeit. Leibniz-Einrichtungen pflegen enge Kooperationen mit den Hochschulen - u.a. in Form der Leibniz-WissenschaftsCampi, mit der Industrie und anderen Partnern im In- und Ausland. Sie unterliegen einem transparenten und unabhängigen Begutachtungsverfahren. Aufgrund ihrer gesamtstaatlichen Bedeutung fördern Bund und Länder die Institute der Leibniz-Gemeinschaft gemeinsam. Die Leibniz-Institute beschäftigen rund 20.000 Personen, darunter 10.000 Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler. Der Gesamtetat der Institute liegt bei mehr als 1,9 Milliarden Euro. www.leibniz-gemeinschaft.de

Dr. Manuela Schüngel | idw - Informationsdienst Wissenschaft

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