Forum für Wissenschaft, Industrie und Wirtschaft

Hauptsponsoren:     3M 
Datenbankrecherche:

 

Neue hochpräzise Methodik zur Strukturanalyse von flexiblen Biomolekülen entwickelt

15.11.2012
In einer interdisziplinären Zusammenarbeit ist es den Düsseldorfer Wissenschaftlern um Prof. Claus Seidel (Lehrstuhl für Molekulare Physikalische Chemie) und Prof. Holger Gohlke (Institut für Pharmazeutische und Medizinische Chemie) sowie Prof. Roger Goody (MPI für Molekulare Physiologie, Dortmund) gelungen, ein umfassendes, hochpräzises Methodenarsenal zu entwickeln, um die Struktur und Eigenschaften wichtiger Biomoleküle zu entschlüsseln.

Die nun in der jüngsten Ausgabe der Zeitschrift Nature Methods vorgestellte Methodik ermöglicht erstmals bei der Strukturbestimmung auch die Mobilität und strukturelle Heterogenität von Biomolekülen zu berücksichtigen.


Das Bild zeigt ein Protein dessen Struktur mit Hilfe von Förster-Resonanzenergietransfer (hpFRET)-Spektroskopie analysiert wurde. Die experimentell bestimmten Abstände zwischen einem Fluoreszenzfarbstoffpaar (in dem grünen und roten Netze) erlauben dessen Strukturmodellierung.
(Foto: MPC / Gunnar Schröder)

Die Arbeit trägt unter anderem wesentlich zum Verständnis der Funktion des Proteins Reverse Transkriptase (RT), einem bedeutenden Wirkstofftarget bei der HIV-1-Therapie, bei. Denn zum ersten Mal konnte in Anwendung der Methodik die Struktur eines aus dem aktiven Zentrum des Proteins überhängenden, einzelsträngigen Stückes DNA (Templatüberhang) an der RT bestimmt werden.

Die Forscher haben zur hochpräzisen Strukturmodellierung von Biomolekülen Informationen aus der high-precision Förster-Resonanzenergietransfer (hpFRET)-Spektroskopie verwendet und auf einen für die Vermehrung des HI-Virus Typ1 (HIV-1) bedeutenden Komplex der RT mit einer Primer-Templat-DNA übertragen.

Bei der hpFRET-Spektroskopie werden, wie bei einem Lineal, Distanzen zwischen zwei an ein Biomolekül gekoppelte Farbstoffmoleküle auf einer Nanometer-Längenskala (2 bis 10 Milliardstel Meter) gemessen, daher auch der Name spectroscopic ruler. Aus diesen Distanzen wird auf Atomabstände im Biomolekül zurückgeschlossen. Diese Abstandsinformation wird – analog zu einer Landvermessung – dann zur Modellierung einer 3-dimensionalen Struktur des Biomoleküls verwendet.

Vor dem Hintergrund, dass die Funktionalität von Biomolekülen durch ihre dreidimensionale Struktur und ihre dynamischen Eigenschaften und Strukturveränderungen bestimmt wird, ist hpFRET ein ideales Werkzeug, die Konstruktionsprinzipien dieser Nanomaschinen aufzuklären.

Durch die Berücksichtigung der räumlichen Verteilung der Farbstoffmoleküle am Biomolekül sowie durch die geschickte Kombination von FRET-Messungen mit modernen, computergestützten Modellierungstechniken, liefert die an der HHU entwickelte Methodik Strukturmodelle mit einer bislang nicht bekannten Präzision und Genauigkeit.

Die Software steht auf der Homepage des Institutes für Molekulare Physikalische Chemie als Download (http:www.mpc.hhu.de/software) zur Verfügung.

Kontakt:

Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf
Prof. Dr. Claus Seidel
Lehrstuhl für Molekulare Physikalische Chemie, Geb. 26.32.02
Telefon: +49-211-81-15881
E-mail: cseidel@hhu.de
Prof. Dr. Holger Gohlke
Institut für Pharmazeutische Chemie
Telefon: +49 211 81 13662
E-mail: gohlke@uni-duesseldorf.de
Originalveröffentlichung:
Stanislav Kalinin, Thomas Peulen, Simon Sindbert, Paul J. Rothwell, Sylvia Berger, Tobias Restle, Roger S Goody, Holger Gohlke & Claus A. M. Seidel. A toolkit and benchmark study for FRET-restrained high-precision structural modeling. OnlinePublikation in NATURE Methods, 11. November 2012: doi:10.1038/nmeth.2222. Die Printfassung erscheint in der Dezember-Ausgabe 2012.

http://www.nature.com/doifinder/10.1038/nmeth.2222

Carolin Grape | idw
Weitere Informationen:
http://www.mpc.hhu.de/software
http://www.nature.com/doifinder/10.1038/nmeth.2222

Weitere Nachrichten aus der Kategorie Biowissenschaften Chemie:

nachricht Wie sich Nervenzellen zum Abruf einer Erinnerung gezielt reaktivieren lassen
29.05.2020 | Universität Heidelberg

nachricht Ein Hormon nach Pflanzenart
29.05.2020 | Universität Bielefeld

Alle Nachrichten aus der Kategorie: Biowissenschaften Chemie >>>

Die aktuellsten Pressemeldungen zum Suchbegriff Innovation >>>

Die letzten 5 Focus-News des innovations-reports im Überblick:

Im Focus: Neuartiges Covid-19-Schnelltestverfahren auf Basis innovativer DNA-Polymerasen entwickelt

Eine Forschungskooperation der Universität Konstanz unter Federführung von Professor Dr. Christof Hauck (Fachbereich Biologie) mit Beteiligung des Klinikum Konstanz, eines Konstanzer Diagnostiklabors und des Konstanzer Unternehmens myPOLS Biotec, einer Ausgründung aus der Arbeitsgruppe für Organische Chemie / Zelluläre Chemie der Universität Konstanz, hat ein neuartiges Covid-19-Schnelltestverfahren entwickelt. Dieser Test ermöglicht es, Ergebnisse in der Hälfte der Zeit zu ermitteln – im Vergleich zur klassischen Polymerase-Ketten-Reaktion (PCR).

Die frühe Identifikation von Patienten, die mit dem neuartigen Coronavirus (SARS-CoV-2) infiziert sind, ist zentrale Voraussetzung bei der globalen Bewältigung...

Im Focus: Textilherstellung für Weltraumantennen startet in die Industrialisierungsphase

Im Rahmen des EU-Projekts LEA (Large European Antenna) hat das Fraunhofer-Anwendungszentrum für Textile Faserkeramiken TFK in Münchberg gemeinsam mit den Unternehmen HPS GmbH und Iprotex GmbH & Co. KG ein reflektierendes Metallnetz für Weltraumantennen entwickelt, das ab August 2020 in die Produktion gehen wird.

Beim Stichwort Raumfahrt werden zunächst Assoziationen zu Forschungen auf Mond und Mars sowie zur Beobachtung ferner Galaxien geweckt. Für unseren Alltag sind...

Im Focus: Biotechnologie: Enzym setzt durch Licht neuartige Reaktion in Gang

In lebenden Zellen treiben Enzyme biochemische Stoffwechselprozesse an. Auch in der Biotechnologie sind sie als Katalysatoren gefragt, um zum Beispiel chemische Produkte wie Arzneimittel herzustellen. Forscher haben nun ein Enzym identifiziert, das durch die Beleuchtung mit blauem Licht katalytisch aktiv wird und eine Reaktion in Gang setzt, die in der Enzymatik bisher unbekannt war. Die Studie ist in „Nature Communications“ erschienen.

Enzyme – in jeder lebenden Zelle sind sie die zentralen Antreiber für biochemische Stoffwechselprozesse und machen dort Reaktionen möglich. Genau diese...

Im Focus: Biotechnology: Triggered by light, a novel way to switch on an enzyme

In living cells, enzymes drive biochemical metabolic processes enabling reactions to take place efficiently. It is this very ability which allows them to be used as catalysts in biotechnology, for example to create chemical products such as pharmaceutics. Researchers now identified an enzyme that, when illuminated with blue light, becomes catalytically active and initiates a reaction that was previously unknown in enzymatics. The study was published in "Nature Communications".

Enzymes: they are the central drivers for biochemical metabolic processes in every living cell, enabling reactions to take place efficiently. It is this very...

Im Focus: Innovative Sensornetze aus Satelliten

In Würzburg werden vier Kleinst-Satelliten auf ihren Start vorbereitet. Sie sollen sich in einer Formation bewegen und weltweit erstmals ihre dreidimensionale Anordnung im Orbit selbstständig kontrollieren.

Wenn ein Gegenstand wie der Planet Erde komplett ohne tote Winkel erfasst werden soll, muss man ihn aus verschiedenen Richtungen ansehen und die...

Alle Focus-News des Innovations-reports >>>

Anzeige

Anzeige

VideoLinks
Industrie & Wirtschaft
Veranstaltungen

Gebäudewärme mit "grünem" Wasserstoff oder "grünem" Strom?

26.05.2020 | Veranstaltungen

Dresden Nexus Conference 2020 - Gleicher Termin, virtuelles Format, Anmeldung geöffnet

19.05.2020 | Veranstaltungen

Urban Transport Conference 2020 in digitaler Form

18.05.2020 | Veranstaltungen

VideoLinks
Wissenschaft & Forschung
Weitere VideoLinks im Überblick >>>
 
Aktuelle Beiträge

Wie sich Nervenzellen zum Abruf einer Erinnerung gezielt reaktivieren lassen

29.05.2020 | Biowissenschaften Chemie

Wald im Wandel

29.05.2020 | Agrar- Forstwissenschaften

Schwarzer Stickstoff: Bayreuther Forscher entdecken neues Hochdruck-Material und lösen ein Rätsel des Periodensystems

29.05.2020 | Materialwissenschaften

Weitere B2B-VideoLinks
IHR
JOB & KARRIERE
SERVICE
im innovations-report
in Kooperation mit academics