Faszinierende Einblicke in den "Maschinenraum" der Proteinfabrik

Computersimulationen eines Forscherteams aus Göttingen, Jülich und Düsseldorf haben erstmals mit atomarer Genauigkeit gezeigt, welche Mechanismen und Kräfte im Ribosom am Werk sind. Ihre Experimente machten das „Hebel- und Räderwerk“ sichtbar, das die Bewegungen des Ribosoms kontrolliert und koordiniert. (Nature Structural & Molecular Biology, 3. November 2013, DOI: 10.1038/nsmb.2690)

Ribosomen sind molekulare Hochleistungsmaschinen. Sie fertigen nach den in der DNA codierten Bauplänen Proteine – die universellen Werkzeuge aller Zellen. Proteine empfangen und übermitteln Signale, transportieren zelluläre Fracht oder sorgen für Wachstum und Bewegung. Für die Proteinproduktion muss zunächst eine Arbeitskopie der DNA erzeugt werden – die sogenannte Boten-RNA. Wie ein Fließband wird die Boten-RNA durch das Ribosom hindurchgeschleust. Dabei wird es in Schritten von jeweils drei Nukleinsäurebasen abgetastet. Die Tripletts werden wiederum von den passenden Aminosäure-Transportern, sogenannten Transfer-RNAs oder kurz tRNAs, abgelesen, die eine bestimmte Aminosäure binden. Die Aminosäuren werden nacheinander zu einer Kette zusammengesetzt und ergeben schließlich ein neues Proteinmolekül.

Wissenschaftlern vom Göttinger Max-Planck-Institut für biophysikalische Chemie war es vor Kurzem gelungen, hoch aufgelöste Momentaufnahmen dieses Prozesses mit einem Elektronenmikroskop aufzunehmen. Ihre 50 Strukturen des Ribosoms in verschiedenen Zuständen der Proteinsynthese zeigen, welchen Weg die tRNAs während der Proteinproduktion durch das Ribosom nehmen und wo sie andocken. Ein Forscherteam aus Göttingen, Jülich und Düsseldorf hat mit Computersimulationen die einzelnen Schnappschüsse jetzt in eine zeitliche Reihenfolge gebracht und untersucht, wie sich die tRNA-Moleküle auf ihrem Weg durch das Ribosom bewegen und welche molekularen Kräfte dabei wirken.

Gunnar Schröder, Leiter einer Nachwuchsgruppe am Forschungszentrum Jülich und Juniorprofessor an der Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf, erklärt: „Damit haben wir es erstmals geschafft, aus einzelnen Elektronenmikroskopie-Aufnahmen mithilfe von Computersimulationen einen vollständigen Bewegungsablauf im Ribosom zusammenzusetzen.“ Schröder hat aus den früheren elektronenmikroskopischen Aufnahmen die atomaren Modelle erstellt, auf denen die aktuellen Computersimulationen basieren. Helmut Grubmüller, Direktor am Max-Planck-Institut für biophysikalische Chemie in Göttingen, betont: „Nun sehen wir nicht nur, welche Prozesse im Inneren der Proteinfabrik ablaufen, sondern auch, durch welche Kräfte diese Prozesse angetrieben werden.“ Das Ergebnis dieser Arbeit ist eine „Filmsequenz“ – direkt aus dem „Maschinenraum“ der Proteinfabrik.

Die neuen detaillierten Einblicke des Forscherteams in den „Maschinenraum“ der Ribosomen sind auch für die Medizin von Bedeutung. Bestimmte Antibiotika bekämpfen Krankheitserreger deshalb so wirksam, weil sich Ribosomen von Bakterien und höheren Organismen in wichtigen Details unterscheiden. Solche Antibiotika hemmen nur die bakterielle Proteinfabrik; die Ribosomen höherer Zellen dagegen bleiben verschont. Um zukünftig neue Antibiotika entwickeln zu können, ist ein genaues Verständnis der Struktur und Funktion des Ribosoms eine unerlässliche Grundlage.

Filmsequenz: Der „Maschinenraum“ der Proteinfabrik
siehe unter:
http://www.fz-juelich.de/SharedDocs/Pressemitteilungen/UK/DE/2013/13-11-05-Proteinfabrik.html
Transfer-RNA (tRNA)-Moleküle (grün und blau) auf ihrem Weg durch das Ribosom (orange). In der Arbeit wurden insgesamt 25 solcher Strukturen mit atomarer Genauigkeit bestimmt und anschließend mithilfe von Molekulardynamiksimulationen zu einem kompletten Bewegungsablauf zusammengesetzt. Quelle: Forschungszentrum Jülich

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Originalpublikation:
Lars V Bock, Christian Blau, Gunnar F Schröder, Iakov I Davydov, Niels Fischer, Holger Stark, Marina V Rodnina, Andrea C Vaiana & Helmut Grubmüller
Energy barriers and driving forces in tRNA translocation through the ribosome
Nature Structural & Molecular Biology (published online 3 Mevmeber 2013), DOI: 10.1038/nsmb.2690

Abstract: http://www.nature.com/nsmb/journal/vaop/ncurrent/full/nsmb.2690.html

Weitere Informationen:

Pressemitteilung der Universität Düsseldorf
http://www.uni-duesseldorf.de/home/startseite/news-detailansicht/article/faszinierende-einblicke-in-den-maschinenraum-der-proteinfabrik.html
Institute of Complex Systems, Strukturbiochemie (ICS-6)
http://www.fz-juelich.de/ics/ics-6/DE/Home/home_node.html
Nachwuchsgruppe Computational Structural Biology Group
http://www.schroderlab.org/
Ansprechpartner:
Jun.-Prof. Dr. Gunnar Schröder
Institute of Complex Systems (ICS-6)
Tel. 02461-61-3259
gu.schroeder@fz-juelich.de
Pressekontakt:
Tobias Schlößer
Forschungszentrum Jülich
Tel. 02461 61-4771
t.schloesser@fz-juelich.de
Dr. Carmen Rotte
Max-Planck-Institut für biophysikalische Chemie
Tel. 0551 201-1304
carmen.rotte@mpibpc.mpg.de