Eintritt ins Zeitalter der "ultraschnellen" DNA-Sequenzierung

Am Centrum für Biotechnologie der Universität Bielefeld (CeBiTec) wurde ein neues – unter Fachleuten als „ultraschnelles“ gekanntes – DNA-Sequenziergerät in Betrieb genommen. Bei diesem Gerät handelt es sich um das System „Genome Sequencer FLX“ der Firma Roche Diagnostics.

Dieses Gerät steigert die Sequenzierkapazität um einen Faktor von bis zu 100 und senkt gleichzeitig signifikant die Kosten der DNA-Sequenzierung. Das neue Sequenziersystem hat seine Feuertaufe am CeBiTec bereits bestanden: In einem ersten Projekt wurde das Genom eines medizinisch bedeutsamen Bakteriums innerhalb eines Laufs sequenziert.

Mit der herkömmlichen Kapillarsequenziertechnik wären hierfür noch rund 300 Analysen mit jeweils 96 Einzelreaktionen notwendig gewesen. „Mit der Inbetriebnahme dieses ultraschnellen DNA-Sequenziersystems unterstreicht das CeBiTec seine herausragende Stellung auf dem Gebiet der Genomforschung“, so Prof. Dr. Bernd Weisshaar, Sprecher des Instituts für Genomforschung und Systembiologie am CeBiTec.

Die ultraschnelle DNA-Sequenzierung ist ohne eine nachgeschaltete umfangreiche Bioinformatik nicht denkbar. Das CeBiTec hat deswegen ein Rechnercluster zur Speicherung und zur Analyse von Sequenzdaten eingerichtet, das vom Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) als das führende Zentrum für bakterielle Genomdaten in Deutschland ausgewählt wurde. „Zur Sicherung dieser herausragenden Stellung soll das Rechnercluster in den nächsten Jahren durch Landes- und Bundesmittel nochmals erheblich ausgebaut werden“, so Dr. Alexander Goesmann, Leiter der Bioinformatics Resource Facility am CeBiTec.

Die enge Zusammenarbeit von Genomforscher und Bioinformatiker an der Universität Bielefeld hat sich in den letzten Jahren als sehr fruchtbar erwiesen: Gemeinsam konnten eine Reihe von bedeutenden Forschungsprojekten eingeworben werden. Durch den Erwerb des neuen DNA-Sequenziersystems werden die laufenden Anstrengungen zur Fortführung dieser Forschungsprojekte wesentlich unterstützt. „Dem CeBiTec ist es gelungen, Genomforschung und Bioinformatik als Leuchtturm in der deutschen Wissenschaftslandschaft zu etablieren. Mit dem Erwerb des ultraschnellen Sequenziersystems wird sich seine Leuchtkraft wesentlich verstärken“, so Prof. Dr. Alfred Pühler, Sprecher des Vorstands des CeBiTec.