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Workshop on the Analysis of Environmentally relevant Microorganisms and Comparative Genomics

01.03.2007
With this mini-workshop we want to share our accumulated knowledge about gene-prediction, annotation and comparative genomics.

Background

The sequencing of genomes and metagenomes has today become a standard technique in molecular biology. Nearly unlimited sequencing capacities exist worldwide provided on demand by e.g. the Joint Genome Institute, the Craig Venter Institute or Genoscope. After obtaining the sequences of an organism or community of interest for most investigators, without strong bioinformatics background, a question arises: "What should I do with it now?". The analysis of thousand of genes and the comparison of the content with published information is far from being trivial and requires, besides the "Know-How", a huge amount of computational power.

This situation is similar to what we focussed at MPI around 7 years ago when we got our first seven million AGCTs for the Planctomycete Rhodopirellula baltica sequenced. No "turn-key" software systems was available that helped us to answer our biological questions. So, we decided to build up a genome analysis infrastructure and develop software solutions to investigate genome and metagenome data especially from environmentally relevant microorganisms and to compare the data with publicly available information.

With this mini-workshop we want to share our accumulated knowledge about gene-prediction, annotation and comparative genomics and pay respect to several requests by researchers that had asked us how they could analyse their recently obtained sequence information from their "hobby-horses".

Agenda

The workshop will focus on:

* ORF-Prediction (Frank Oliver Glöckner)
* Auto-annotation of genomes (MicHanThi) (Christian Quast)
* Annotationsystems (GenDB) (Thierry Lombardot)
* Comparative genomics (jCOAST) and contextual information (genomesDB) (Michael Richter)

* Use-cases from actual projects: Comparative genomics of Planctomycetes and Bacteroidetes (Ivaylo Kostadinov)

Location

When: March 13, 2007
Time: 11:00 to approximate 17:00 h
Location: Max Planck Institute for Marine Microbiology in Bremen, Seminarroom 4021 and PC-lab

If you are interested in participating, please send an e-mail to eu-workshops(at)mpi-bremen.de until the first of March.

Dr. Manfred Schloesser | idw
Weitere Informationen:
http://www.mpi-bremen.de

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Im Focus: Fliegende Intensivstationen: Ultraschallgeräte in Rettungshubschraubern können Leben retten

Etwa 21 Millionen Menschen treffen jährlich in deutschen Notaufnahmen ein. Im Kampf zwischen Leben und Tod zählt für diese Patienten jede Minute. Wenn sie schon kurz nach dem Unfall zielgerichtet behandelt werden können, verbessern sich ihre Überlebenschancen erheblich. Damit Notfallmediziner in solchen Fällen schnell die richtige Diagnose stellen können, kommen in den Rettungshubschraubern der DRF Luftrettung und zunehmend auch in Notarzteinsatzfahrzeugen mobile Ultraschallgeräte zum Einsatz. Experten der Deutschen Gesellschaft für Ultraschall in der Medizin e.V. (DEGUM) schulen die Notärzte und Rettungsassistenten.

Mit mobilen Ultraschallgeräten können Notärzte beispielsweise innere Blutungen direkt am Unfallort identifizieren und sie bei Bedarf auch für Untersuchungen im...

Im Focus: Gigantische Magnetfelder im Universum

Astronomen aus Bonn und Tautenburg in Thüringen beobachteten mit dem 100-m-Radioteleskop Effelsberg Galaxienhaufen, das sind Ansammlungen von Sternsystemen, heißem Gas und geladenen Teilchen. An den Rändern dieser Galaxienhaufen fanden sie außergewöhnlich geordnete Magnetfelder, die sich über viele Millionen Lichtjahre erstrecken. Sie stellen die größten bekannten Magnetfelder im Universum dar.

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Galaxienhaufen sind die größten gravitativ gebundenen Strukturen im Universum, mit einer Ausdehnung von etwa zehn Millionen Lichtjahren. Im Vergleich dazu ist...

Im Focus: Giant Magnetic Fields in the Universe

Astronomers from Bonn and Tautenburg in Thuringia (Germany) used the 100-m radio telescope at Effelsberg to observe several galaxy clusters. At the edges of these large accumulations of dark matter, stellar systems (galaxies), hot gas, and charged particles, they found magnetic fields that are exceptionally ordered over distances of many million light years. This makes them the most extended magnetic fields in the universe known so far.

The results will be published on March 22 in the journal „Astronomy & Astrophysics“.

Galaxy clusters are the largest gravitationally bound structures in the universe. With a typical extent of about 10 million light years, i.e. 100 times the...

Im Focus: Auf der Spur des linearen Ubiquitins

Eine neue Methode ermöglicht es, den Geheimcode linearer Ubiquitin-Ketten zu entschlüsseln. Forscher der Goethe-Universität berichten darüber in der aktuellen Ausgabe von "nature methods", zusammen mit Partnern der Universität Tübingen, der Queen Mary University und des Francis Crick Institute in London.

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Im Focus: Tracing down linear ubiquitination

Researchers at the Goethe University Frankfurt, together with partners from the University of Tübingen in Germany and Queen Mary University as well as Francis Crick Institute from London (UK) have developed a novel technology to decipher the secret ubiquitin code.

Ubiquitin is a small protein that can be linked to other cellular proteins, thereby controlling and modulating their functions. The attachment occurs in many...

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