Forum für Wissenschaft, Industrie und Wirtschaft

Hauptsponsoren:     3M 
Datenbankrecherche:

 

Bremer Physiker entwickeln neuen Algorithmus für komplexe Netzwerke

11.11.2004


Physiker der Universität Bremen haben einen neuen Algorithmus entwickelt, mit dem es möglich ist, komplexe Netzwerkstrukturen in Naturwissenschaft, Wirtschaft und Gesellschaft zu untersuchen. Es ist der erste Algorithmus, der es erlaubt, partiell Überschneidungen zwischen Gruppen zu detektieren. Die Anwendungen reichen vom Abbilden von Gruppen in sozialen und Kommunikationsnetzwerken, über die Analyse von Marktdaten und Käuferverhalten bis hinein in die Biologie. Ein Artikel der Bremer Wissenschaftler Professor Stefan Bornholdt und Jörg Reichardt ist jetzt online in der renommierten "Physical Review Letters" erschienen.



Werder Bremen ist der bekannteste Verein der Hansestadt. Aber natürlich gibt es in Bremen noch über 400 weitere Sportvereine sowie Vereine aller Art: von Skatspielern bis zu Kaninchenzüchtern. Damit nicht genug: Wissenschaftler schließen sich zu Vereinigungen zusammen, politische Aktivisten, Philatelisten, Kulturfreunden oder Religionsanhänger und und und.. . Die Aufzählung lässt sich beliebig fortsetzen. Bremen besteht - wie jede andere Stadt - aus einem sehr komplexen sozialen Netzwerk von Gruppen. Diese Gruppen wiederum haben unterschiedlich stark ausgeprägte Kontakte mit partiellen Überschneidungen. Es existiert also eine übergeordnete Organisationsstruktur, die nur mit extrem hohem empirischen Untersuchungsaufwand abgebildet werden kann. Selbst kluge Köpfe aus Mathematik oder Philosophie, die sich theoretisch mit dem Abbilden städtischer Sozialnetzwerkstrukturen beschäftigen, stehen vor großen (unlösbaren) kombinatorischen Problemen, um diese Struktur optimal zu erfassen. Doch jetzt ist es dem Uni-Team des Bremer Physikers Professor Stefan Bornholdt gelungen, das Problem zu lösen: Mithilfe eines neu entwickelten Algorithmus ist es möglich, nicht nur die oben beschriebene Gruppenstruktur, sondern auch die partiellen Überschneidungen zwischen verschiedenen Gruppen zu charakterisieren.

... mehr zu:
»Algorithmus »Biologie »Physik »Protein


Partielle Überlappungen von Gruppen

Die Wissenschaftler vom Institut für Theoretische Physik der Universität Bremen nutzen für ihr neues "Rechenschema" eine Analogie zur statistischen Physik magnetischer Materialien. Sie erkannten, dass das kombinatorische Optimierungsproblem (für das Netzwerk der Stadt) und das Problem, den niedrigsten Energiezustandes eines magnetischen Materials aufzufinden, gleich war. Für das Lösen des letzteren Problems existieren bereits effiziente Methoden aus der statistischen Physik, die auch eine schnelle Lösung sicherstellen. Auf der Grundlage dieses Wissens und der Analogie-Erkenntnis entwickelten die Bremer Physiker Stefan Bornholdt und Jörg Reichardt den neuen Algorithmus mit der Besonderheit des Skalierens. Durch diese Skalierbarkeit eignet er sich nämlich zum Abbilden für Netzwerke von beliebiger Größe und beliebigen Überlappungen. Die Anwendungen für den neuen Algorithmus sind vielfältig: Sie reichen vom Auffinden von Gruppen in sozialen und Kommunikationsnetzen, über die Analyse von Marktdaten und Käuferverhalten bis hinein in die Biologie. So kann (auch) an Antworten auf Fragestellungen gearbeitet werden, die für das Begreifen gesellschaftlicher Realität von Bedeutung sind.

Ein Problem aus der Biochemie

Wie sehen Anwendungen beispielsweise in der Biologie aus? Dazu ein komplexes Problem aus der Biochemie: Proteine sind für das Leben von essentieller Bedeutung. Um ihre biologische Funktion erfüllen zu können, müssen die aus bis zu mehreren hundert Bausteinen zusammengesetzten Makromoleküle sich jedoch in eine bestimmte stabile dreidimensionale Struktur falten. Dabei kann es vorkommen, dass ein Protein sich auch in mehrere verschiedene stabile Strukturen falten kann, um unterschiedliche Funktionen zu erfüllen. Obwohl schon viel über die fertig gefalteten Proteinstrukturen bekannt ist, ist der genaue Ablauf des Faltungsvorgangs selbst bisher noch weitgehend ungeklärt. Insbesondere die Art und Weise, auf der sich ein bestimmtes Protein von einer Struktur in eine andere faltet, ist noch weitgehend unbekannt. Einen Schritt zur Lösung dieses Problems bietet der Bremer Algorithmus. Dabei wird von einem bestimmten Protein-Faltungsnetzwerk (nach dem Modell von Rao und Caflisch) ausgegangen. Die beiden Biologen simulierten ein Protein nicht bei Körpertemperatur, sondern bei dessen Schmelzpunkt, wodurch alle möglichen Faltungszustände angenommen werden können. Diese simulierten "Konformationen" (Übereinstimmungen) bilden nun ein Netz, in dem die Knoten einen bestimmten Faltungszustand darstellen und die Verbindungen zwischen ihnen die direkte zeitliche Aufeinanderfolge zweier Zustände darstellen. Stabile und metastabile Faltungen lassen sich dann als Gruppen in diesem Netzwerk identifizieren, da zwischen ähnlichen Faltungszuständen mehr Übergänge stattfinden, diese Knoten also untereinander stärker verbunden sind als mit dem Rest des Netzwerks. Knoten, die vom Algorithmus mehreren Gruppen zugeordnet werden, können aufgrund gerade dieser Tatsache als mögliche Übergangszustände identifiziert werden. Damit kommt man dem Ziel, den Vorgang der Proteinfaltung im Detail besser zu verstehen, einen Schritt näher.

Ein Artikel zum neuen Algorithmus ist am 11. November 2004 online in der renommierten "Physical Review Letters" erschienen.

Weitere Informationen:

Universität Bremen
Fachbereich Physik/Elektrotechnik
Institut für Theoretische Physik

Prof. Dr. Stefan Bornholdt
Tel. 0421 218 8198
E-Mail: bornholdt@itp.uni-bremen.de

Jörg Reichardt
Tel: 0421 218 3195

Angelika Rockel | idw
Weitere Informationen:
http://www.uni-bremen.de

Weitere Berichte zu: Algorithmus Biologie Physik Protein

Weitere Nachrichten aus der Kategorie Physik Astronomie:

nachricht Maschinelles Lernen im Quantenlabor
19.01.2018 | Universität Innsbruck

nachricht Seltsames Verhalten eines Sterns offenbart Schwarzes Loch, das sich in riesigem Sternhaufen verbirgt
17.01.2018 | ESO Science Outreach Network - Haus der Astronomie

Alle Nachrichten aus der Kategorie: Physik Astronomie >>>

Die aktuellsten Pressemeldungen zum Suchbegriff Innovation >>>

Die letzten 5 Focus-News des innovations-reports im Überblick:

Im Focus: Maschinelles Lernen im Quantenlabor

Auf dem Weg zum intelligenten Labor präsentieren Physiker der Universitäten Innsbruck und Wien ein lernfähiges Programm, das eigenständig Quantenexperimente entwirft. In ersten Versuchen hat das System selbständig experimentelle Techniken (wieder)entdeckt, die heute in modernen quantenoptischen Labors Standard sind. Dies zeigt, dass Maschinen in Zukunft auch eine kreativ unterstützende Rolle in der Forschung einnehmen könnten.

In unseren Taschen stecken Smartphones, auf den Straßen fahren intelligente Autos, Experimente im Forschungslabor aber werden immer noch ausschließlich von...

Im Focus: Artificial agent designs quantum experiments

On the way to an intelligent laboratory, physicists from Innsbruck and Vienna present an artificial agent that autonomously designs quantum experiments. In initial experiments, the system has independently (re)discovered experimental techniques that are nowadays standard in modern quantum optical laboratories. This shows how machines could play a more creative role in research in the future.

We carry smartphones in our pockets, the streets are dotted with semi-autonomous cars, but in the research laboratory experiments are still being designed by...

Im Focus: Fliegen wird smarter – Kommunikationssystem LYRA im Lufthansa FlyingLab

• Prototypen-Test im Lufthansa FlyingLab
• LYRA Connect ist eine von drei ausgewählten Innovationen
• Bessere Kommunikation zwischen Kabinencrew und Passagieren

Die Zukunft des Fliegens beginnt jetzt: Mehrere Monate haben die Finalisten des Mode- und Technologiewettbewerbs „Telekom Fashion Fusion & Lufthansa FlyingLab“...

Im Focus: Ein Atom dünn: Physiker messen erstmals mechanische Eigenschaften zweidimensionaler Materialien

Die dünnsten heute herstellbaren Materialien haben eine Dicke von einem Atom. Sie zeigen völlig neue Eigenschaften und sind zweidimensional – bisher bekannte Materialien sind dreidimensional aufgebaut. Um sie herstellen und handhaben zu können, liegen sie bislang als Film auf dreidimensionalen Materialien auf. Erstmals ist es Physikern der Universität des Saarlandes um Uwe Hartmann jetzt mit Forschern vom Leibniz-Institut für Neue Materialien gelungen, die mechanischen Eigenschaften von freitragenden Membranen atomar dünner Materialien zu charakterisieren. Die Messungen erfolgten mit dem Rastertunnelmikroskop an Graphen. Ihre Ergebnisse veröffentlichen die Forscher im Fachmagazin Nanoscale.

Zweidimensionale Materialien sind erst seit wenigen Jahren bekannt. Die Wissenschaftler André Geim und Konstantin Novoselov erhielten im Jahr 2010 den...

Im Focus: Forscher entschlüsseln zentrales Reaktionsprinzip von Metalloenzymen

Sogenannte vorverspannte Zustände beschleunigen auch photochemische Reaktionen

Was ermöglicht den schnellen Transfer von Elektronen, beispielsweise in der Photosynthese? Ein interdisziplinäres Forscherteam hat die Funktionsweise wichtiger...

Alle Focus-News des Innovations-reports >>>

Anzeige

Anzeige

IHR
JOB & KARRIERE
SERVICE
im innovations-report
in Kooperation mit academics
Veranstaltungen

Kongress Meditation und Wissenschaft

19.01.2018 | Veranstaltungen

LED Produktentwicklung – Leuchten mit aktuellem Wissen

18.01.2018 | Veranstaltungen

6. Technologie- und Anwendungsdialog am 18. Januar 2018 an der TH Wildau: „Intelligente Logistik“

18.01.2018 | Veranstaltungen

 
VideoLinks
B2B-VideoLinks
Weitere VideoLinks >>>
Aktuelle Beiträge

Rittal vereinbart mit dem Betriebsrat von RWG Sozialplan - Zukunftsorientierter Dialog führt zur Einigkeit

19.01.2018 | Unternehmensmeldung

Open Science auf offener See

19.01.2018 | Geowissenschaften

Original bleibt Original - Neues Produktschutzverfahren für KFZ-Kennzeichenschilder

19.01.2018 | Informationstechnologie