Forum für Wissenschaft, Industrie und Wirtschaft

Hauptsponsoren:     3M 
Datenbankrecherche:

 

EHEC: Wissenschaftler aus Münster publizieren in PLoS ONE Ergebnisse zur Echtzeit-Genomanalyse

21.07.2011
Genomanalyse wurde erstmalig während eines laufenden Ausbruchsgeschehens durchgeführt

Wissenschaftler der Medizinischen Fakultät der Westfälischen Wilhelms-Universität (WWU) Münster und des Universitätsklinikums Münster (UKM) waren in Kooperation mit Wissenschaftlern des Unternehmens ‚Life Technologies Corporation’ die Ersten, die am 3. Juni eine Genomsequenz von einem EHEC-Ausbruchsstamm öffentlich zugänglich gemacht haben. Nun haben sie ihre eingehende Genomanalyse der Ausbruchsstämme am 20. Juli in der Online ‚open access’ Zeitschrift PLoS ONE veröffentlicht.

Der Mikrobiologe Prof. Dr. Dag Harmsen von der Poliklinik für Parodontologie Münster -der korrespondierende Autor der Veröffentlichung- leitete das Team zur Sequenzierung und bioinformatischen Analyse der Isolate in Münster. „Dank der Verfügbarkeit einer Ion Torrent PGM™ ‚next generation sequencing’ (NGS) Plattform waren wir extrem schnell. Dies ist die weltweit erste Demonstration der Anwendung von NGS im Rahmen eines Ausbruchsgeschehens nahezu in Echtzeit. Zwar gibt es Studien, wo diese Technologien retrospektive Anwendung fanden, aber während eines Ausbruchs wurde eine derartige Analyse nie zuvor durchgeführt (siehe Abbildung). Dies ist quasi die Geburt einer neuen Disziplin, nämlich der prospektiven genomischen Epidemiologie“, erläutert Prof, Dr. Harmsen.

Eine derart schnelle Sequenzierung sei eine „technische Meisterleistung, die einen unmittelbaren Einfluss auf Diagnostik und Überwachung von Infektionskrankheiten und wahrscheinlich in der Zukunft auch auf die Therapie haben wird“, erklärt Prof. Dr. Wilhelm Schmitz, Dekan der Medizinischen Fakultät der Universität Münster.

„Durch den Genomvergleich des EHEC O104:H4 Ausbruchsstamms mit einem gleichzeitig sequenzierten EHEC O104:H4 Isolat eines Patienten aus dem Jahr 2001 (HUSEC041 Referenzstamm) konnten wir zeigen, dass der Ausbruchstamm nicht – wie ursprünglich vermutet – direkt von dem sehr ähnlichen enteroaggregativen E. coli (EAEC) O104:H4 55989 abstammt, sondern von einem noch unbekannten, Shiga-Toxin produzierenden O104:H4 Vorläuferstamm“, so Dr. Alexander Mellmann vom Nationalen Konsiliarlabor für das Hämolytisch–urämische Syndrom (HUS) des Robert Koch-Institutes am Institut für Hygiene in Münster.

Prof. Dr. Dr. h.c. Helge Karch, Direktor des Instituts für Hygiene und Letztautor der PLoS One Studie, ergänzt: „Diese Arbeit unterstreicht eindrücklich die große Bedeutung von Referenzstammsammlungen – wie die von uns seit 1996 etablierte HUSEC Sammlung – eindrücklich, um die Evolution von pathogenen Bakterien verstehen zu können.“

Literaturangabe:

Mellmann A*, Harmsen D*, Cummings CA*, Zentz EB, Leopold SR, et al. (2011) Prospective Genomic Characterization of the German Enterohemorrhagic Escherichia coli O104:H4 Outbreak by Rapid Next Generation Sequencing Technology. PLoS ONE 6(7): e22751. doi:10.1371/journal.pone.0022751

*Diese Autoren trugen zu gleichen Teilen zu der Arbeit bei.

Stefan Dreising | idw
Weitere Informationen:
http://www.plosone.org/
http://www.ukmuenster.de

Weitere Nachrichten aus der Kategorie Medizin Gesundheit:

nachricht Individuelle Sporttherapie für krebskranke Kinder
06.07.2015 | Universitätsklinikum Leipzig AöR

nachricht Ursache für akutes Leberversagen bei Kleinkindern entdeckt
02.07.2015 | Technische Universität München (TUM)

Alle Nachrichten aus der Kategorie: Medizin Gesundheit >>>

Die aktuellsten Pressemeldungen zum Suchbegriff Innovation >>>

Die letzten 5 Focus-News des innovations-reports im Überblick:

Im Focus: Windturbinen unter Brücken sind sinnvoll

Ansatz für dicht verbaute oder schützenswerte Gebiete attraktiv

Laut einem spanisch-britischen Forscherteam wäre es sinnvoll, unter großen Brücken Windturbinen zur Stromgewinnung zu verbauen. Denn Modellrechnungen am...

Im Focus: Forschungsschiff Heincke seit 25 Jahren im Dienst der Wissenschaft

Ein Vierteljahrhundert alt, über 900.000 Kilometer (488.842 nautische Meilen) gefahren und trotzdem auf dem neuesten wissenschaftlichen und technischen Stand: Die Indienststellung des Forschungsschiffes Heincke jährt sich am 8. Juli 2015 zum 25. Mal.

Wissenschaftler des Alfred-Wegener-Instituts, Helmholtz-Zentrum für Polar- und Meeresforschung (AWI), das die Heincke betreibt, nehmen ebenso regelmäßig an...

Im Focus: Solardächer produzieren Strom für Fahrzeuge

Studentische Industriekooperation zwischen HAW Hamburg und Webasto erarbeitet Ergebnisse für EU-Zertifizierungsprozess von Solardächern zur Verbesserung der Öko-Bilanz von Fahrzeugen.

Unter der Leitung von Dr.-Ing. Volker Skwarek, Professor für technische Informatik an der HAW Hamburg, erarbeiteten sechs Studierende des...

Im Focus: Viaducts with wind turbines, the new renewable energy source

Wind turbines could be installed under some of the biggest bridges on the road network to produce electricity. So it is confirmed by calculations carried out by a European researchers team, that have taken a viaduct in the Canary Islands as a reference. This concept could be applied in heavily built-up territories or natural areas with new constructions limitations.

The Juncal Viaduct, in Gran Canaria, has served as a reference for Spanish and British researchers to verify that the wind blowing between the pillars on this...

Im Focus: Aus alt mach neu - Rohstoffquelle Elektroschrott

Der Markt für Unterhaltungselektronik boomt: Rund 60 Millionen Fernsehgeräte wurden im letzten Jahr in Europa verkauft. Früher oder später werden sie zurückkehren – als Elektroschrott.

Die Recycling-Industrie hat darauf reagiert: Kupfer, Aluminium, Eisen- und Edelmetalle sowie ausgewählte Kunststoffe werden bereits wiederverwertet. Allerdings...

Alle Focus-News des Innovations-reports >>>

Anzeige

Anzeige

IHR
JOB & KARRIERE
SERVICE
im innovations-report
in Kooperation mit academics
Veranstaltungen

IMTC 2015: Internationale Fachtagung im Kompetenzfeld Leichtbau

06.07.2015 | Veranstaltungen

Rheumatologen tagen in Bremen: Fortschritte in der Rheuma-Therapie und neue Impfempfehlungen

06.07.2015 | Veranstaltungen

9. Aachener Technologie- und Innovationsmanagement-Tagung

06.07.2015 | Veranstaltungen

 
B2B-VideoLinks
Weitere VideoLinks >>>
Aktuelle Beiträge

Streik der zellulären Müllabfuhr

06.07.2015 | Biowissenschaften Chemie

Proteintransport in die zellulären Kraftwerke

06.07.2015 | Förderungen Preise

67 Siemens-Windturbinen und Langzeit-Wartung für Offshore-Projekt Veja Mate

06.07.2015 | Unternehmensmeldung