Forum für Wissenschaft, Industrie und Wirtschaft

Hauptsponsoren:     3M 
Datenbankrecherche:

 

EHEC: Wissenschaftler aus Münster publizieren in PLoS ONE Ergebnisse zur Echtzeit-Genomanalyse

21.07.2011
Genomanalyse wurde erstmalig während eines laufenden Ausbruchsgeschehens durchgeführt

Wissenschaftler der Medizinischen Fakultät der Westfälischen Wilhelms-Universität (WWU) Münster und des Universitätsklinikums Münster (UKM) waren in Kooperation mit Wissenschaftlern des Unternehmens ‚Life Technologies Corporation’ die Ersten, die am 3. Juni eine Genomsequenz von einem EHEC-Ausbruchsstamm öffentlich zugänglich gemacht haben. Nun haben sie ihre eingehende Genomanalyse der Ausbruchsstämme am 20. Juli in der Online ‚open access’ Zeitschrift PLoS ONE veröffentlicht.

Der Mikrobiologe Prof. Dr. Dag Harmsen von der Poliklinik für Parodontologie Münster -der korrespondierende Autor der Veröffentlichung- leitete das Team zur Sequenzierung und bioinformatischen Analyse der Isolate in Münster. „Dank der Verfügbarkeit einer Ion Torrent PGM™ ‚next generation sequencing’ (NGS) Plattform waren wir extrem schnell. Dies ist die weltweit erste Demonstration der Anwendung von NGS im Rahmen eines Ausbruchsgeschehens nahezu in Echtzeit. Zwar gibt es Studien, wo diese Technologien retrospektive Anwendung fanden, aber während eines Ausbruchs wurde eine derartige Analyse nie zuvor durchgeführt (siehe Abbildung). Dies ist quasi die Geburt einer neuen Disziplin, nämlich der prospektiven genomischen Epidemiologie“, erläutert Prof, Dr. Harmsen.

Eine derart schnelle Sequenzierung sei eine „technische Meisterleistung, die einen unmittelbaren Einfluss auf Diagnostik und Überwachung von Infektionskrankheiten und wahrscheinlich in der Zukunft auch auf die Therapie haben wird“, erklärt Prof. Dr. Wilhelm Schmitz, Dekan der Medizinischen Fakultät der Universität Münster.

„Durch den Genomvergleich des EHEC O104:H4 Ausbruchsstamms mit einem gleichzeitig sequenzierten EHEC O104:H4 Isolat eines Patienten aus dem Jahr 2001 (HUSEC041 Referenzstamm) konnten wir zeigen, dass der Ausbruchstamm nicht – wie ursprünglich vermutet – direkt von dem sehr ähnlichen enteroaggregativen E. coli (EAEC) O104:H4 55989 abstammt, sondern von einem noch unbekannten, Shiga-Toxin produzierenden O104:H4 Vorläuferstamm“, so Dr. Alexander Mellmann vom Nationalen Konsiliarlabor für das Hämolytisch–urämische Syndrom (HUS) des Robert Koch-Institutes am Institut für Hygiene in Münster.

Prof. Dr. Dr. h.c. Helge Karch, Direktor des Instituts für Hygiene und Letztautor der PLoS One Studie, ergänzt: „Diese Arbeit unterstreicht eindrücklich die große Bedeutung von Referenzstammsammlungen – wie die von uns seit 1996 etablierte HUSEC Sammlung – eindrücklich, um die Evolution von pathogenen Bakterien verstehen zu können.“

Literaturangabe:

Mellmann A*, Harmsen D*, Cummings CA*, Zentz EB, Leopold SR, et al. (2011) Prospective Genomic Characterization of the German Enterohemorrhagic Escherichia coli O104:H4 Outbreak by Rapid Next Generation Sequencing Technology. PLoS ONE 6(7): e22751. doi:10.1371/journal.pone.0022751

*Diese Autoren trugen zu gleichen Teilen zu der Arbeit bei.

Stefan Dreising | idw
Weitere Informationen:
http://www.plosone.org/
http://www.ukmuenster.de

Weitere Nachrichten aus der Kategorie Medizin Gesundheit:

nachricht Vitamin-Mangel, der Kampf gegen die Antriebslosigkeit und Nahrung für die Nerven
08.12.2016 | PhytoDoc Ltd.

nachricht Entschlüsselung von Kommunikationswegen zwischen Tumor- und Immunzellen beim Eierstockkrebs
06.12.2016 | Wilhelm Sander-Stiftung

Alle Nachrichten aus der Kategorie: Medizin Gesundheit >>>

Die aktuellsten Pressemeldungen zum Suchbegriff Innovation >>>

Die letzten 5 Focus-News des innovations-reports im Überblick:

Im Focus: Elektronenautobahn im Kristall

Physiker der Universität Würzburg haben an einer bestimmten Form topologischer Isolatoren eine überraschende Entdeckung gemacht. Die Erklärung für den Effekt findet sich in der Struktur der verwendeten Materialien. Ihre Arbeit haben die Forscher jetzt in Science veröffentlicht.

Sie sind das derzeit „heißeste Eisen“ der Physik, wie die Neue Zürcher Zeitung schreibt: topologische Isolatoren. Ihre Bedeutung wurde erst vor wenigen Wochen...

Im Focus: Electron highway inside crystal

Physicists of the University of Würzburg have made an astonishing discovery in a specific type of topological insulators. The effect is due to the structure of the materials used. The researchers have now published their work in the journal Science.

Topological insulators are currently the hot topic in physics according to the newspaper Neue Zürcher Zeitung. Only a few weeks ago, their importance was...

Im Focus: Rätsel um Mott-Isolatoren gelöst

Universelles Verhalten am Mott-Metall-Isolator-Übergang aufgedeckt

Die Ursache für den 1937 von Sir Nevill Francis Mott vorhergesagten Metall-Isolator-Übergang basiert auf der gegenseitigen Abstoßung der gleichnamig geladenen...

Im Focus: Poröse kristalline Materialien: TU Graz-Forscher zeigt Methode zum gezielten Wachstum

Mikroporöse Kristalle (MOFs) bergen große Potentiale für die funktionalen Materialien der Zukunft. Paolo Falcaro von der TU Graz et al zeigen in Nature Materials, wie man MOFs gezielt im großen Maßstab wachsen lässt.

„Metal-organic frameworks“ (MOFs) genannte poröse Kristalle bestehen aus metallischen Knotenpunkten mit organischen Molekülen als Verbindungselemente. Dank...

Im Focus: Gravitationswellen als Sensor für Dunkle Materie

Die mit der Entdeckung von Gravitationswellen entstandene neue Disziplin der Gravitationswellen-Astronomie bekommt eine weitere Aufgabe: die Suche nach Dunkler Materie. Diese könnte aus einem Bose-Einstein-Kondensat sehr leichter Teilchen bestehen. Wie Rechnungen zeigen, würden Gravitationswellen gebremst, wenn sie durch derartige Dunkle Materie laufen. Dies führt zu einer Verspätung von Gravitationswellen relativ zu Licht, die bereits mit den heutigen Detektoren messbar sein sollte.

Im Universum muss es gut fünfmal mehr unsichtbare als sichtbare Materie geben. Woraus diese Dunkle Materie besteht, ist immer noch unbekannt. Die...

Alle Focus-News des Innovations-reports >>>

Anzeige

Anzeige

IHR
JOB & KARRIERE
SERVICE
im innovations-report
in Kooperation mit academics
Veranstaltungen

Firmen- und Forschungsnetzwerk Munitect tagt am IOW

08.12.2016 | Veranstaltungen

NRW Nano-Konferenz in Münster

07.12.2016 | Veranstaltungen

Wie aus reinen Daten ein verständliches Bild entsteht

05.12.2016 | Veranstaltungen

 
VideoLinks
B2B-VideoLinks
Weitere VideoLinks >>>
Aktuelle Beiträge

Hochgenaue Versuchsstände für dynamisch belastete Komponenten – Workshop zeigt Potenzial auf

09.12.2016 | Seminare Workshops

Ein Nano-Kreisverkehr für Licht

09.12.2016 | Physik Astronomie

Pflanzlicher Wirkstoff lässt Wimpern wachsen

09.12.2016 | Biowissenschaften Chemie