Forum für Wissenschaft, Industrie und Wirtschaft

Hauptsponsoren:     3M 
Datenbankrecherche:

 

EHEC: Wissenschaftler aus Münster publizieren in PLoS ONE Ergebnisse zur Echtzeit-Genomanalyse

21.07.2011
Genomanalyse wurde erstmalig während eines laufenden Ausbruchsgeschehens durchgeführt

Wissenschaftler der Medizinischen Fakultät der Westfälischen Wilhelms-Universität (WWU) Münster und des Universitätsklinikums Münster (UKM) waren in Kooperation mit Wissenschaftlern des Unternehmens ‚Life Technologies Corporation’ die Ersten, die am 3. Juni eine Genomsequenz von einem EHEC-Ausbruchsstamm öffentlich zugänglich gemacht haben. Nun haben sie ihre eingehende Genomanalyse der Ausbruchsstämme am 20. Juli in der Online ‚open access’ Zeitschrift PLoS ONE veröffentlicht.

Der Mikrobiologe Prof. Dr. Dag Harmsen von der Poliklinik für Parodontologie Münster -der korrespondierende Autor der Veröffentlichung- leitete das Team zur Sequenzierung und bioinformatischen Analyse der Isolate in Münster. „Dank der Verfügbarkeit einer Ion Torrent PGM™ ‚next generation sequencing’ (NGS) Plattform waren wir extrem schnell. Dies ist die weltweit erste Demonstration der Anwendung von NGS im Rahmen eines Ausbruchsgeschehens nahezu in Echtzeit. Zwar gibt es Studien, wo diese Technologien retrospektive Anwendung fanden, aber während eines Ausbruchs wurde eine derartige Analyse nie zuvor durchgeführt (siehe Abbildung). Dies ist quasi die Geburt einer neuen Disziplin, nämlich der prospektiven genomischen Epidemiologie“, erläutert Prof, Dr. Harmsen.

Eine derart schnelle Sequenzierung sei eine „technische Meisterleistung, die einen unmittelbaren Einfluss auf Diagnostik und Überwachung von Infektionskrankheiten und wahrscheinlich in der Zukunft auch auf die Therapie haben wird“, erklärt Prof. Dr. Wilhelm Schmitz, Dekan der Medizinischen Fakultät der Universität Münster.

„Durch den Genomvergleich des EHEC O104:H4 Ausbruchsstamms mit einem gleichzeitig sequenzierten EHEC O104:H4 Isolat eines Patienten aus dem Jahr 2001 (HUSEC041 Referenzstamm) konnten wir zeigen, dass der Ausbruchstamm nicht – wie ursprünglich vermutet – direkt von dem sehr ähnlichen enteroaggregativen E. coli (EAEC) O104:H4 55989 abstammt, sondern von einem noch unbekannten, Shiga-Toxin produzierenden O104:H4 Vorläuferstamm“, so Dr. Alexander Mellmann vom Nationalen Konsiliarlabor für das Hämolytisch–urämische Syndrom (HUS) des Robert Koch-Institutes am Institut für Hygiene in Münster.

Prof. Dr. Dr. h.c. Helge Karch, Direktor des Instituts für Hygiene und Letztautor der PLoS One Studie, ergänzt: „Diese Arbeit unterstreicht eindrücklich die große Bedeutung von Referenzstammsammlungen – wie die von uns seit 1996 etablierte HUSEC Sammlung – eindrücklich, um die Evolution von pathogenen Bakterien verstehen zu können.“

Literaturangabe:

Mellmann A*, Harmsen D*, Cummings CA*, Zentz EB, Leopold SR, et al. (2011) Prospective Genomic Characterization of the German Enterohemorrhagic Escherichia coli O104:H4 Outbreak by Rapid Next Generation Sequencing Technology. PLoS ONE 6(7): e22751. doi:10.1371/journal.pone.0022751

*Diese Autoren trugen zu gleichen Teilen zu der Arbeit bei.

Stefan Dreising | idw
Weitere Informationen:
http://www.plosone.org/
http://www.ukmuenster.de

Weitere Nachrichten aus der Kategorie Medizin Gesundheit:

nachricht Neue Möglichkeiten für die Immuntherapie beim Lungenkrebs entdeckt
18.10.2017 | Universität Bern

nachricht Aromatherapie bei COPD
12.05.2015 | Airnergy AG

Alle Nachrichten aus der Kategorie: Medizin Gesundheit >>>

Die aktuellsten Pressemeldungen zum Suchbegriff Innovation >>>

Die letzten 5 Focus-News des innovations-reports im Überblick:

Im Focus: Neue Möglichkeiten für die Immuntherapie beim Lungenkrebs entdeckt

Eine gemeinsame Studie der Universität Bern und des Inselspitals Bern zeigt, dass spezielle Bindegewebszellen, die in normalen Blutgefässen die Wände abdichten, bei Lungenkrebs nicht mehr richtig funktionieren. Zusätzlich unterdrücken sie die immunologische Bekämpfung des Tumors. Die Resultate legen nahe, dass diese Zellen ein neues Ziel für die Immuntherapie gegen Lungenkarzinome sein könnten.

Lungenkarzinome sind die häufigste Krebsform weltweit. Jährlich werden 1.8 Millionen Neudiagnosen gestellt; und 2016 starben 1.6 Millionen Menschen an der...

Im Focus: Sicheres Bezahlen ohne Datenspur

Ob als Smartphone-App für die Fahrkarte im Nahverkehr, als Geldwertkarten für das Schwimmbad oder in Form einer Bonuskarte für den Supermarkt: Für viele gehören „elektronische Geldbörsen“ längst zum Alltag. Doch vielen Kunden ist nicht klar, dass sie mit der Nutzung dieser Angebote weitestgehend auf ihre Privatsphäre verzichten. Am Karlsruher Institut für Technologie (KIT) entsteht ein sicheres und anonymes System, das gleichzeitig Alltagstauglichkeit verspricht. Es wird nun auf der Konferenz ACM CCS 2017 in den USA vorgestellt.

Es ist vor allem das fehlende Problembewusstsein, das den Informatiker Andy Rupp von der Arbeitsgruppe „Kryptographie und Sicherheit“ am KIT immer wieder...

Im Focus: Neutron star merger directly observed for the first time

University of Maryland researchers contribute to historic detection of gravitational waves and light created by event

On August 17, 2017, at 12:41:04 UTC, scientists made the first direct observation of a merger between two neutron stars--the dense, collapsed cores that remain...

Im Focus: Breaking: the first light from two neutron stars merging

Seven new papers describe the first-ever detection of light from a gravitational wave source. The event, caused by two neutron stars colliding and merging together, was dubbed GW170817 because it sent ripples through space-time that reached Earth on 2017 August 17. Around the world, hundreds of excited astronomers mobilized quickly and were able to observe the event using numerous telescopes, providing a wealth of new data.

Previous detections of gravitational waves have all involved the merger of two black holes, a feat that won the 2017 Nobel Prize in Physics earlier this month....

Im Focus: Topologische Isolatoren: Neuer Phasenübergang entdeckt

Physiker des HZB haben an BESSY II Materialien untersucht, die zu den topologischen Isolatoren gehören. Dabei entdeckten sie einen neuen Phasenübergang zwischen zwei unterschiedlichen topologischen Phasen. Eine dieser Phasen ist ferroelektrisch: das bedeutet, dass sich im Material spontan eine elektrische Polarisation ausbildet, die sich durch ein äußeres elektrisches Feld umschalten lässt. Dieses Ergebnis könnte neue Anwendungen wie das Schalten zwischen unterschiedlichen Leitfähigkeiten ermöglichen.

Topologische Isolatoren zeichnen sich dadurch aus, dass sie an ihren Oberflächen Strom sehr gut leiten, während sie im Innern Isolatoren sind. Zu dieser neuen...

Alle Focus-News des Innovations-reports >>>

Anzeige

Anzeige

IHR
JOB & KARRIERE
SERVICE
im innovations-report
in Kooperation mit academics
Veranstaltungen

Smart MES 2017: die Fertigung der Zukunft

18.10.2017 | Veranstaltungen

DFG unterstützt Kongresse und Tagungen - Dezember 2017

17.10.2017 | Veranstaltungen

Intelligente Messmethoden für die Bauwerkssicherheit: Fachtagung „Messen im Bauwesen“ am 14.11.2017

17.10.2017 | Veranstaltungen

 
VideoLinks
B2B-VideoLinks
Weitere VideoLinks >>>
Aktuelle Beiträge

Neue Möglichkeiten für die Immuntherapie beim Lungenkrebs entdeckt

18.10.2017 | Medizin Gesundheit

Rittal Klima-Tipps: Ist ein Kühlgerät wirklich nötig?

18.10.2017 | Energie und Elektrotechnik

Smartphones im Kampf gegen die Blindheit

18.10.2017 | Medizintechnik