Neue Datenbank für die Sepsis-Forschung

Sepsis ist eine weit unterschätzte Krankheit. Die Sterblichkeitsrate ist vergleichbar mit der von Herz-Kreislauf-Erkrankungen, jedoch ist die sichere und schnelle Diagnose und Behandlung der im allgemeinen Sprachgebrauch als Blutvergiftung bezeichneten Erkrankung weitaus schwieriger. Weltweit wird deshalb seit Jahrzehnten intensiv an der weiteren Verbesserung und Beschleunigung von Diagnoseverfahren und an neuen Behandlungstechniken geforscht.

Im Rahmen einer Zusammenarbeit zwischen dem Institut für Informatik der Friedrich-Schiller-Universität Jena und dem Biotechnologie-Unternehmen SIRS-Lab wurde nun eine Datenbanklösung fertig gestellt, die es effektiver als bisher ermöglicht, die zu Forschungszwecken gewonnenen Blutproben von Sepsis-Patienten zu verwalten und vor allem lückenlos in ihrer Verwendung zu dokumentieren. Die Blutproben werden in der Biobank an der Klinik für Anästhesiolgie und Intensivmedizin des Universitätsklinikums Jena (UKJ) verwaltet, die u. a. dazu dient, in Kooperation mit der SIRS-Lab, innovative Sepsismarker zu entwickeln.

Das für die Biobank neu entwickelte und einsetzbare Softwaresystem ist das Ergebnis der Informatik-Diplomarbeit von Clemens Kynast, die durch Prof. Klaus Küspert vom Jenaer Lehrstuhl für Datenbanken und Informationssysteme und Dr. Alessandro Romualdi von SIRS-Lab gemeinsam betreut wurde. Das Softwaresystem löst als Weiterentwicklung die bestehende Probenverwaltungsdatenbank ab.

Die Sepsis-Forschung benötigt Blutproben als wesentliche Grundlage für ihre Experimente. Diese für die Forschung so wertvollen Proben werden in speziellen Kühlschränken bei einer Temperatur von -80 Grad Celsius gelagert. Für einen solch großen und stetig wachsenden Probenbestand ist die Verwaltung durch ein geeignetes Computersystem notwendig. In der Diplomarbeit von Clemens Kynast ging es darum, eine bisherige Software durch eine neuere und mächtigere Datenbank abzulösen und die Daten, die im Laufe von Jahren entstanden waren, einzubinden.

„Bei der neuen Datenbanklösung geht es insbesondere darum, jederzeit einen lückenlosen Verwendungsnachweis und die Verlaufsgeschichte der Blutproben zur Hand zu haben“, führt der frisch gebackene Diplom-Informatiker an. Deshalb bringt er einen erweiterten zeitabhängigen Faktor in die Datenbank ein, der es ermöglicht, jederzeit nachzuvollziehen, was mit entsprechenden Proben von der Abnahme vom Patienten bis zur Verwendung passiert. Auch die Suchfunktion gestaltete Kynast nutzerfreundlicher, um letztendlich eine schnellere und präzisere Suche bestimmter Proben zu ermöglichen. „Es muss stets bekannt sein, wo in den verwendeten speziellen Kühlschränken sich diese oder jene Blutprobe eines Patienten befindet“, erklärt Kynast, der nach seinem erfolgreichen Studienabschluss auch weiterhin an der Universität Jena Datenbanken erstellen und nutzen wird. Ein entscheidender Vorteil ist, dass die Probendatenbank in das bereits bestehende firmenweite Datenbankmanagementsystem integriert wurde. Dadurch ergeben sich neue Möglichkeiten der Datenverknüpfung, die zu einem weiteren Informationsgewinn führen.

„Mit derartigem Handwerkszeug aus dem Informatikbereich sind viele Schritte auf Datenzugriffs- und Verwendungsebene sicherer und schneller zu bewerkstelligen“, legt Prof. Klaus Küspert vom Jenaer Datenbanklehrstuhl die Vorteile dar. Sepsis lasse sich auch durch solche Informatiklösung nicht zum 'Kinderspiel' abtun, so Küspert weiter, „aber die neue Datenbank beschleunigt die Sepsis-Forschung.“

Kontakt:
Prof. Dr. Klaus Küspert
Institut für Informatik der Friedrich-Schiller-Universität Jena
Ernst-Abbe-Platz 2, 07743 Jena
Tel.: 03641 / 946360
E-Mail: kuespert[at]informatik.uni-jena.de