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MDC`s Systembiologen erhalten neuartigen Sequenzierer - Tieferer Einblick in die Genregulation

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Die SMRT-Technologie (single molecule, real-time) ist zudem schneller als die bisherigen Hochdurchsatzmaschinen. Die Forscher wollen mit diesem Gerät der „dritten Generation“ einen tieferen Einblick in die Genregulation gewinnen. Es soll Anfang September im BIMSB installiert werden. Das Gerät PacBio RS hat Pacific Biosciences, eine Firma in Menlo Park, Kalifornien, USA, im April 2011 auf den Markt gebracht.

Für die Entwicklung der SMRT-Technologie hat Pacific Biosciences verschiedene Technologien und Fachgebiete wie Nanotechnologie, Biochemie, Oberflächenchemie und Optik miteinander verknüpft. Der neuartige Sequenzierer liest die Abfolge (Sequenz) der DNA-Bausteine (Basen) in Echtzeit, und macht auch die Reaktion eines einzigen Enzyms mit einem einzigen DNA-Molekül sichtbar.

Dadurch ist es nicht mehr nötig, die DNA vor der Sequenzierung zu vermehren, womit Fehlerquellen vermieden werden. Das System kann im Schnitt mehr als 1 000 Basen lesen und ein Experiment in einem Tag abschließen, das zuvor eine Woche oder länger dauerte. PacBio RS ergänzt die von Dr. Wei Chen geleitete Genomikplattform des BIMSB mit ihren Hochdurchsatz-Sequenzieren perfekt.

„Die herausragende Eigenschaft der SMRT-Technologie ist nicht nur, dass man zuschauen kann, wie die DNA synthetisiert wird, sondern auch, dass der Sequenzierer uns in die Lage versetzt, Genregulation, RNA-Funktion, epigenetische Genregulation, DNA-Modifizierung und Genomstruktur quantitativ zu bestimmen. Er erlaubt uns einen tieferen Einblick in genregulatorische Netzwerke und eröffnet uns damit einen neuen Zugang zur personalisierten Medizin“, sagten Walter Rosenthal, Wissenschaftlicher Vorstand des MDC, und Nikolaus Rajewsky, wissenschaftlicher Leiter des BIMSB.

Das BIMSB wurde 2008 vom MDC mit einer Pilotfinanzierung des Bundesforschungsministeriums und des Senats von Berlin gegründet. Die medizinische Systembiologie erforscht die molekularen Netzwerke der Gene und Proteine, ihre Regulation und ihr Zusammenspiel sowie ihre Bedeutung bei der Entstehung von Krankheiten. Das BIMSB arbeitet eng mit Forschungseinrichtungen zusammen, insbesondere mit der Humboldt-Universität zu Berlin und der Charité – Universitätsmedizin Berlin sowie mit der New York University in den USA.

Barbara Bachtler
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Barbara Bachtler | Quelle: Max-Delbrück-Centrum
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