Forum für Wissenschaft, Industrie und Wirtschaft

Hauptsponsoren:     3M 
Datenbankrecherche:

 

SYCAMORE: Damit können Biowissenschaftler jetzt rechnen

22.10.2008
EML Research und Universität Heidelberg präsentieren mit "SYCAMORE" eine nutzerfreundliche Softwarelösung für die Systembiologie

Die Zelle ist der Grundbaustein unseres Lebens und zugleich das wohl komplexeste System, das wir kennen. Wenn wir verstehen, was in der Zelle passiert, können wir zum Beispiel bessere Medikamente entwickeln.

Die Untersuchung einzelner Gene oder Proteine reicht dafür längst nicht mehr aus. Man muss auch das Zusammenspiel der Proteine und die Bedingungen biochemischer Reaktionen kennen, wie zum Beispiel Geschwindigkeit, Temperatur oder pH-Wert. Die Systembiologie integriert experimentelle und computergestützte Methoden, um die Zelle als Ganzes zu erforschen.

Forscher setzen zunehmend den Computer ein, um die experimentelle Forschung zu unterstützen. Hinderlich war bisher jedoch, dass die bisherigen Softwarelösungen oft nur von Spezialisten benutzt werden können und deshalb den meisten Wissenschaftlern im Labor nur wenig hilfreich erscheinen.

Das ändert sich mit "SYCAMORE", einem neuen webbasierten Softwarepaket von rechnerischen Werkzeugen und Methoden. Es ist jetzt im Internet unter http://sycamore.eml.org erreichbar. Entwickelt wurde "SYCAMORE" vom Heidelberger Forschungsinstitut EML Research gemeinsam mit der Universität Heidelberg. Das Paket erleichtert es Forschern, Modelle von Reaktionen zu erstellen, zu simulieren und zu analysieren. Das weltweit Neue und Besondere daran ist, dass es nicht nur Rechenmethoden zur Verfügung stellt, sondern auch dem Biowissenschaftler dabei hilft, die richtige Methode auszuwählen.

"Auch Wissenschaftler, die keine Experten in theoretischer Biochemie sind, finden so einen Zugang zu rechnerischen Methoden", erläutern Prof. Ursula Kummer (Universität Heidelberg) und Dr. Rebecca Wade (EML Research). "SYCAMORE" bietet Schnittstellen zu anderen Werkzeugen wie COPASI (http://www.copasi.org) and zu Datenbanken wie BRENDA (http://www.brenda-enzymes.info) und SABIO-RK (http://sabio.villa-bosch.de/SABIORK).

Der Rechner kann und soll dabei das Reagenzglas nicht ersetzen, sondern die Experimente sinnvoll ergänzen. Ein Beispiel: Ein Wissenschaftler sucht nach einem Hemmstoff für ein Eiweiß, das bestimmte Stoffwechselprozesse auslöst. "SYCAMORE" hilft ihm dabei herauszufinden, ob es möglich ist, diesen Hemmstoff rechnerisch zu bestimmen, und welcher biochemische Prozess dadurch am stärksten gehemmt wird.

Das Wort "SYCAMORE" steht für "SYstems biology`s Computational Analysis and MOdeling Research Environment". Das Softwarepaket entstand im gleichnamigen Projekt, das vom Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) gefördert wurde und zur BMBF-Initiative Systembiologie gehörte. Beteiligt sind die Forschungsgruppen Molecular and Cellular Modeling und Scientific Databases and Visualization der EML Research sowie das Department Modeling of Biological Processes der Universität Heidelberg.

"SYCAMORE" steht allen Mitgliedern der BMBF-Systembiologieinitiative zur Verfügung. Wissenschaftler an Universitäten und Forschungsinstituten nutzen das Paket kostenlos, für industrielle Anwender werden Lizenzgebühren erhoben. Fernziele der Forschung liegen unter anderem darin, die Entwicklung von Medikamenten zu unterstützen, um unerwünschte Nebenwirkungen zu verringern.

Die EML Research gGmbH (http://www.eml-research.de) ist ein privates Forschungsinstitut für Grundlagenforschung in der angewandten Informatik. Ein Hauptschwerpunkt der Forschung liegt im Bereich Computational Biology. Die Forscher arbeiten eng mit Universitäten zusammen. Die EML Research gGmbH bearbeitet hauptsächlich Forschungsprojekte der Klaus Tschira Stiftung gGmbH (KTS) (http://www.klaus-tschira-stiftung.de). EML Research ist Partner des ersten deutschen Zentrums für Modellierung und Simulation in den Biowissenschaften (BIOMS), Heidelberg (http://www.bioms.de).

Für weitere Informationen wenden Sie sich bitte an:
Dr. Peter Saueressig
EML Research gGmbH
Presse- und Öffentlichkeitsarbeit
Tel: +49-6221-533-245
Fax: +49-6221-533-198
peter.saueressig@eml-r.villa-bosch.de
Wissenschaftliche Ansprechpartner:
Prof. Dr. Ursula Kummer
Dept. Modeling of Biological Processes
Institute of Zoology/BIOQUANT BQ18
Im Neuenheimer Feld 267
Ruprecht-Karls-Universität Heidelberg
D-69120 Heidelberg
Phone: +49 (0)6221 - 5451 - 375
Dr. Rebecca Wade
Molecular and Cellular Modeling Group
EML Research gGmbH
Schloss-Wolfsbrunnenweg 33
69118 Heidelberg
Phone: +49 (0)6221 - 533 - 247

Dr. Peter Saueressig | idw
Weitere Informationen:
http://sycamore.eml.org
http://sabio.villa-bosch.de/SABIORK
http://www.copasi.org

Weitere Nachrichten aus der Kategorie Biowissenschaften Chemie:

nachricht Genetische Vielfalt schützt vor Krankheiten
23.05.2018 | Leibniz-Institut für Gewässerökologie und Binnenfischerei (IGB)

nachricht Vielseitige Nanokugeln: Forscher bauen künstliche Zellkompartimente als molekulare Werkstatt
22.05.2018 | Technische Universität München

Alle Nachrichten aus der Kategorie: Biowissenschaften Chemie >>>

Die aktuellsten Pressemeldungen zum Suchbegriff Innovation >>>

Die letzten 5 Focus-News des innovations-reports im Überblick:

Im Focus: GRACE Follow-On erfolgreich gestartet: Das Satelliten-Tandem dokumentiert den globalen Wandel

Die Satellitenmission GRACE-FO ist gestartet. Am 22. Mai um 21.47 Uhr (MESZ) hoben die beiden Satelliten des GFZ und der NASA an Bord einer Falcon-9-Rakete von der Vandenberg Air Force Base (Kalifornien) ab und wurden in eine polare Umlaufbahn gebracht. Dort nehmen sie in den kommenden Monaten ihre endgültige Position ein. Die NASA meldete 30 Minuten später, dass der Kontakt zu den Satelliten in ihrem Zielorbit erfolgreich hergestellt wurde. GRACE Follow-On wird das Erdschwerefeld und dessen räumliche und zeitliche Variationen sehr genau vermessen. Sie ermöglicht damit präzise Aussagen zum globalen Wandel, insbesondere zu Änderungen im Wasserhaushalt, etwa dem Verlust von Eismassen.

Potsdam, 22. Mai 2018: Die deutsch-amerikanische Satellitenmission GRACE-FO (Gravity Recovery And Climate Experiment Follow On) ist erfolgreich gestartet. Am...

Im Focus: Faserlaser mit einstellbarer Wellenlänge

Faserlaser sind ein effizientes und robustes Werkzeug zum Schweißen und Schneiden von Metallen beispielsweise in der Automobilindustrie. Systeme bei denen die Wellenlänge des Laserlichts flexibel einstellbar ist, sind für spektroskopische Anwendungen und die Medizintechnik interessant. Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler des Leibniz-Instituts für Photonische Technologien (Leibniz-IPHT) haben, im Rahmen des vom Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) geförderten Projekts „FlexTune“, ein neues Abstimmkonzept realisiert, das erstmals verschiedene Emissionswellenlängen voneinander unabhängig und zeitlich synchron erzeugt.

Faserlaser bieten im Vergleich zu herkömmlichen Lasern eine höhere Strahlqualität und Energieeffizienz. Integriert in einen vollständig faserbasierten...

Im Focus: LZH zeigt Lasermaterialbearbeitung von morgen auf der LASYS 2018

Auf der LASYS 2018 zeigt das Laser Zentrum Hannover e.V. (LZH) vom 5. bis zum 7. Juni Prozesse für die Lasermaterialbearbeitung von morgen in Halle 4 an Stand 4E75. Mit gesprengten Bombenhüllen präsentiert das LZH in Stuttgart zudem erste Ergebnisse aus einem Forschungsprojekt zur zivilen Sicherheit.

Auf der diesjährigen LASYS stellt das LZH lichtbasierte Prozesse wie Schneiden, Schweißen, Abtragen und Strukturieren sowie die additive Fertigung für Metalle,...

Im Focus: Achema 2018: Neues Kamerasystem überwacht Destillation und hilft beim Energiesparen

Um chemische Gemische in ihre Einzelbestandteile aufzutrennen, ist in der Industrie die energieaufwendige Destillation gängig, etwa bei der Raffinerie von Rohöl. Forscher der Technischen Universität Kaiserslautern (TUK) entwickeln ein Kamerasystem, das diesen Prozess überwacht. Dabei misst es, ob es zu einer starken Tropfenbildung kommt, was sich negativ auf die Trennung der Komponenten auswirken kann. Die Technik könnte hier künftig automatisch gegensteuern, wenn sich Messwerte ändern. So ließe sich auch Energie einsparen. Auf der Prozesstechnik-Messe Achema in Frankfurt stellen sie die Technik vom 11. bis 15. Juni am Forschungsstand des Landes Rheinland-Pfalz (Halle 9.2, Stand A86a) vor.

Bei der Destillation werden Flüssigkeiten durch Verdampfen und darauffolgende Kondensation des Dampfes in ihre Bestandteile getrennt. Ein bekanntes Beispiel...

Im Focus: Vielseitige Nanokugeln: Forscher bauen künstliche Zellkompartimente als molekulare Werkstatt

Wie verleiht man Zellen neue Eigenschaften ohne ihren Stoffwechsel zu behindern? Ein Team der Technischen Universität München (TUM) und des Helmholtz Zentrums München veränderte Säugetierzellen so, dass sie künstliche Kompartimente bildeten, in denen räumlich abgesondert Reaktionen ablaufen konnten. Diese machten die Zellen tief im Gewebe sichtbar und mittels magnetischer Felder manipulierbar.

Prof. Gil Westmeyer, Professor für Molekulare Bildgebung an der TUM und Leiter einer Forschungsgruppe am Helmholtz Zentrum München, und sein Team haben dies...

Alle Focus-News des Innovations-reports >>>

Anzeige

Anzeige

VideoLinks
Industrie & Wirtschaft
Veranstaltungen

22. Business Forum Qualität: Vom Smart Device bis zum Digital Twin

22.05.2018 | Veranstaltungen

48V im Fokus!

21.05.2018 | Veranstaltungen

„Data Science“ – Theorie und Anwendung: Internationale Tagung unter Leitung der Uni Paderborn

18.05.2018 | Veranstaltungen

VideoLinks
Wissenschaft & Forschung
Weitere VideoLinks im Überblick >>>
 
Aktuelle Beiträge

Rotierende Rugbybälle unter den massereichsten Galaxien

23.05.2018 | Physik Astronomie

Invasive Quallen: Strömungen als Ausbreitungsmotor

23.05.2018 | Ökologie Umwelt- Naturschutz

Matrix-Theorie als Ursprung von Raumzeit und Kosmologie

23.05.2018 | Physik Astronomie

Weitere B2B-VideoLinks
IHR
JOB & KARRIERE
SERVICE
im innovations-report
in Kooperation mit academics