Forum für Wissenschaft, Industrie und Wirtschaft

Hauptsponsoren:     3M 
Datenbankrecherche:

 

SYCAMORE: Damit können Biowissenschaftler jetzt rechnen

22.10.2008
EML Research und Universität Heidelberg präsentieren mit "SYCAMORE" eine nutzerfreundliche Softwarelösung für die Systembiologie

Die Zelle ist der Grundbaustein unseres Lebens und zugleich das wohl komplexeste System, das wir kennen. Wenn wir verstehen, was in der Zelle passiert, können wir zum Beispiel bessere Medikamente entwickeln.

Die Untersuchung einzelner Gene oder Proteine reicht dafür längst nicht mehr aus. Man muss auch das Zusammenspiel der Proteine und die Bedingungen biochemischer Reaktionen kennen, wie zum Beispiel Geschwindigkeit, Temperatur oder pH-Wert. Die Systembiologie integriert experimentelle und computergestützte Methoden, um die Zelle als Ganzes zu erforschen.

Forscher setzen zunehmend den Computer ein, um die experimentelle Forschung zu unterstützen. Hinderlich war bisher jedoch, dass die bisherigen Softwarelösungen oft nur von Spezialisten benutzt werden können und deshalb den meisten Wissenschaftlern im Labor nur wenig hilfreich erscheinen.

Das ändert sich mit "SYCAMORE", einem neuen webbasierten Softwarepaket von rechnerischen Werkzeugen und Methoden. Es ist jetzt im Internet unter http://sycamore.eml.org erreichbar. Entwickelt wurde "SYCAMORE" vom Heidelberger Forschungsinstitut EML Research gemeinsam mit der Universität Heidelberg. Das Paket erleichtert es Forschern, Modelle von Reaktionen zu erstellen, zu simulieren und zu analysieren. Das weltweit Neue und Besondere daran ist, dass es nicht nur Rechenmethoden zur Verfügung stellt, sondern auch dem Biowissenschaftler dabei hilft, die richtige Methode auszuwählen.

"Auch Wissenschaftler, die keine Experten in theoretischer Biochemie sind, finden so einen Zugang zu rechnerischen Methoden", erläutern Prof. Ursula Kummer (Universität Heidelberg) und Dr. Rebecca Wade (EML Research). "SYCAMORE" bietet Schnittstellen zu anderen Werkzeugen wie COPASI (http://www.copasi.org) and zu Datenbanken wie BRENDA (http://www.brenda-enzymes.info) und SABIO-RK (http://sabio.villa-bosch.de/SABIORK).

Der Rechner kann und soll dabei das Reagenzglas nicht ersetzen, sondern die Experimente sinnvoll ergänzen. Ein Beispiel: Ein Wissenschaftler sucht nach einem Hemmstoff für ein Eiweiß, das bestimmte Stoffwechselprozesse auslöst. "SYCAMORE" hilft ihm dabei herauszufinden, ob es möglich ist, diesen Hemmstoff rechnerisch zu bestimmen, und welcher biochemische Prozess dadurch am stärksten gehemmt wird.

Das Wort "SYCAMORE" steht für "SYstems biology`s Computational Analysis and MOdeling Research Environment". Das Softwarepaket entstand im gleichnamigen Projekt, das vom Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) gefördert wurde und zur BMBF-Initiative Systembiologie gehörte. Beteiligt sind die Forschungsgruppen Molecular and Cellular Modeling und Scientific Databases and Visualization der EML Research sowie das Department Modeling of Biological Processes der Universität Heidelberg.

"SYCAMORE" steht allen Mitgliedern der BMBF-Systembiologieinitiative zur Verfügung. Wissenschaftler an Universitäten und Forschungsinstituten nutzen das Paket kostenlos, für industrielle Anwender werden Lizenzgebühren erhoben. Fernziele der Forschung liegen unter anderem darin, die Entwicklung von Medikamenten zu unterstützen, um unerwünschte Nebenwirkungen zu verringern.

Die EML Research gGmbH (http://www.eml-research.de) ist ein privates Forschungsinstitut für Grundlagenforschung in der angewandten Informatik. Ein Hauptschwerpunkt der Forschung liegt im Bereich Computational Biology. Die Forscher arbeiten eng mit Universitäten zusammen. Die EML Research gGmbH bearbeitet hauptsächlich Forschungsprojekte der Klaus Tschira Stiftung gGmbH (KTS) (http://www.klaus-tschira-stiftung.de). EML Research ist Partner des ersten deutschen Zentrums für Modellierung und Simulation in den Biowissenschaften (BIOMS), Heidelberg (http://www.bioms.de).

Für weitere Informationen wenden Sie sich bitte an:
Dr. Peter Saueressig
EML Research gGmbH
Presse- und Öffentlichkeitsarbeit
Tel: +49-6221-533-245
Fax: +49-6221-533-198
peter.saueressig@eml-r.villa-bosch.de
Wissenschaftliche Ansprechpartner:
Prof. Dr. Ursula Kummer
Dept. Modeling of Biological Processes
Institute of Zoology/BIOQUANT BQ18
Im Neuenheimer Feld 267
Ruprecht-Karls-Universität Heidelberg
D-69120 Heidelberg
Phone: +49 (0)6221 - 5451 - 375
Dr. Rebecca Wade
Molecular and Cellular Modeling Group
EML Research gGmbH
Schloss-Wolfsbrunnenweg 33
69118 Heidelberg
Phone: +49 (0)6221 - 533 - 247

Dr. Peter Saueressig | idw
Weitere Informationen:
http://sycamore.eml.org
http://sabio.villa-bosch.de/SABIORK
http://www.copasi.org

Weitere Nachrichten aus der Kategorie Biowissenschaften Chemie:

nachricht Der Evolutionsvorteil der Strandschnecke
28.03.2017 | Gesellschaft Deutscher Chemiker e.V.

nachricht Mobile Goldfinger
28.03.2017 | Gesellschaft Deutscher Chemiker e.V.

Alle Nachrichten aus der Kategorie: Biowissenschaften Chemie >>>

Die aktuellsten Pressemeldungen zum Suchbegriff Innovation >>>

Die letzten 5 Focus-News des innovations-reports im Überblick:

Im Focus: Entwicklung miniaturisierter Lichtmikroskope - „ChipScope“ will ins Innere lebender Zellen blicken

Das Institut für Halbleitertechnik und das Institut für Physikalische und Theoretische Chemie, beide Mitglieder des Laboratory for Emerging Nanometrology (LENA), der Technischen Universität Braunschweig, sind Partner des kürzlich gestarteten EU-Forschungsprojektes ChipScope. Ziel ist es, ein neues, extrem kleines Lichtmikroskop zu entwickeln. Damit soll das Innere lebender Zellen in Echtzeit beobachtet werden können. Sieben Institute in fünf europäischen Ländern beteiligen sich über die nächsten vier Jahre an diesem technologisch anspruchsvollen Projekt.

Die zukünftigen Einsatzmöglichkeiten des neu zu entwickelnden und nur wenige Millimeter großen Mikroskops sind äußerst vielfältig. Die Projektpartner haben...

Im Focus: A Challenging European Research Project to Develop New Tiny Microscopes

The Institute of Semiconductor Technology and the Institute of Physical and Theoretical Chemistry, both members of the Laboratory for Emerging Nanometrology (LENA), at Technische Universität Braunschweig are partners in a new European research project entitled ChipScope, which aims to develop a completely new and extremely small optical microscope capable of observing the interior of living cells in real time. A consortium of 7 partners from 5 countries will tackle this issue with very ambitious objectives during a four-year research program.

To demonstrate the usefulness of this new scientific tool, at the end of the project the developed chip-sized microscope will be used to observe in real-time...

Im Focus: Das anwachsende Ende der Ordnung

Physiker aus Konstanz weisen sogenannte Mermin-Wagner-Fluktuationen experimentell nach

Ein Kristall besteht aus perfekt angeordneten Teilchen, aus einer lückenlos symmetrischen Atomstruktur – dies besagt die klassische Definition aus der Physik....

Im Focus: Wegweisende Erkenntnisse für die Biomedizin: NAD⁺ hilft bei Reparatur geschädigter Erbinformationen

Eine internationale Forschergruppe mit dem Bayreuther Biochemiker Prof. Dr. Clemens Steegborn präsentiert in 'Science' neue, für die Biomedizin wegweisende Forschungsergebnisse zur Rolle des Moleküls NAD⁺ bei der Korrektur von Schäden am Erbgut.

Die Zellen von Menschen und Tieren können Schäden an der DNA, dem Träger der Erbinformation, bis zu einem gewissen Umfang selbst reparieren. Diese Fähigkeit...

Im Focus: Designer-Proteine falten DNA

Florian Praetorius und Prof. Hendrik Dietz von der Technischen Universität München (TUM) haben eine neue Methode entwickelt, mit deren Hilfe sie definierte Hybrid-Strukturen aus DNA und Proteinen aufbauen können. Die Methode eröffnet Möglichkeiten für die zellbiologische Grundlagenforschung und für die Anwendung in Medizin und Biotechnologie.

Desoxyribonukleinsäure – besser bekannt unter der englischen Abkürzung DNA – ist die Trägerin unserer Erbinformation. Für Prof. Hendrik Dietz und Florian...

Alle Focus-News des Innovations-reports >>>

Anzeige

Anzeige

IHR
JOB & KARRIERE
SERVICE
im innovations-report
in Kooperation mit academics
Veranstaltungen

Industriearbeitskreis »Prozesskontrolle in der Lasermaterialbearbeitung ICPC« lädt nach Aachen ein

28.03.2017 | Veranstaltungen

Neue Methoden für zuverlässige Mikroelektronik: Internationale Experten treffen sich in Halle

28.03.2017 | Veranstaltungen

Wie Menschen wachsen

27.03.2017 | Veranstaltungen

 
VideoLinks
B2B-VideoLinks
Weitere VideoLinks >>>
Aktuelle Beiträge

Von Agenten, Algorithmen und unbeliebten Wochentagen

28.03.2017 | Unternehmensmeldung

Hannover Messe: Elektrische Maschinen in neuen Dimensionen

28.03.2017 | HANNOVER MESSE

Dimethylfumarat – eine neue Behandlungsoption für Lymphome

28.03.2017 | Medizin Gesundheit