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Klassische enzymatische Theorie erweitert: RESOLV bezieht die Rolle des Wassers ein

26.11.2014

Die Rolle des Wassers bei biologischen Reaktionen wurde bisher aufgrund seines komplexen molekularen Verhaltens oft außer Acht gelassen.

Die Arbeitsgruppen um Martina Havenith (Exzellenzcluster RESOLV - Ruhr Explores Solvation) und Irit Sagi (Weizmann Institute of Science Israel) haben nun gezeigt, dass auch langlebige, konzertierte Bewegungen von Wassermolekülen und Proteinen in der klassischen enzymatischen Theorie der funktionalen Katalyse eine Rolle spielen können. Die Forscher berichten in den Proceedings of the National Academy of Science (PNAS).


Schematische Darstellung des Hydrationstrichters in einem Enzym-Substrat-Komplex (das Protein ist in grau, sein Bindungspartner in grün und der Trichter in Gelb dargestellt).

RUB, Grafik: Havenith/Nibali

Der Fokus liegt auf gekoppelten Bewegungen von Wassermolekülen und Proteinen

Dass Wasser eine wichtige Rolle in komplexen biologischen Prozessen spielt, ist ein heute allgemein anerkanntes Konzept. Die genauen zugrundeliegenden Funktionsmechanismen jedoch sind noch nicht vollständig verstanden – zu groß waren die technischen Herausforderungen bei der Messung der extrem kurzlebigen Interaktionen der einzelnen Wassermoleküle untereinander und mit den biologischen Makromolekülen während der Reaktion.

Auf der Suche nach einem möglichst vollständigen Szenario der biophysikalischen Vorgänge führten die Forschergruppen komplementäre Messungen mittels Terahertz-Spektroskopie und Röntgenabsorption durch. Es gelang ihnen, die gemessenen Änderungen in den gekoppelten Protein-Wasser-Bewegungen während der enzymatischen Reaktion zu analysieren und mit den Strukturänderungen in Zusammenhang zu setzen. Durch begleitende molekulardynamische Simulationen konnten sie zusätzlich die atomistischen Details des zugrunde liegenden Mechanismus erklären.

Neues biologisches Phänomen

Ihre Untersuchungen führten die Forscher an einem Enzym aus der Familie der Metalloproteinasen durch, die am Abbau von extrazellulärer Matrix beteiligt sind und somit wichtige Funktionen zum Beispiel bei der Wundheilung ausüben können. Der umfassenden Ansatz der Forscher offenbarte ein bisher unbekanntes Phänomen: Die korrelierten Protein-Wasser Bewegungen folgen nicht der klassischen enzymatischen Theorie. Stattdessen beobachteten sie langlebige Protein-Wasser-Bewegungen.

Die Simulationen zeigen eine systematische Verlangsamung der Wasserbewegung in Richtung der molekularen Erkennungsstelle des Enzyms (“Hydration Funnel” = Hydratationstrichter). „Die Bewegungen des Wassers passen sich also den Bewegungen des Substrates an“, verdeutlicht Prof. Dr. Martina Havenith-Newen. Dieses erstmals beobachtete Phänomen ist abhängig vom Bindungspartner: Im Falle einer optimierten molekularen Architektur fand man eine besonders starke Ausprägung. „Zusammengefasst erweitern unsere Beobachtungen die klassische Theorie der enzymatischen Katalyse um die Einbeziehung langlebiger Protein-Wasser-gekoppelter Bewegungen im Modell der funktionalen Katalyse“, erklärt die Chemikerin.

Verschiedene Techniken im Einsatz

Die Studie umfasst Ergebnisse, die mit verschiedenen Spektroskopietechniken wie Röntgen- und Terahertz-Spektroskopie erzielt wurden und die durch computergestützte Moleküldynamik-Simulationen ergänzt wurden.

Exzellenz-Cluster RESOLV

Das Projekt ist Teil des Exzellenzclusters RESOLV (EXC 1069), der von der Deutschen Forschungsgemeinschaft gefördert wird.

Titelaufname

J. Dielmann-Gessner, M. Grossman, V. Conti Nibali, B. Born, I. Solomonov, G. B. Fields, M. Havenith, I. Sagi (2014): Enzymatic turnover of macromolecules generates long lasting protein-water coupled motions beyond reaction steady-state, PNAS, DOI: 10.1073/pnas.1410144111

Redaktion: Meike Drießen

Dr. Julia Weiler | idw - Informationsdienst Wissenschaft
Weitere Informationen:
http://www.ruhr-uni-bochum.de/

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