Forum für Wissenschaft, Industrie und Wirtschaft

Hauptsponsoren:     3M 
Datenbankrecherche:

 

Finally! The pig genome is mapped

16.11.2012
In a major international study, the pig genome is now mapped.

Researchers from Uppsala University and the Swedish University of Agricultural Sciences (SLU) have contributed to the study by analysing genes that played a key role in the evolution of the domesticated pig and by mapping endogenous retroviruses (ERV), retroviruses whose genes have become part of the host organism’s genome.

The findings are now being published in the journals Nature and PNAS.

Together with an international team of geneticists and retrovirologists, Uppsala University researchers have charted the pig genome.

“The pig is one of our most important domesticated animals, and it was high time for its genome to be mapped,” says Professor Leif Andersson, who participated in the project.

The major project to chart the pig genome shows that the wild boar originated in Southeast Asia about 4 million years ago. The findings also reveal that domestication started nearly 10,000 years ago, taking place in several independent locations all over the European and Asian land mass. It was also common that wild boar mixed with domesticated pigs, especially in Europe during early agriculturalisation, with free-ranging animals.

Uppsala researchers Patric Jern, Alexander Hayward, Göran Sperber, and Jonas Blomberg used the computer program RetroTector and detailed sequence comparisons in so-called phylogenetic studies to map the retrovirus part of the pig genome. What all retroviruses, such as HIV in humans, have in common is that they need to become part of the host cell’s genome in order to produce new viruses. When a germ line-cell is infected there is a chance for the virus to be passed on to the host organism’s offspring, and for millions of years retroviruses remotely related to HIV have colonised vertebrates, leaving traces in their genetic make-up as endogenous retroviruses (ERV).

The researchers were able to see that pigs have fewer ERVs than humans, however, unlike human ERVs, some pig ERVs have the capacity to reproduce and infect, which might pose a risk when transplanting pig organs to humans. The article constitutes a baseline for assessing that risk, but it also provides an enhanced understanding of how retroviruses have spread among vertebrates in the course of their evolution.

Carl-Johan Rubin, Leif Andersson, and their associates have been in charge of looking for the genes that have had the greatest importance in the evolution of the domesticated pig. One of the most striking differences between the wild boar and the domesticated pig is that the latter has a considerably longer back, including more vertebrae. The researchers have now identified three gene regions that are critical for understanding this difference. Two of them correspond to genes that explain variation in body length in humans, another instance of genes having a very similar function across different species.

Domesticated animals constitute excellent models for evolution, and the new study shows how white colour developed. The gene variant for white colour in pigs differs from the gene variant found in wild boar, with at least five different mutations, four of which are duplications of DNA sequences. This is the most striking example of two key discoveries the Uppsala scientists have made in recent years, that:

- structural changes in the genome (e.g. duplications) have contributed significantly to the evolution of domesticated animals.

- the evolution of domesticated animals has been underway for so long that we can now see the evolution of gene variants, that is, genes in which several successive mutations gradually changed the function of the gene.

The findings are now being published in Nature and PNAS:

Groenen et al. (2012) Pig genomes provide insight into porcine demography and evolution, Nature, DOI: 10.1038/nature11622

Rubin et al. (2012) Strong signatures of selection in the domestic pig genome. Proceedings of the National Academy of Sciences (USA), DOI: 10.1073/pnas.1217149109

For more information please contact the following researchers:

For retroviruses:
Jonas Blomberg, Department of Medical Sciences, tel: +46 (0)18-611 5593, e-mail: Jonas.Blomberg@medsci.uu.se
Alexander Hayward, Department of Medical Biochemistry and Microbiology, mobile: +46 (0)72-9236668, e-mail: Alexander.Hayward@imbim.uu.se
Patric Jern, Department of Medical Biochemistry and Microbiology, tel: +46 (0)18-471 4593, mobile: +46 (0)70-4309462, e-mail: Patric.Jern@imbim.uu.se

Göran Sperber, Department of Neuroscience, e-mail: Goran.Sperber@neuro.uu.se

For selection:
Leif Andersson, SciLifeLab, Department of Medical Biochemistry and Microbiology, Uppsala University, and Department of Animal Breeding and Genetics, Swedish University of Agricultural Sciences (SLU), tel: +46 (0)18-471 4904, mobile: +46 (0)70-514 4904, e-mail: Leif.Andersson@imbim.uu.se
Carl-Johan Rubin, Department of Medical Biochemistry and Microbiology, tel: +46 (0)18-471 4502, e-mail: Carl-Johan.Rubin@imbim.uu.se
Uppsala University -- quality, knowledge, and creativity since 1477
World-class research and outstanding education of global benefit to society, business, and culture.

Uppsala University is one of northern Europe's highest ranked academic institutions.

Linda Koffmar | idw
Further information:
http://www.uu.se
http://www.vr.se

All articles from Life Sciences >>>

The most recent press releases about innovation >>>

Die letzten 5 Focus-News des innovations-reports im Überblick:

Im Focus: Schnelles und umweltschonendes Laserstrukturieren von Werkzeugen zur Folienherstellung

Kosteneffizienz und hohe Produktivität ohne dabei die Umwelt zu belasten: Im EU-Projekt »PoLaRoll« entwickelt das Fraunhofer-Institut für Produktionstechnologie IPT aus Aachen gemeinsam mit dem Oberhausener Fraunhofer-Institut für Umwelt-, Sicherheit- und Energietechnik UMSICHT und sechs Industriepartnern ein Modul zur direkten Laser-Mikrostrukturierung in einem Rolle-zu-Rolle-Verfahren. Ziel ist es, mit Hilfe dieses Systems eine siebartige Metallfolie als Demonstrator zu fertigen, die zum Sonnenschutz von Glasfassaden verwendet wird: Durch ihre besondere Geometrie wird die Sonneneinstrahlung reduziert, woraus sich ein verminderter Energieaufwand für Kühlung und Belüftung ergibt.

Das Fraunhofer IPT ist im Projekt »PoLaRoll« für die Prozessentwicklung der Laserstrukturierung sowie für die Mess- und Systemtechnik zuständig. Von den...

Im Focus: Das Auto lernt vorauszudenken

Ein neues Christian Doppler Labor an der TU Wien beschäftigt sich mit der Regelung und Überwachung von Antriebssystemen – mit Unterstützung des Wissenschaftsministeriums und von AVL List.

Wer ein Auto fährt, trifft ständig Entscheidungen: Man gibt Gas, bremst und dreht am Lenkrad. Doch zusätzlich muss auch das Fahrzeug selbst ununterbrochen...

Im Focus: Vorbild Delfinhaut: Elastisches Material vermindert Reibungswiderstand bei Schiffen

Für eine elegante und ökonomische Fortbewegung im Wasser geben Delfine den Wissenschaftlern ein exzellentes Vorbild. Die flinken Säuger erzielen erstaunliche Schwimmleistungen, deren Ursachen einerseits in der Körperform und andererseits in den elastischen Eigenschaften ihrer Haut zu finden sind. Letzteres Phänomen ist bereits seit Mitte des vorigen Jahrhunderts bekannt, konnte aber bislang nicht erfolgreich auf technische Anwendungen übertragen werden. Experten des Fraunhofer IFAM und der HSVA GmbH haben nun gemeinsam mit zwei weiteren Forschungspartnern eine Oberflächenbeschichtung entwickelt, die ähnlich wie die Delfinhaut den Strömungswiderstand im Wasser messbar verringert.

Delfine haben eine glatte Haut mit einer darunter liegenden dicken, nachgiebigen Speckschicht. Diese speziellen Hauteigenschaften führen zu einer signifikanten...

Im Focus: Kaltes Wasser: Und es bewegt sich doch!

Bei minus 150 Grad Celsius flüssiges Wasser beobachten, das beherrschen Chemiker der Universität Innsbruck. Nun haben sie gemeinsam mit Forschern in Schweden und Deutschland experimentell nachgewiesen, dass zwei unterschiedliche Formen von Wasser existieren, die sich in Struktur und Dichte stark unterscheiden.

Die Wissenschaft sucht seit langem nach dem Grund, warum ausgerechnet Wasser das Molekül des Lebens ist. Mit ausgefeilten Techniken gelingt es Forschern am...

Im Focus: Hyperspektrale Bildgebung zur 100%-Inspektion von Oberflächen und Schichten

„Mehr sehen, als das Auge erlaubt“, das ist ein Anspruch, dem die Hyperspektrale Bildgebung (HSI) gerecht wird. Die neue Kameratechnologie ermöglicht, Licht nicht nur ortsaufgelöst, sondern simultan auch spektral aufgelöst aufzuzeichnen. Das bedeutet, dass zur Informationsgewinnung nicht nur herkömmlich drei spektrale Bänder (RGB), sondern bis zu eintausend genutzt werden.

Das Fraunhofer IWS Dresden entwickelt eine integrierte HSI-Lösung, die das Potenzial der HSI-Technologie in zuverlässige Hard- und Software überführt und für...

Alle Focus-News des Innovations-reports >>>

Anzeige

Anzeige

IHR
JOB & KARRIERE
SERVICE
im innovations-report
in Kooperation mit academics
Veranstaltungen

Marine Pilze – hervorragende Quellen für neue marine Wirkstoffe?

28.06.2017 | Veranstaltungen

Willkommen an Bord!

28.06.2017 | Veranstaltungen

Internationale Fachkonferenz IEEE ICDCM - Lokale Gleichstromnetze bereichern die Energieversorgung

27.06.2017 | Veranstaltungen

 
VideoLinks
B2B-VideoLinks
Weitere VideoLinks >>>
Aktuelle Beiträge

EUROSTARS-Projekt gestartet - mHealth-Lösung: time4you Forschungs- und Entwicklungspartner bei IMPACHS

28.06.2017 | Unternehmensmeldung

Proteine entdecken, zählen, katalogisieren

28.06.2017 | Biowissenschaften Chemie

Neue Scheinwerfer-Dimension: Volladaptive Lichtverteilung in Echtzeit

28.06.2017 | Automotive