BMBF-Projekt erfolgreich abgeschlossen: pepART – die Kunst, mit Antikörpern mehrere Zielproteine gleichzeitig zu quantifizieren

Die pepART Methode beruht auf dem Nachweis von Proteinen mittels hochspezfischer Antikörper. Hierzu wird die biologische Probe mit einer Protease verdaut. Aus den Proteinen entstehen charakteristische Peptide, die mit Hilfe von Antikörpern in so genannten Sandwich Immunoassays nachgewiesen werden. Diese Immunoassays wurden mit der Array-Technologie miniaturisiert und parallelisiert, so dass in einem Experiment mehrere Proteine gleichzeitig nachgewiesen werden können. Ein besonderer Vorteil dieser Methode ist, dass peptidspezifische Antikörper verwendet werden, die sich schnell und kostengünstig herstellen lassen.

Der Erfolg dieses Verfahrens steht und fällt mit der Qualität der Antikörper. Diese müssen hochspezifisch sein und eine möglichst hohe Affinität für „ihr“ Zielmolekül (Peptid/ Proteinfragment) haben. Leider gab es bis dato keine Methode, um schnell und zuverlässig die Binde-Qualitäten einer großen Anzahl von Antikörpern, die gegen Zielmoleküle gerichtet sind, zu bestimmen.

Das NMI Reutlingen hat in Zusammenarbeit mit den Projektpartnern eine Methode entwickelt, mit der in einem automatisierten Prozess Hunderte von Antikörpern an einem Tag detailliert charakterisiert werden können. Das Verfahren ist sensitiv, reproduzierbar und robust und benötigt aufgrund der Miniaturisierung und Parallelisierung nur kleinste Mengen an Reagenzien.

Des Weiteren gelang es, mit miniaturisierten und parallelisierten Immunoassays Tumorproteine in Feinnadelbiopsieproben nachzuweisen. Im Prinzip kann die Methode bei jedem heute bekannten Biomarker angewandt werden – wenn zufriedenstellend charakterisierte Antikörper verfügbar sind.

Das NMI pepART Patent wurde exklusiv an die Biotech-Firma Epitome Biosystems (Waltham, MA, USA) lizenziert, die den peptidbasierten Proteinnachweis weiterentwickelt.

Projektträger:
BMBF Forschungszentrum Jülich, PTJ-BIO
Projektpartner:
Universitäten: Tübingen, Ulm, Zürich
Fraunhofer Institut IPA
Firmen: Merck KGaA, MorphoSys AG, Accelab GmbH, BMI GmbH, Ingenium AG